從樣本到結果：PRM定量蛋白質組學分析流程詳解檢測技術服務詳情介紹

在靶向dànbáizhì定量研究中，PRM（Parallel Reaction Monitoring）因其出色的特異性與靈敏度,，已被廣泛應用于疾病標志物驗證,、藥物研發(fā)以及機制研究。然而,，PRM的有效性不僅取決于質譜設備的*程度,，更依賴于從樣本處理到數(shù)據(jù)解讀的全流程質量控制。本文將以樣本處理到zuì終數(shù)據(jù)解讀的完整流程為主線,，詳解PRM定量蛋白組學分析的關鍵步驟,。

一、PRM定量dànbáizhì組學分析之樣本類型與前處理

PRM分析對樣本質量要求較高,，建議使用凍存組織,、細胞裂解液、血清/血漿,、腦脊液等生物樣本,，保證在冷鏈條件下采集和保存,，避免蛋白降解。

1,、樣本處理關鍵環(huán)節(jié)：

（1）蛋白提?。?采用RIPA、SDS等裂解液確保蛋白wánquán釋放,；對膜蛋白,、核蛋白等需優(yōu)化提取方案,。

（2）定量檢測： BCA法進行濃度測定,，確保各樣本間起始蛋白量一致。

（3）還原烷基化： DTT/TCEP還原二硫鍵,，IAA封閉巰基,，提升酶解效率。

（4）酶解步驟： Trypsin或Lys-C酶解過夜,，控制溫度與時間避免過度或不足酶解,。

（5）肽段純化： 使用C18固相提取柱去除雜質，提高質譜兼容性,。

二,、PRM定量dànbáizhì組學分析之質譜采集

為實現(xiàn)bǎxiàngdàn白的jīngzhǔn定量，需在前期進行嚴謹?shù)姆椒ㄩ_發(fā),。

1,、方法開發(fā)與內(nèi)標引入：

（1）肽段篩選： 基于UniProt數(shù)據(jù)庫選取代表性肽段，排除修飾位點和共享肽段,。

（2）合成穩(wěn)定同位素標記內(nèi)標（SIS）： 與目標肽段同源但質量差異可區(qū)分,，實現(xiàn)相對/juéduì定量。

（3）質譜方法設定： 選擇前體離子及其zuì具代表性的碎片離子,，設置保留時間窗口及采集循環(huán)參數(shù),。

2、PRM數(shù)據(jù)采集要點（Orbitrap平臺）：

（1）分辨率選擇： 常用30,000或60,000平衡靈敏度與掃描速度,。

（2）填充時間與AGC設定： 保證足夠的離子積累,。

（3）質量窗口與RT優(yōu)化： 提升靶點識別的特異性與穩(wěn)定性。

三,、PRM定量dànbáizhì組學分析之數(shù)據(jù)處理與結果輸出

PRM具有清晰透明的數(shù)據(jù)處理過程,。

1、Skyline軟件分析流程：

（1）導入質譜raw數(shù)據(jù)與方法文件,，載入內(nèi)標信息,，自動提取XIC（離子色譜峰）。

（2）峰面積比值計算：利用內(nèi)標峰與目標峰面積比實現(xiàn)定量,，適配相對/juéduì定量需求,。

（3）保留時間匹配與手動校正：提高峰識別準確性。

（4）批量標準化與歸一化處理：去除批次效應與技術誤差。

2,、定量數(shù)據(jù)解讀：

（1）統(tǒng)計分析： t檢驗,、ANOVA等方法比較組間表達差異。

（2）多重校正： 控制假陽性率,，如Benjamini-Hochberg法,。

（3）生物學解讀： 結合GO/KEGG通路富集分析，挖掘潛在機制,。

百泰派克生物科技的標準化PRM服務流程

百泰派克建立了從樣本處理到報告交付的全流程標準體系：

1,、標準化前處理SOP：保障樣本一致性與蛋白完整性。

2,、靶向肽段數(shù)據(jù)庫與內(nèi)標庫：覆蓋上千種常見靶標,。

3、定制化Skyline方法開發(fā)：自動化,、高重復性定量,。

4、可視化數(shù)據(jù)報告：支持差異分析,、聚類,、機制注釋，助力客戶快速理解結果,。

高質量的PRM定量dànbáizhì組學分析,，離不開嚴格控制的樣本處理流程與成熟穩(wěn)定的數(shù)據(jù)分析方案。PRM質譜的價值不僅在于其出色的靶向定量能力,，更在于它依托于一整套標準化,、可重復的分析流程。從樣本采集,、蛋白酶解,、肽段富集，到方法開發(fā),、數(shù)據(jù)采集和解讀,，每一步都關乎zuì終數(shù)據(jù)的可信度。百泰派克生物科技憑借zhuānyè平臺與經(jīng)驗團隊,，為科研人員提供可靠,、透明、可重復的PRM定量服務,。

