Shotgun Proteomics vs. Targeted Proteomics：研究選擇指南檢測(cè)技術(shù)服務(wù)詳情介紹

在dànbáizhì組學(xué)研究中,，質(zhì)譜技術(shù)已成為解析生命系統(tǒng)復(fù)雜性的重要工具。特別是Shotgun Proteomics（發(fā)現(xiàn)型dànbáizhì組學(xué)）與Targeted Proteomics（bǎxiàngdàn白zhìzǔxué）兩種主流策略,，其技術(shù)原理,、應(yīng)用場(chǎng)景和數(shù)據(jù)特性各異，直接影響實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)與結(jié)果解讀,。本文將系統(tǒng)比較這兩類方法,，幫助科研人員在不同研究階段作出合理選擇。

一,、Shotgun Proteomics：系統(tǒng)性探索的優(yōu)選策略

Shotgun Proteomics是一種自下而上的全譜掃描方法,。實(shí)驗(yàn)流程包括dànbáizhì酶解、肽段分離（LC）,、質(zhì)譜采集（MS/MS）與數(shù)據(jù)庫(kù)搜索鑒定,。該策略可在單次實(shí)驗(yàn)中檢測(cè)成百上千種蛋白，適用于未知機(jī)制探索,、生物標(biāo)志物篩選和復(fù)雜樣本比較等場(chǎng)景,。

※ 其主要特點(diǎn)包括：

• 通量高：可覆蓋大多數(shù)可檢測(cè)蛋白；

• 依賴數(shù)據(jù)庫(kù)：鑒定效率與數(shù)據(jù)庫(kù)質(zhì)量密切相關(guān),；

• 相對(duì)定量：常用Label-free或TMT/iTRAQ等方法進(jìn)行相對(duì)表達(dá)量分析,；

• 數(shù)據(jù)復(fù)雜：對(duì)質(zhì)譜平臺(tái)和生信分析要求較高。

盡管靈敏度和重現(xiàn)性不及靶向方法,，但在發(fā)現(xiàn)階段具備bùkětìdài的廣譜性與信息量?jī)?yōu)勢(shì),。

二、Targeted Proteomics：驗(yàn)證與定量的jīngquè利器

Targeted Proteomics是一種聚焦特定蛋白/肽段的jīngzhǔn定量策略,，常見(jiàn)模式包括SRM/MRM,、PRM等。研究者在實(shí)驗(yàn)前確定目標(biāo)肽段,，通過(guò)定向監(jiān)測(cè)實(shí)現(xiàn)高靈敏度,、高特異性的檢測(cè),，特別適合候選靶點(diǎn)驗(yàn)證、臨床樣本定量及方法開(kāi)發(fā)等需求,。

※ 其核心優(yōu)勢(shì)：

• 定量準(zhǔn)確：與內(nèi)標(biāo)聯(lián)合使用時(shí)可實(shí)現(xiàn)juéduì定量,；

• 重現(xiàn)性強(qiáng)：跨批次實(shí)驗(yàn)間一致性高；

• 檢測(cè)限低：適合低豐度蛋白的jīngzhǔn測(cè)定,；

• 流程標(biāo)準(zhǔn)化：利于方法在不同平臺(tái)間遷移,。

Targeted方法對(duì)前期方法開(kāi)發(fā)依賴較大，需明確目標(biāo)蛋白序列,、肽段特征及離子轉(zhuǎn)itions,，但一旦建立，可廣泛應(yīng)用于高通量臨床轉(zhuǎn)化研究,。

三,、核心技術(shù)對(duì)比

四、策略選擇：依據(jù)研究目的與資源條件

※ 初步探索與機(jī)制構(gòu)建：優(yōu)先選擇Shotgun

當(dāng)研究目標(biāo)尚不明確,，需在組織,、細(xì)胞或體液等樣本中全局篩查差異蛋白或構(gòu)建調(diào)控網(wǎng)絡(luò)時(shí)，Shotgun Proteomics能提供zuì大信息覆蓋,。其不依賴先驗(yàn)知識(shí)的特性,，使其成為新型生物標(biāo)志物發(fā)現(xiàn)和機(jī)制假設(shè)生成的shǒuxuǎn技術(shù)。

