化工儀器網(wǎng)>產(chǎn)品展廳>技術(shù)服務(wù)>分子生物學(xué)服務(wù)>分子生物學(xué)整體服務(wù)> PRM蛋白質(zhì)組學(xué)如何助力生物標(biāo)志物驗證研
PRM蛋白質(zhì)組學(xué)如何助力生物標(biāo)志物驗證研
參考價 | ¥ 600 |
訂貨量 | ≥1件 |
- 公司名稱 北京百泰派克生物科技有限公司
- 品牌 百泰派克
- 型號
- 產(chǎn)地 中國
- 廠商性質(zhì) 其他
- 更新時間 2025/7/8 15:06:20
- 訪問次數(shù) 31
聯(lián)系方式:李欣18244218588 查看聯(lián)系方式
聯(lián)系我們時請說明是化工儀器網(wǎng)上看到的信息,謝謝!
業(yè)務(wù)范圍主要圍繞蛋白和小分子代謝物檢測兩大板塊,從事蛋白質(zhì)和小分子代謝物的理化性質(zhì)分析及結(jié)構(gòu)解析等相關(guān)技術(shù)服務(wù),,為客戶提供高性價比,、高效率的技術(shù)服務(wù)。
價格 | 詢價 |
---|
PRM蛋白質(zhì)組學(xué)如何助力生物標(biāo)志物驗證研究,?檢測技術(shù)服務(wù)詳情介紹
生物標(biāo)志物(Biomarkers)作為疾病早期診斷,、預(yù)后評估、治療監(jiān)測的重要手段,,正成為生物醫(yī)學(xué)研究的熱點,。而如何從成千上萬的蛋白中篩選并驗證出具有臨床意義的標(biāo)志物?Parallel Reaction Monitoring(PRM)作為一種高特異性,、高通量的靶向dànbáizhì定量技術(shù),,已經(jīng)成為推動生物標(biāo)志物研究由“候選發(fā)現(xiàn)”邁向“機(jī)制驗證”與“臨床應(yīng)用”的關(guān)鍵手段。本文將系統(tǒng)闡述PRMdànbáizhì組學(xué)在生物標(biāo)志物驗證中的應(yīng)用機(jī)制,、技術(shù)優(yōu)勢,、實驗設(shè)計與分析流程,,剖析其在dànbáizhì組學(xué)研究中的dútè價值,幫助科研人員高效完成標(biāo)志物驗證任務(wù),。
一,、從發(fā)現(xiàn)到驗證:生物標(biāo)志物驗證路徑
生物標(biāo)志物研究一般包括以下三個階段:
1、發(fā)現(xiàn)階段(Discovery)
采用數(shù)據(jù)依賴采集(DDA)或數(shù)據(jù)獨立采集(DIA)等無靶向dànbáizhì組學(xué)技術(shù),,從不同組別樣本中篩選出差異表達(dá)的蛋白候選物。
2,、驗證階段(Verification)
使用PRM等靶向技術(shù),,在更大規(guī)模樣本中對候選蛋白進(jìn)行高精度、定量驗證,。
3,、臨床驗證階段(Validation)
采用ELISA、質(zhì)譜多肽陣列等高通量平臺,,在臨床隊列中驗證其特異性和敏感性,。
其中,PRM技術(shù)在“發(fā)現(xiàn)”與“臨床驗證”之間起到橋梁作用,,既具有較強(qiáng)的靶向性和靈敏度,,又能保持多靶標(biāo)并行分析的能力,適合處理數(shù)量在幾十至數(shù)百個候選肽段的中等規(guī)模驗證任務(wù),。
二,、PRM技術(shù)原理與優(yōu)勢解析
PRM是基于高分辨率、高質(zhì)量精度質(zhì)譜平臺(如Thermo Orbitrap系列)開發(fā)的靶向定量分析方法,。其核心原理是:
在一級質(zhì)譜(MS1)選擇目標(biāo)肽段作為母離子(Precursor),,進(jìn)入碎裂室后產(chǎn)生多個碎片離子(Fragment ions);
使用二級質(zhì)譜(MS2)全掃描記錄所有碎片離子信號,;
利用肽段特征的碎片離子圖譜進(jìn)行定量與識別,。
PRMdànbáizhì組學(xué)的主要技術(shù)優(yōu)勢包括:
1、高特異性
PRM同時采集多個高分辨率碎片離子峰,,可有效區(qū)分共洗脫背景信號,,極大提高檢測的選擇性,尤其適用于復(fù)雜樣本(如血漿,、組織)中的低豐度蛋白,。
2、高精度與高重現(xiàn)性
相比SRM/MRM技術(shù),,PRM無需預(yù)設(shè)特定離子對,,采集范圍更廣,適配能力更強(qiáng),,實驗間重復(fù)性(CV)通??刂圃?0%以內(nèi),。
3、可追溯與易擴(kuò)展性強(qiáng)
所有采集的MS2譜圖可用于后期重新提取其他肽段的數(shù)據(jù),,便于擴(kuò)展目標(biāo)或修正錯誤,,是迭代研究和多中心項目的理想工具。
