PRM蛋白質(zhì)組學(xué)如何助力生物標志物驗證研究,？檢測技術(shù)服務(wù)詳情介紹

生物標志物（Biomarkers）作為疾病早期診斷、預(yù)后評估,、治療監(jiān)測的重要手段,，正成為生物醫(yī)學(xué)研究的熱點。而如何從成千上萬的蛋白中篩選并驗證出具有臨床意義的標志物,？Parallel Reaction Monitoring（PRM）作為一種高特異性,、高通量的靶向dànbáizhì定量技術(shù)，已經(jīng)成為推動生物標志物研究由“候選發(fā)現(xiàn)”邁向“機制驗證”與“臨床應(yīng)用”的關(guān)鍵手段,。本文將系統(tǒng)闡述PRMdànbáizhì組學(xué)在生物標志物驗證中的應(yīng)用機制,、技術(shù)優(yōu)勢、實驗設(shè)計與分析流程,，剖析其在dànbáizhì組學(xué)研究中的dútè價值,，幫助科研人員高效完成標志物驗證任務(wù)。

一,、從發(fā)現(xiàn)到驗證：生物標志物驗證路徑

生物標志物研究一般包括以下三個階段：

1,、發(fā)現(xiàn)階段（Discovery）

采用數(shù)據(jù)依賴采集（DDA）或數(shù)據(jù)獨立采集（DIA）等無靶向dànbáizhì組學(xué)技術(shù)，從不同組別樣本中篩選出差異表達的蛋白候選物,。

2,、驗證階段（Verification）

使用PRM等靶向技術(shù)，在更大規(guī)模樣本中對候選蛋白進行高精度,、定量驗證,。

3、臨床驗證階段（Validation）

采用ELISA,、質(zhì)譜多肽陣列等高通量平臺,，在臨床隊列中驗證其特異性和敏感性。

其中,，PRM技術(shù)在“發(fā)現(xiàn)”與“臨床驗證”之間起到橋梁作用,，既具有較強的靶向性和靈敏度,，又能保持多靶標并行分析的能力，適合處理數(shù)量在幾十至數(shù)百個候選肽段的中等規(guī)模驗證任務(wù),。

二,、PRM技術(shù)原理與優(yōu)勢解析

PRM是基于高分辨率、高質(zhì)量精度質(zhì)譜平臺（如Thermo Orbitrap系列）開發(fā)的靶向定量分析方法,。其核心原理是：

• 在一級質(zhì)譜（MS1）選擇目標肽段作為母離子（Precursor）,，進入碎裂室后產(chǎn)生多個碎片離子（Fragment ions）；

• 使用二級質(zhì)譜（MS2）全掃描記錄所有碎片離子信號,；

• 利用肽段特征的碎片離子圖譜進行定量與識別,。

PRMdànbáizhì組學(xué)的主要技術(shù)優(yōu)勢包括：

1、高特異性

PRM同時采集多個高分辨率碎片離子峰,，可有效區(qū)分共洗脫背景信號,，極大提高檢測的選擇性，尤其適用于復(fù)雜樣本（如血漿,、組織）中的低豐度蛋白,。

2、高精度與高重現(xiàn)性

相比SRM/MRM技術(shù),，PRM無需預(yù)設(shè)特定離子對,，采集范圍更廣，適配能力更強,，實驗間重復(fù)性（CV）通?？刂圃?0%以內(nèi)。

3,、可追溯與易擴展性強

所有采集的MS2譜圖可用于后期重新提取其他肽段的數(shù)據(jù),，便于擴展目標或修正錯誤，是迭代研究和多中心項目的理想工具,。

4,、方法開發(fā)效率高

基于DDA/DIA已有數(shù)據(jù)即可構(gòu)建靶標肽段列表，配合軟件（如Skyline）快速生成分析方法,，節(jié)省開發(fā)周期與人力成本,。

