PRM數(shù)據(jù)分析用什么工具？檢測(cè)技術(shù)服務(wù)詳情介紹

Parallel Reaction Monitoring（PRM）是基于高分辨率,、高質(zhì)量精度質(zhì)譜平臺(tái)的靶向dànbáizhì定量技術(shù),，廣泛應(yīng)用于腫瘤標(biāo)志物驗(yàn)證、藥物靶點(diǎn)確認(rèn),、信號(hào)通路研究等領(lǐng)域,。相比選擇反應(yīng)監(jiān)測(cè)（SRM/MRM），PRM 利用 Orbitrap 或 Q-TOF 等高分辨率質(zhì)譜儀器記錄全部碎片離子,，提高了分析的選擇性和準(zhǔn)確性,。本文將系統(tǒng)介紹PRM數(shù)據(jù)分析常用工具的原理、特點(diǎn)及適用場(chǎng)景,，詳細(xì)解析分析流程,，并結(jié)合百泰派克生物科技在該領(lǐng)域的實(shí)踐經(jīng)驗(yàn)，幫助生命科學(xué)研究人員全面掌握這項(xiàng)關(guān)鍵技術(shù),。

一,、PRM技術(shù)簡(jiǎn)介與數(shù)據(jù)分析需求

PRM 是基于數(shù)據(jù)依賴獲取（DDA）或先驗(yàn)知識(shí)構(gòu)建靶標(biāo)肽段列表,，在高分辨質(zhì)譜儀中通過選擇一級(jí)母離子（precursor）并采集所有對(duì)應(yīng)的二級(jí)碎片離子（fragment ion）,，實(shí)現(xiàn)高特異性、高重現(xiàn)性的靶向定量,。由于 PRM 產(chǎn)生的數(shù)據(jù)包含多個(gè)離子的色譜峰信息,，分析時(shí)需要從原始數(shù)據(jù)中提取、校準(zhǔn),、積分、標(biāo)準(zhǔn)化并進(jìn)行統(tǒng)計(jì)比較,，這對(duì)分析軟件提出了較高要求,。因此，選擇合適的工具尤為關(guān)鍵,。

二,、主流PRM數(shù)據(jù)分析工具詳解

1,、Skyline：開放、靈活且功能強(qiáng)大的shǒuxuǎn工具

Skyline是由華盛頓大學(xué)MacCoss實(shí)驗(yàn)室開發(fā)的免費(fèi)開源軟件,，廣泛支持PRM,、SRM、DIA,、MS1全掃描等模式,。其高度模塊化、強(qiáng)大的圖形界面和活躍的用戶社區(qū),，使其成為 PRM 分析的事實(shí)標(biāo)準(zhǔn),。

（1）功能亮點(diǎn)

• 支持 Thermo、SCIEX,、Agilent,、Waters 等主流平臺(tái)的原始數(shù)據(jù)導(dǎo)入

• 與光譜庫(kù)（如 NIST、PeptideAtlas,、DIA-NN）無縫對(duì)接,，提升肽段識(shí)別準(zhǔn)確性

• 可視化程度高：支持 XIC（提取離子色譜圖）圖譜和峰面積手動(dòng)校正

• 內(nèi)置多種歸一化策略（總離子強(qiáng)度、內(nèi)標(biāo),、對(duì)等肽段）

• 支持多種格式導(dǎo)出結(jié)果,，便于進(jìn)一步統(tǒng)計(jì)分析（如導(dǎo)入 R 或 Python）

（2）分析流程概覽

• 導(dǎo)入原始數(shù)據(jù)（Thermo .raw、.mzML 等格式）

• 構(gòu)建靶標(biāo)肽段列表（可來自 DDA,、公開數(shù)據(jù)庫(kù)或手動(dòng)定義）

• 提取碎片離子色譜圖并進(jìn)行峰識(shí)別

• 手動(dòng)或自動(dòng)進(jìn)行積分與定量

• 使用 QC 肽段進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化,，生成定量報(bào)告

Skyline 在科研人員中口碑jíjiā，適合對(duì)數(shù)據(jù)透明性和可重復(fù)性要求高的基礎(chǔ)研究項(xiàng)目,。

2,、SpectroDive：為商業(yè)化項(xiàng)目設(shè)計(jì)的高通量分析工具

SpectroDive是瑞士Biognosys公司推出的一款商業(yè)軟件，專為PRM和MRM數(shù)據(jù)設(shè)計(jì),，具備更強(qiáng)的自動(dòng)化和統(tǒng)計(jì)處理能力,，適合工業(yè)級(jí)應(yīng)用和大規(guī)模多中心驗(yàn)證項(xiàng)目。

（1）軟件優(yōu)勢(shì)