※ 靶點(diǎn)驗(yàn)證與定量研究：推薦使用Targeted

若已明確候選蛋白,，需在多組樣本中jīngquè定量其表達(dá)水平,，或評(píng)估其生物學(xué)穩(wěn)定性與診斷潛力，Targeted Proteomics更具優(yōu)勢(shì),。特別在生物醫(yī)學(xué)轉(zhuǎn)化研究中,，靶向方法提供的高一致性和juéduì定量能力可滿足臨床驗(yàn)證的嚴(yán)格需求,。

※ 綜合使用：探索與驗(yàn)證的有效結(jié)合

在系統(tǒng)生物學(xué)研究中,，常采用Shotgun初篩+Targeted驗(yàn)證的聯(lián)合策略。前者完成差異蛋白鑒定與通路分析,，后者針對(duì)重點(diǎn)靶點(diǎn)開(kāi)展定量驗(yàn)證,，實(shí)現(xiàn)從發(fā)現(xiàn)到驗(yàn)證的閉環(huán)證據(jù)鏈。

五,、實(shí)踐建議：從需求出發(fā)優(yōu)化設(shè)計(jì)

• 樣本類型復(fù)雜且目標(biāo)不明：優(yōu)先采用Shotgun進(jìn)行全譜分析,；

• 研究周期有限但靶點(diǎn)明確：可跳過(guò)全譜直接開(kāi)展靶向定量；

• 資源允許且研究深入：建議整合兩種策略,，提升研究深度與可靠性,。

Shotgun與Targeted Proteomics各有優(yōu)勢(shì)，適用于不同研究階段與科研目標(biāo),。理解兩者原理及應(yīng)用差異,，是jīngzhǔn開(kāi)展dànbáizhì組學(xué)研究的前提,。在實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)中合理整合這兩種策略，能顯著提升數(shù)據(jù)解釋力與研究影響力,。在dànbáizhì組學(xué)服務(wù)中,，百泰派克生物科技提供包括DIA、TMT,、PRM在內(nèi)的多種技術(shù)平臺(tái),，結(jié)合自動(dòng)化樣本前處理與高分辨率質(zhì)譜設(shè)備，實(shí)現(xiàn)從“廣泛發(fā)現(xiàn)”到“jīngzhǔn驗(yàn)證”的一體化服務(wù)流程,。我們通過(guò)標(biāo)準(zhǔn)化流程與定制化分析,，協(xié)助客戶在基礎(chǔ)研究與臨床轉(zhuǎn)化間高效橋接。如需獲取個(gè)性化方案建議或合作咨詢,，歡迎聯(lián)系我們,。

百泰派克生物科技特色項(xiàng)目

一、蛋白測(cè)序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀及島津公司埃德曼降解測(cè)序系統(tǒng)對(duì)dànbáizhì序列進(jìn)行分析,，提供基于質(zhì)譜的蛋白測(cè)序分析服務(wù),，包括對(duì)dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù,，Cduāncèxù和全序列分析,，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務(wù)。對(duì)于未知理論序列的dànbáizhì,，提供基于從頭測(cè)序法的dànbáizhì從頭測(cè)序服務(wù),，對(duì)蛋白序列進(jìn)行分析。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1.采用目前世界上*的質(zhì)譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實(shí)現(xiàn)對(duì)所測(cè)定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測(cè)定蛋白N端多達(dá) 70個(gè)氨基酸序列;

4.可測(cè)定多種形式的樣品: 蛋白溶液,、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug,，即可完成檢測(cè);

6.測(cè)序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響,。

二,、dànbáizhì組學(xué)

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺(tái)結(jié)合Nano-LC，提供定量dànbáizhì組學(xué),、bǎxiàngdàn白zhìzǔxué,、多肽組學(xué)、翻譯后修飾蛋白組學(xué)等多種dànbáizhì組學(xué)分析服務(wù),。此外,，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學(xué)服務(wù)，助力微量樣本蛋白組學(xué),、大樣本群醫(yī)學(xué)及高通量修飾組學(xué)等研究工作,。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1 .高通量定量蛋白分析:多對(duì)照組大規(guī)模實(shí)驗(yàn)分析，發(fā)現(xiàn)新的生物標(biāo)記物;

2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標(biāo)記方法,，適用于分析組織,、細(xì)胞,、血液等多種樣品;

3.質(zhì)譜分析靈敏度高，實(shí)驗(yàn)結(jié)果重復(fù)度高;