4,、方法開發(fā)效率高
基于DDA/DIA已有數(shù)據(jù)即可構(gòu)建靶標(biāo)肽段列表,,配合軟件(如Skyline)快速生成分析方法,節(jié)省開發(fā)周期與人力成本,。
三,、PRMdànbáizhì組學(xué)實驗設(shè)計要點
成功的生物標(biāo)志物驗證離不開合理的PRM實驗設(shè)計。以下為常見的設(shè)計要素:
1,、靶標(biāo)肽段選擇
(1)肽段應(yīng)wéiyī映射至目標(biāo)蛋白,,長度一般在7-20個氨基酸
(2)盡量避免氧化位點(Met)、脫氨基(Gln)等修飾敏感位點
(3)優(yōu)先選擇在DDA/DIA中有良好響應(yīng)強(qiáng)度的肽段
2,、內(nèi)標(biāo)設(shè)置
(1)推薦使用穩(wěn)定同位素標(biāo)記(SIS)肽段作為內(nèi)標(biāo),,實現(xiàn)juéduì定量或提高相對定量精度
(2)內(nèi)標(biāo)應(yīng)與內(nèi)源肽段保留時間一致、離子化效率接近
3,、儀器參數(shù)優(yōu)化
(1)采用高分辨率,、高質(zhì)量精度的Orbitrap儀器,MS2分辨率建議設(shè)為30,000或更高
(2)設(shè)置合理的保留時間窗口(RT window)與目標(biāo)碎片離子m/z,,以提高采集效率
4,、生物重復(fù)與QC設(shè)計
(1)每組樣本建議至少設(shè)置3個生物學(xué)重復(fù)
(2)實驗中設(shè)置QC樣本(如混合樣本、穩(wěn)定同位素肽段)以監(jiān)控系統(tǒng)穩(wěn)定性
四,、PRMdànbáizhì組學(xué)數(shù)據(jù)分析流程
1,、數(shù)據(jù)導(dǎo)入與靶標(biāo)設(shè)定
使用 Skyline 等軟件導(dǎo)入原始質(zhì)譜數(shù)據(jù)(如 Thermo .raw 文件),并加載目標(biāo)肽段列表及其對應(yīng)碎片離子,。
2,、色譜峰提取與峰識別
根據(jù)設(shè)定的保留時間窗口與離子對信息,提取目標(biāo)XIC(提取離子色譜圖),,并自動或手動識別色譜峰,。
3、峰積分與定量
通過積分各碎片離子的面積值實現(xiàn)肽段的相對或juéduì定量,,通常選取信噪比高,、重現(xiàn)性好的3-5個碎片離子。
4,、數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化與歸一化
常用方法包括:
使用內(nèi)標(biāo)校正(Normalization by SIS)
Total area normalization
Median normalization across runs
5,、統(tǒng)計分析
對處理后的定量數(shù)據(jù)進(jìn)行統(tǒng)計檢驗(如t檢驗、Mann-Whitney U檢驗),并結(jié)合ROC曲線評估診斷能力(AUC),、靈敏度和特異性等指標(biāo),。
6、可視化與報告輸出
通過火山圖,、熱圖,、聚類分析等形式展示差異肽段信息,并輸出標(biāo)準(zhǔn)化報告用于項目匯報或發(fā)表,。
五,、PRMdànbáizhì組學(xué)技術(shù)在生物標(biāo)志物驗證中的綜合優(yōu)勢
百泰派克生物科技基于Orbitrap Fusion Lumos/Exploris平臺,結(jié)合高覆蓋率靶標(biāo)數(shù)據(jù)庫和內(nèi)部優(yōu)化的PRM分析流程,,為客戶提供以下服務(wù):
從DDA發(fā)現(xiàn)到PRM驗證的一體化實驗方案
自建PRM模板庫,,覆蓋上萬個經(jīng)驗證的蛋白靶標(biāo)
zhuānyè的內(nèi)標(biāo)設(shè)計與合成支持,實現(xiàn)juéduì定量
標(biāo)準(zhǔn)化分析流程(Skyline + R),,輸出出版級圖表與統(tǒng)計結(jié)果
多種樣本類型支持:血清/血漿,、FFPE組織,、細(xì)胞裂解液等
PRMdànbáizhì組學(xué)以其zhuóyuè的特異性,、靈敏度和高重復(fù)性,成為生物標(biāo)志物驗證環(huán)節(jié)中的“黃金標(biāo)準(zhǔn)”,。通過合理的實驗設(shè)計,、jīngzhǔn的內(nèi)標(biāo)控制和標(biāo)準(zhǔn)化數(shù)據(jù)分析,科研人員可高效,、可靠地從眾多候選分子中篩選出具有轉(zhuǎn)化潛力的蛋白標(biāo)志物,。百泰派克生物科技將持續(xù)優(yōu)化 PRM 質(zhì)譜平臺與數(shù)據(jù)處理流程,助力標(biāo)志物從實驗室走向臨床,,為jīngzhǔn醫(yī)療發(fā)展貢獻(xiàn)技術(shù)力量,。如您在標(biāo)志物驗證過程中有任何技術(shù)需求,歡迎隨時與我們聯(lián)系,,獲取免費的項目評估與方法建議,。