• 自動(dòng)化程度高,，適合非程序員用戶快速上手

• 可通過 UI 直觀設(shè)置肽段庫(kù),、內(nèi)標(biāo)、定量規(guī)則和統(tǒng)計(jì)閾值

• 支持異構(gòu)樣本比對(duì),、多組學(xué)聯(lián)合分析

• 輸出圖形美觀,、報(bào)告zhuānyè，便于直接用于項(xiàng)目交付或發(fā)表

（2）推薦應(yīng)用

• 生物標(biāo)志物臨床前驗(yàn)證

• CRO/CMO 服務(wù)中的標(biāo)準(zhǔn)化定量流程

• 需要快速交付和 GMP 環(huán)境支持的項(xiàng)目

3,、OpenSWATH + pyProphet：兼容DIA的高通量替代方案

OpenSWATH原用于DIA分析,，但配合pyProphet進(jìn)行靶向肽段選擇和結(jié)果統(tǒng)計(jì)，也可以進(jìn)行PRM數(shù)據(jù)分析,，特別適合需要驗(yàn)證 DDA/DIA 發(fā)現(xiàn)結(jié)果的用戶,。

（1）工具組合特點(diǎn)

• 開源,、模塊化，可與 Nextflow,、Galaxy 等數(shù)據(jù)流程平臺(tái)集成

• 提供打分機(jī)制（m-score）判斷肽段可靠性

• 與 TRIC 等工具結(jié)合實(shí)現(xiàn)跨批次對(duì)齊與歸一化

（2）適用范圍

• 大規(guī)模篩選結(jié)果的后期驗(yàn)證

• 項(xiàng)目開發(fā)初期數(shù)據(jù)探索階段

• 自動(dòng)化處理流水線構(gòu)建

三,、百泰派克生物科技：一站式PRM分析解決方案

在百泰派克生物科技，我們依托Thermo Orbitrap Fusion Lumos 與Exploris系列平臺(tái),，結(jié)合Skyline分析流程,，提供從靶標(biāo)篩選到數(shù)據(jù)解讀的全流程PRM分析服務(wù)。我們的技術(shù)特色：

1,、高精度儀器平臺(tái)：支持多級(jí)質(zhì)譜（MSn）,、自動(dòng)極性切換與動(dòng)態(tài)范圍拓展

2、標(biāo)準(zhǔn)化肽段數(shù)據(jù)庫(kù)：基于多項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)構(gòu)建的高覆蓋率,、高特異性靶標(biāo)庫(kù)

3,、質(zhì)量控制體系：包括穩(wěn)定同位素內(nèi)標(biāo)、QC 肽段監(jiān)控與批間效應(yīng)修正

4,、定制化數(shù)據(jù)報(bào)告：根據(jù)客戶需求輸出圖表化報(bào)告,、統(tǒng)計(jì)分析結(jié)果和原始數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)

PRM 作為現(xiàn)代蛋白組學(xué)中zuì具潛力的靶向定量技術(shù)之一，正逐步從科研走向產(chǎn)業(yè)落地,。選擇合適的PRM數(shù)據(jù)分析工具（如 Skyline 的靈活性,、SpectroDive 的自動(dòng)化或 OpenSWATH 的高通量兼容），將直接決定實(shí)驗(yàn)結(jié)果的可靠性和可解釋性,。百泰派克生物科技始終致力于將前沿質(zhì)譜技術(shù)與標(biāo)準(zhǔn)化數(shù)據(jù)分析相結(jié)合,，為科研人員和企業(yè)客戶提供高質(zhì)量、高效率的蛋白定量解決方案,。如果您有相關(guān)項(xiàng)目需求,，歡迎隨時(shí)聯(lián)系我們獲取免費(fèi)評(píng)估與定制方案建議。

百泰派克生物科技特色項(xiàng)目

一,、蛋白測(cè)序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀及島津公司埃德曼降解測(cè)序系統(tǒng)對(duì)dànbáizhì序列進(jìn)行分析,，提供基于質(zhì)譜的蛋白測(cè)序分析服務(wù)，包括對(duì)dànbáizhì的氨基酸組成分析,，Nduāncèxù,，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務(wù),。對(duì)于未知理論序列的dànbáizhì,，提供基于從頭測(cè)序法的dànbáizhì從頭測(cè)序服務(wù)，對(duì)蛋白序列進(jìn)行分析,。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1.采用目前世界上優(yōu)良的質(zhì)譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實(shí)現(xiàn)對(duì)所測(cè)定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測(cè)定蛋白N端多達(dá) 70個(gè)氨基酸序列;

4.可測(cè)定多種形式的樣品: 蛋白溶液,、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測(cè);

6.測(cè)序不受N端封閉,，PEC和和糖基化等N端修飾的影響,。

二、dànbáizhì組學(xué)

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺(tái)結(jié)合Nano-LC,，提供定量dànbáizhì組學(xué),、靶向dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué),、翻譯后修飾蛋白組學(xué)等多種dànbáizhì組學(xué)分析服務(wù),。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學(xué)服務(wù),，助力微量樣本蛋白組學(xué),、大樣本群醫(yī)學(xué)及高通量修飾組學(xué)等研究工作。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1 .高通量定量蛋白分析:多對(duì)照組大規(guī)模實(shí)驗(yàn)分析,，發(fā)現(xiàn)新的生物標(biāo)記物;