4.可檢測(cè)較低豐度蛋白,，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學(xué)分析,，分析更系統(tǒng)準(zhǔn)確。

三,、單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質(zhì)譜流式系統(tǒng)進(jìn)行單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析,，采用金屬元素標(biāo)記物（通常是金屬元素標(biāo)記的特異抗體）標(biāo)記細(xì)胞表面和內(nèi)部的分子，然后用流式細(xì)胞原理分離單個(gè)細(xì)胞,，再用電感耦合等離子體質(zhì)譜（ICP-MS）分析單個(gè)細(xì)胞的原子質(zhì)量譜,，zuì后將原子質(zhì)量譜數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為細(xì)胞表面和內(nèi)部的信號(hào)分子表達(dá)量。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1.技術(shù)*,，*技術(shù)空白

采用金屬標(biāo)記抗體技術(shù),，避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問(wèn)題?？稍趩渭?xì)胞層面上對(duì)多種指標(biāo)同時(shí)進(jìn)行表征,，百泰派克生物科技可做到同時(shí)檢測(cè)51個(gè)目標(biāo)蛋白。

2.分析數(shù)量大,，成本較低

單細(xì)胞RNAseq受成本等因素限制,，所有樣本細(xì)胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個(gè)左右，而流式質(zhì)譜技術(shù)一次（單樣本）就可分析至少10^5的細(xì)胞,，實(shí)現(xiàn)了數(shù)量級(jí)的提高,，且成本不高于單細(xì)胞RNAseq。

3.應(yīng)用前景大

①流式質(zhì)譜結(jié)果可以給出細(xì)胞亞群的變化,，在臨床診斷,、疾病機(jī)制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標(biāo)簽技術(shù)與其他技術(shù)結(jié)合會(huì)有新應(yīng)用方向,。除常規(guī)蛋白外,，質(zhì)譜流式細(xì)胞技術(shù)還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測(cè)細(xì)胞存活率,、細(xì)胞大小,、mRNA轉(zhuǎn)錄子表達(dá)量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等,。

四、基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專有的,、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案,。我們能夠幫助您實(shí)現(xiàn)10,000個(gè)以上I型多肽和10,000個(gè)以上II型多肽的鑒定和識(shí)別。通過(guò)我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學(xué)分析平臺(tái)進(jìn)行免疫肽組學(xué)分析,，可從zuì小的樣品材料中進(jìn)行可重復(fù)的識(shí)別和定量,。該服務(wù)可以應(yīng)用于大規(guī)模的研究,，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案,，深入挖掘未知的靶標(biāo),。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質(zhì)譜技術(shù),，MALDI TOF,，高效色譜分離技術(shù)，提供一系列完善的生物藥物分析方案,，從dànbáizhì,、多肽、抗體,、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級(jí)結(jié)構(gòu)分析,，到產(chǎn)品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質(zhì)生物藥物分析服務(wù),，幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質(zhì),。

百泰派克生物科技七大檢測(cè)平臺(tái)

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質(zhì)譜多組學(xué)優(yōu)質(zhì)服務(wù)商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測(cè)和項(xiàng)目驗(yàn)證等zhuānyè服務(wù),。公司實(shí)驗(yàn)室遵循NMPA,、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導(dǎo)原則,，通過(guò)CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認(rèn)證,，建立了完備的質(zhì)量體系，數(shù)據(jù)冷熱/異地備份,，設(shè)備定期計(jì)量/期間核查,，軟件審計(jì)追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術(shù)服務(wù),，支持新藥研發(fā),、藥物申報(bào)注冊(cè)和生產(chǎn)放行。

1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系,，zhuānyè提供以質(zhì)譜為基礎(chǔ)的CRO檢測(cè)分析服務(wù),；

2.獲國(guó)家CNAS實(shí)驗(yàn)室認(rèn)可，為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務(wù),；

3.業(yè)務(wù)范圍覆蓋dànbáizhì組學(xué),、多肽組學(xué)、代謝組學(xué),、生物藥物表征,、單細(xì)胞分析、單細(xì)胞質(zhì)譜流式,、生信云分析以及多組學(xué)生物質(zhì)譜整合分析等,；

4.七大質(zhì)量控制檢測(cè)平臺(tái),，滿足您一站式服務(wù)需求；

5.服務(wù)3000+企業(yè),，10000+客戶的選擇,；

6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務(wù)!

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