三、PRMdànbáizhì組學(xué)實驗設(shè)計要點

成功的生物標志物驗證離不開合理的PRM實驗設(shè)計,。以下為常見的設(shè)計要素：

1,、靶標肽段選擇

（1）肽段應(yīng)wéiyī映射至目標蛋白，長度一般在7-20個氨基酸

（2）盡量避免氧化位點（Met）,、脫氨基（Gln）等修飾敏感位點

（3）優(yōu)先選擇在DDA/DIA中有良好響應(yīng)強度的肽段

2、內(nèi)標設(shè)置

（1）推薦使用穩(wěn)定同位素標記（SIS）肽段作為內(nèi)標,，實現(xiàn)juéduì定量或提高相對定量精度

（2）內(nèi)標應(yīng)與內(nèi)源肽段保留時間一致,、離子化效率接近

3,、儀器參數(shù)優(yōu)化

（1）采用高分辨率、高質(zhì)量精度的Orbitrap儀器,，MS2分辨率建議設(shè)為30,000或更高

（2）設(shè)置合理的保留時間窗口（RT window）與目標碎片離子m/z,，以提高采集效率

4、生物重復(fù)與QC設(shè)計

（1）每組樣本建議至少設(shè)置3個生物學(xué)重復(fù)

（2）實驗中設(shè)置QC樣本（如混合樣本,、穩(wěn)定同位素肽段）以監(jiān)控系統(tǒng)穩(wěn)定性

四,、PRMdànbáizhì組學(xué)數(shù)據(jù)分析流程

1、數(shù)據(jù)導(dǎo)入與靶標設(shè)定

使用 Skyline 等軟件導(dǎo)入原始質(zhì)譜數(shù)據(jù)（如 Thermo .raw 文件）,，并加載目標肽段列表及其對應(yīng)碎片離子,。

2、色譜峰提取與峰識別

根據(jù)設(shè)定的保留時間窗口與離子對信息,，提取目標XIC（提取離子色譜圖）,，并自動或手動識別色譜峰。

3,、峰積分與定量

通過積分各碎片離子的面積值實現(xiàn)肽段的相對或juéduì定量,，通常選取信噪比高、重現(xiàn)性好的3-5個碎片離子,。

4,、數(shù)據(jù)標準化與歸一化

常用方法包括：

• 使用內(nèi)標校正（Normalization by SIS）

• Total area normalization

• Median normalization across runs

5、統(tǒng)計分析

對處理后的定量數(shù)據(jù)進行統(tǒng)計檢驗（如t檢驗,、Mann-Whitney U檢驗）,，并結(jié)合ROC曲線評估診斷能力（AUC）、靈敏度和特異性等指標,。

6,、可視化與報告輸出

通過火山圖、熱圖,、聚類分析等形式展示差異肽段信息,，并輸出標準化報告用于項目匯報或發(fā)表。

五,、PRMdànbáizhì組學(xué)技術(shù)在生物標志物驗證中的綜合優(yōu)勢

百泰派克生物科技基于Orbitrap Fusion Lumos/Exploris平臺,，結(jié)合高覆蓋率靶標數(shù)據(jù)庫和內(nèi)部優(yōu)化的PRM分析流程，為客戶提供以下服務(wù)：

• 從DDA發(fā)現(xiàn)到PRM驗證的一體化實驗方案

• 自建PRM模板庫,，覆蓋上萬個經(jīng)驗證的蛋白靶標

• zhuānyè的內(nèi)標設(shè)計與合成支持,，實現(xiàn)juéduì定量

• 標準化分析流程（Skyline + R），輸出出版級圖表與統(tǒng)計結(jié)果

• 多種樣本類型支持：血清/血漿,、FFPE組織,、細胞裂解液等

PRMdànbáizhì組學(xué)以其zhuóyuè的特異性、靈敏度和高重復(fù)性,，成為生物標志物驗證環(huán)節(jié)中的“黃金標準”,。通過合理的實驗設(shè)計,、jīngzhǔn的內(nèi)標控制和標準化數(shù)據(jù)分析，科研人員可高效,、可靠地從眾多候選分子中篩選出具有轉(zhuǎn)化潛力的蛋白標志物,。百泰派克生物科技將持續(xù)優(yōu)化 PRM 質(zhì)譜平臺與數(shù)據(jù)處理流程，助力標志物從實驗室走向臨床,，為jīngzhǔn醫(yī)療發(fā)展貢獻技術(shù)力量,。如您在標志物驗證過程中有任何技術(shù)需求，歡迎隨時與我們聯(lián)系,，獲取免費的項目評估與方法建議,。

百泰派克生物科技特色項目

一、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統(tǒng)對dànbáizhì序列進行分析,，提供基于質(zhì)譜的蛋白測序分析服務(wù),，包括對dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù,，Cduāncèxù和全序列分析,，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務(wù)。對于未知理論序列的dànbáizhì,，提供基于從頭測序法的dànbáizhì從頭測序服務(wù),，對蛋白序列進行分析。

※服務(wù)優(yōu)勢：

1.采用目前世界上*的質(zhì)譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實現(xiàn)對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達 70個氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液,、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug,，即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響,。