2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標(biāo)記方法,，適用于分析組織、細(xì)胞,、血液等多種樣品;

3.質(zhì)譜分析靈敏度高,，實(shí)驗(yàn)結(jié)果重復(fù)度高;

4.可檢測(cè)較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學(xué)分析,，分析更系統(tǒng)準(zhǔn)確,。

三、單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質(zhì)譜流式系統(tǒng)進(jìn)行單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析,，采用金屬元素標(biāo)記物（通常是金屬元素標(biāo)記的特異抗體）標(biāo)記細(xì)胞表面和內(nèi)部的分子,，然后用流式細(xì)胞原理分離單個(gè)細(xì)胞，再用電感耦合等離子體質(zhì)譜（ICP-MS）分析單個(gè)細(xì)胞的原子質(zhì)量譜,，zuì后將原子質(zhì)量譜數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為細(xì)胞表面和內(nèi)部的信號(hào)分子表達(dá)量,。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1.技術(shù)優(yōu)良，填補(bǔ)技術(shù)空白

采用金屬標(biāo)記抗體技術(shù),，避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問題,。可在單細(xì)胞層面上對(duì)多種指標(biāo)同時(shí)進(jìn)行表征,，百泰派克生物科技可做到同時(shí)檢測(cè)51個(gè)目標(biāo)蛋白,。

2.分析數(shù)量大，成本較低

單細(xì)胞RNAseq受成本等因素限制,，所有樣本細(xì)胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個(gè)左右,，而流式質(zhì)譜技術(shù)一次（單樣本）就可分析至少10^5的細(xì)胞，實(shí)現(xiàn)了數(shù)量級(jí)的提高,，且成本不高于單細(xì)胞RNAseq,。

3.應(yīng)用前景大

①流式質(zhì)譜結(jié)果可以給出細(xì)胞亞群的變化，在臨床診斷,、疾病機(jī)制研究等方面具有極大的研究前景,；

②將金屬標(biāo)簽技術(shù)與其他技術(shù)結(jié)合會(huì)有新應(yīng)用方向,。除常規(guī)蛋白外，質(zhì)譜流式細(xì)胞技術(shù)還可用于蛋白翻譯后修飾,；

③可檢測(cè)細(xì)胞存活率,、細(xì)胞大小、mRNA轉(zhuǎn)錄子表達(dá)量,、DNA合成速率以及蛋白酶活性等,。

四、基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專有的,、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案,。我們能夠幫助您實(shí)現(xiàn)10,000個(gè)以上I型多肽和10,000個(gè)以上II型多肽的鑒定和識(shí)別。通過我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學(xué)分析平臺(tái)進(jìn)行免疫肽組學(xué)分析,，可從zuì小的樣品材料中進(jìn)行可重復(fù)的識(shí)別和定量,。該服務(wù)可以應(yīng)用于大規(guī)模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥,、免疫疾病及傳染病的解決方案,，深入挖掘未知的靶標(biāo)。

五,、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質(zhì)譜技術(shù),，MALDI TOF，高效色譜分離技術(shù),，提供一系列完善的生物藥物分析方案,，從dànbáizhì、多肽,、抗體,、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級(jí)結(jié)構(gòu)分析，到產(chǎn)品變異性和純度分析,。旨在提供優(yōu)質(zhì)生物藥物分析服務(wù),，幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質(zhì)。

百泰派克生物科技七大檢測(cè)平臺(tái)

百泰派克生物科技-生物制品表征,，生物質(zhì)譜多組學(xué)優(yōu)質(zhì)服務(wù)商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測(cè)和項(xiàng)目驗(yàn)證等zhuānyè服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)室遵循NMPA,、ICH,、FDA和EMA等的法規(guī)和指導(dǎo)原則，通過CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認(rèn)證,，建立了完備的質(zhì)量體系,，數(shù)據(jù)冷熱/異地備份，設(shè)備定期計(jì)量/期間核查，軟件審計(jì)追蹤,，為客戶提供一體化解決方案和技術(shù)服務(wù),，支持新藥研發(fā)、藥物申報(bào)注冊(cè)和生產(chǎn)放行,。

1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系,，zhuānyè提供以質(zhì)譜為基礎(chǔ)的CRO檢測(cè)分析服務(wù),；

2.獲國(guó)家CNAS實(shí)驗(yàn)室認(rèn)可,，為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務(wù)；

3.業(yè)務(wù)范圍覆蓋dànbáizhì組學(xué),、多肽組學(xué),、代謝組學(xué)、生物藥物表征,、單細(xì)胞分析,、單細(xì)胞質(zhì)譜流式、生信云分析以及多組學(xué)生物質(zhì)譜整合分析等,；

4.七大質(zhì)量控制檢測(cè)平臺(tái),，滿足您一站式服務(wù)需求；

5.服務(wù)3000+企業(yè),，10000+客戶的選擇,；

6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務(wù)!

PRM數(shù)據(jù)分析用什么工具？檢測(cè)技術(shù)服務(wù)詳情介紹