百泰派克生物科技特色項目
一、蛋白測序
百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統(tǒng)對dànbáizhì序列進(jìn)行分析,,提供基于質(zhì)譜的蛋白測序分析服務(wù),,包括對dànbáizhì的氨基酸組成分析,Nduāncèxù,,Cduāncèxù和全序列分析,,以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務(wù)。對于未知理論序列的dànbáizhì,,提供基于從頭測序法的dànbáizhì從頭測序服務(wù),,對蛋白序列進(jìn)行分析。
※服務(wù)優(yōu)勢:
1.采用目前世界上*的質(zhì)譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;
2.可實現(xiàn)對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;
3.可測定蛋白N端多達(dá) 70個氨基酸序列;
4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;
5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug,,即可完成檢測;
6.測序不受N端封閉,,PEC和和糖基化等N端修飾的影響。
二,、dànbáizhì組學(xué)
百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺結(jié)合Nano-LC,,提供定量dànbáizhì組學(xué)、靶向dànbáizhì組學(xué),、多肽組學(xué),、翻譯后修飾蛋白組學(xué)等多種dànbáizhì組學(xué)分析服務(wù)。此外,,百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學(xué)服務(wù),,助力微量樣本蛋白組學(xué)、大樣本群醫(yī)學(xué)及高通量修飾組學(xué)等研究工作,。
※服務(wù)優(yōu)勢:
1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規(guī)模實驗分析,,發(fā)現(xiàn)新的生物標(biāo)記物;
2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標(biāo)記方法,適用于分析組織,、細(xì)胞,、血液等多種樣品;
3.質(zhì)譜分析靈敏度高,實驗結(jié)果重復(fù)度高;
4.可檢測較低豐度蛋白,,線性范圍廣;
5.zhuānyè生物信息學(xué)分析,,分析更系統(tǒng)準(zhǔn)確。
三,、單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析
百泰派克生物科技采用Fluidigm質(zhì)譜流式系統(tǒng)進(jìn)行單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析,,采用金屬元素標(biāo)記物(通常是金屬元素標(biāo)記的特異抗體)標(biāo)記細(xì)胞表面和內(nèi)部的分子,然后用流式細(xì)胞原理分離單個細(xì)胞,,再用電感耦合等離子體質(zhì)譜(ICP-MS)分析單個細(xì)胞的原子質(zhì)量譜,,zuì后將原子質(zhì)量譜數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為細(xì)胞表面和內(nèi)部的信號分子表達(dá)量。
※服務(wù)優(yōu)勢:
1.技術(shù)*,,*技術(shù)空白
采用金屬標(biāo)記抗體技術(shù),,避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問題??稍趩渭?xì)胞層面上對多種指標(biāo)同時進(jìn)行表征,,百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標(biāo)蛋白。
2.分析數(shù)量大,,成本較低