二,、dànbáizhì組學(xué)

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺結(jié)合Nano-LC，提供定量dànbáizhì組學(xué),、靶向dànbáizhì組學(xué),、多肽組學(xué)、翻譯后修飾蛋白組學(xué)等多種dànbáizhì組學(xué)分析服務(wù),。此外,，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學(xué)服務(wù)，助力微量樣本蛋白組學(xué),、大樣本群醫(yī)學(xué)及高通量修飾組學(xué)等研究工作,。

※服務(wù)優(yōu)勢：

1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規(guī)模實驗分析，發(fā)現(xiàn)新的生物標記物;

2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標記方法,，適用于分析組織,、細胞、血液等多種樣品;

3.質(zhì)譜分析靈敏度高，實驗結(jié)果重復(fù)度高;

4.可檢測較低豐度蛋白,，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學(xué)分析,，分析更系統(tǒng)準確,。

三,、單細胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質(zhì)譜流式系統(tǒng)進行單細胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析，采用金屬元素標記物（通常是金屬元素標記的特異抗體）標記細胞表面和內(nèi)部的分子,，然后用流式細胞原理分離單個細胞,，再用電感耦合等離子體質(zhì)譜（ICP-MS）分析單個細胞的原子質(zhì)量譜，zuì后將原子質(zhì)量譜數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為細胞表面和內(nèi)部的信號分子表達量,。

※服務(wù)優(yōu)勢：

1.技術(shù)*,，*技術(shù)空白

采用金屬標記抗體技術(shù)，避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問題,?？稍趩渭毎麑用嫔蠈Χ喾N指標同時進行表征，百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標蛋白,。

2.分析數(shù)量大,，成本較低

單細胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個左右,，而流式質(zhì)譜技術(shù)一次（單樣本）就可分析至少10^5的細胞,，實現(xiàn)了數(shù)量級的提高，且成本不高于單細胞RNAseq,。

3.應(yīng)用前景大

①流式質(zhì)譜結(jié)果可以給出細胞亞群的變化,，在臨床診斷、疾病機制研究等方面具有極大的研究前景,；

②將金屬標簽技術(shù)與其他技術(shù)結(jié)合會有新應(yīng)用方向,。除常規(guī)蛋白外，質(zhì)譜流式細胞技術(shù)還可用于蛋白翻譯后修飾,；

③可檢測細胞存活率,、細胞大小、mRNA轉(zhuǎn)錄子表達量,、DNA合成速率以及蛋白酶活性等,。

四、基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專有的,、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案,。我們能夠幫助您實現(xiàn)10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別。通過我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學(xué)分析平臺進行免疫肽組學(xué)分析,，可從zuì小的樣品材料中進行可重復(fù)的識別和定量,。該服務(wù)可以應(yīng)用于大規(guī)模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥,、免疫疾病及傳染病的解決方案,，深入挖掘未知的靶標,。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質(zhì)譜技術(shù),，MALDI TOF,，高效色譜分離技術(shù)，提供一系列完善的生物藥物分析方案,，從dànbáizhì,、多肽、抗體,、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結(jié)構(gòu)分析,，到產(chǎn)品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質(zhì)生物藥物分析服務(wù),，幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質(zhì),。

百泰派克生物科技七大檢測平臺

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質(zhì)譜多組學(xué)優(yōu)質(zhì)服務(wù)商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測和項目驗證等zhuānyè服務(wù),。公司實驗室遵循NMPA,、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導(dǎo)原則,，通過CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認證,，建立了完備的質(zhì)量體系，數(shù)據(jù)冷熱/異地備份,，設(shè)備定期計量/期間核查,，軟件審計追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術(shù)服務(wù),，支持新藥研發(fā),、藥物申報注冊和生產(chǎn)放行。

1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系,，zhuānyè提供以質(zhì)譜為基礎(chǔ)的CRO檢測分析服務(wù),；

2.獲國家CNAS實驗室認可，為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務(wù),；

3.業(yè)務(wù)范圍覆蓋dànbáizhì組學(xué),、多肽組學(xué)、代謝組學(xué),、生物藥物表征,、單細胞分析、單細胞質(zhì)譜流式,、生信云分析以及多組學(xué)生物質(zhì)譜整合分析等,；

4.七大質(zhì)量控制檢測平臺，滿足您一站式服務(wù)需求；

5.服務(wù)3000+企業(yè),，10000+客戶的選擇,；

6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務(wù)!

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