百泰派克生物科技特色項目

一,、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統(tǒng)對dànbáizhì序列進行分析，提供基于質譜的蛋白測序分析服務,，包括對dànbáizhì的氨基酸組成分析,，Nduāncèxù,，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務,。對于未知理論序列的dànbáizhì,，提供基于從頭測序法的dànbáizhì從頭測序服務，對蛋白序列進行分析,。

※服務優(yōu)勢：

1.采用目前世界上*的質譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實現(xiàn)對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達 70個氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液,、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉,，PEC和和糖基化等N端修飾的影響,。

二、dànbáizhì組學

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質譜平臺結合Nano-LC,，提供定量dànbáizhì組學,、靶向dànbáizhì組學,、多肽組學,、翻譯后修飾蛋白組學等多種dànbáizhì組學分析服務。此外,，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學服務,，助力微量樣本蛋白組學、大樣本群醫(yī)學及高通量修飾組學等研究工作,。

※服務優(yōu)勢：

1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規(guī)模實驗分析,，發(fā)現(xiàn)新的生物標記物;

2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標記方法，適用于分析組織,、細胞,、血液等多種樣品;

3.質譜分析靈敏度高，實驗結果重復度高;

4.可檢測較低豐度蛋白,，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學分析,，分析更系統(tǒng)準確。

三,、單細胞質譜流式技術分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質譜流式系統(tǒng)進行單細胞質譜流式技術分析,，采用金屬元素標記物（通常是金屬元素標記的特異抗體）標記細胞表面和內(nèi)部的分子，然后用流式細胞原理分離單個細胞,，再用電感耦合等離子體質譜（ICP-MS）分析單個細胞的原子質量譜,，zuì后將原子質量譜數(shù)據(jù)轉換為細胞表面和內(nèi)部的信號分子表達量。

※服務優(yōu)勢：

1.技術*,，*技術空白

采用金屬標記抗體技術,，避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問題?？稍趩渭毎麑用嫔蠈Χ喾N指標同時進行表征,，百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標蛋白,。

2.分析數(shù)量大，成本較低

單細胞RNAseq受成本等因素限制,，所有樣本細胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個左右,，而流式質譜技術一次（單樣本）就可分析至少10^5的細胞，實現(xiàn)了數(shù)量級的提高,，且成本不高于單細胞RNAseq,。

3.應用前景大

①流式質譜結果可以給出細胞亞群的變化，在臨床診斷,、疾病機制研究等方面具有極大的研究前景,；

②將金屬標簽技術與其他技術結合會有新應用方向。除常規(guī)蛋白外,，質譜流式細胞技術還可用于蛋白翻譯后修飾,；

③可檢測細胞存活率、細胞大小,、mRNA轉錄子表達量,、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四,、基于高精度質譜的免疫多肽組學分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質譜的免疫多肽組學分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專有的,、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實現(xiàn)10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別,。通過我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學分析平臺進行免疫肽組學分析,，可從zuì小的樣品材料中進行可重復的識別和定量。該服務可以應用于大規(guī)模的研究,，旨在助力科研工作者尋找癌癥,、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標,。

五,、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質譜技術，MALDI TOF,，高效色譜分離技術,，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì,、多肽,、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結構分析,，到產(chǎn)品變異性和純度分析,。旨在提供優(yōu)質生物藥物分析服務，幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質,。

百泰派克生物科技七大檢測平臺

百泰派克生物科技-生物制品表征,，生物質譜多組學優(yōu)質服務商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質量控制檢測和項目驗證等zhuānyè服務,。公司實驗室遵循NMPA、ICH,、FDA和EMA等的法規(guī)和指導原則,，通過CNAS/ISO9001雙重質量體系認證，建立了完備的質量體系,，數(shù)據(jù)冷熱/異地備份,，設備定期計量/期間核查，軟件審計追蹤,，為客戶提供一體化解決方案和技術服務,，支持新藥研發(fā)、藥物申報注冊和生產(chǎn)放行,。

1.公司采用ISO9001質量控制體系,，zhuānyè提供以質譜為基礎的CRO檢測分析服務；

2.獲國家CNAS實驗室認可,，為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質量研究服務,；

3.業(yè)務范圍覆蓋dànbáizhì組學、多肽組學,、代謝組學,、生物藥物表征、單細胞分析,、單細胞質譜流式、生信云分析以及多組學生物質譜整合分析等,；

4.七大質量控制檢測平臺,，滿足您一站式服務需求；

5.服務3000+企業(yè),，10000+客戶的選擇,；

6.致力于為您提供優(yōu)質的生物質譜分析服務!

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