單細(xì)胞RNAseq受成本等因素限制,,所有樣本細(xì)胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個左右,而流式質(zhì)譜技術(shù)一次(單樣本)就可分析至少10^5的細(xì)胞,,實現(xiàn)了數(shù)量級的提高,,且成本不高于單細(xì)胞RNAseq,。
3.應(yīng)用前景大
①流式質(zhì)譜結(jié)果可以給出細(xì)胞亞群的變化,在臨床診斷,、疾病機(jī)制研究等方面具有極大的研究前景,;
②將金屬標(biāo)簽技術(shù)與其他技術(shù)結(jié)合會有新應(yīng)用方向。除常規(guī)蛋白外,,質(zhì)譜流式細(xì)胞技術(shù)還可用于蛋白翻譯后修飾,;
③可檢測細(xì)胞存活率、細(xì)胞大小,、mRNA轉(zhuǎn)錄子表達(dá)量,、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。
四,、基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)
百泰派克生物科技的基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專有的,、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實現(xiàn)10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別,。通過我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學(xué)分析平臺進(jìn)行免疫肽組學(xué)分析,,可從zuì小的樣品材料中進(jìn)行可重復(fù)的識別和定量。該服務(wù)可以應(yīng)用于大規(guī)模的研究,,旨在助力科研工作者尋找癌癥,、免疫疾病及傳染病的解決方案,深入挖掘未知的靶標(biāo),。
五,、生物藥物表征
百泰派克基于高分辨率質(zhì)譜技術(shù),,MALDI TOF,,高效色譜分離技術(shù),提供一系列完善的生物藥物分析方案,,從dànbáizhì,、多肽、抗體,、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結(jié)構(gòu)分析,,到產(chǎn)品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質(zhì)生物藥物分析服務(wù),,幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質(zhì),。
百泰派克生物科技七大檢測平臺
百泰派克生物科技-生物制品表征,生物質(zhì)譜多組學(xué)優(yōu)質(zhì)服務(wù)商
北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測和項目驗證等zhuānyè服務(wù),。公司實驗室遵循NMPA,、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導(dǎo)原則,,通過CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認(rèn)證,,建立了完備的質(zhì)量體系,數(shù)據(jù)冷熱/異地備份,設(shè)備定期計量/期間核查,,軟件審計追蹤,,為客戶提供一體化解決方案和技術(shù)服務(wù),支持新藥研發(fā),、藥物申報注冊和生產(chǎn)放行,。
1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系,zhuānyè提供以質(zhì)譜為基礎(chǔ)的CRO檢測分析服務(wù),;
2.獲國家CNAS實驗室認(rèn)可,,為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務(wù);
3.業(yè)務(wù)范圍覆蓋dànbáizhì組學(xué),、多肽組學(xué),、代謝組學(xué)、生物藥物表征,、單細(xì)胞分析,、單細(xì)胞質(zhì)譜流式、生信云分析以及多組學(xué)生物質(zhì)譜整合分析等,;
4.七大質(zhì)量控制檢測平臺,,滿足您一站式服務(wù)需求;
5.服務(wù)3000+企業(yè),,10000+客戶的選擇,;
6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務(wù)!