SWATH-MS vs DDA-MS：哪種技術(shù)適合你的研究,？檢測(cè)技術(shù)服務(wù)詳情介紹

在蛋白組學(xué)研究中,，選擇合適的質(zhì)譜采集方式是獲得高質(zhì)量數(shù)據(jù)的關(guān)鍵。目前,，SWATH-MS（Sequential Window Acquisition of all Theoretical fragment ion spectra）與DDA-MS（Data-Dependent Acquisition）是兩種主流的數(shù)據(jù)采集技術(shù),，各具優(yōu)勢(shì)。對(duì)于科研人員而言,，理解這兩種方法的原理,、適用場(chǎng)景和技術(shù)局限，將有助于制定更合理的實(shí)驗(yàn)策略。

一,、什么是DDA-MS,？

DDA（Data-Dependent Acquisition）是目前應(yīng)用zuì廣泛的質(zhì)譜采集策略之一。其工作原理是：質(zhì)譜儀在一次MS1掃描后,，根據(jù)預(yù)設(shè)的強(qiáng)度閾值,，選擇zuì強(qiáng)的若干前體離子進(jìn)行MS/MS碎裂分析。

? 優(yōu)勢(shì)：

• 高質(zhì)量MS/MS譜圖：針對(duì)高豐度離子,，能夠獲得高分辨率,、高信噪比的碎片譜。

• 成熟的數(shù)據(jù)庫搜索工具：如Mascot,、SEQUEST,、MaxQuant等支持廣泛。

• 適合新蛋白鑒定：尤其在探索性研究中表現(xiàn)優(yōu)異,。

?? 局限：

• 采集偏倚：易忽略低豐度蛋白或復(fù)雜樣本中的次要離子,。

• 重復(fù)性差：由于每次采集選擇的前體離子不同，生物重復(fù)間可比性較差,。

• 數(shù)據(jù)缺失嚴(yán)重：導(dǎo)致蛋白定量不完整,，影響下游分析的穩(wěn)健性。

二,、什么是SWATH-MS,？

SWATH-MS是基于DIA（Data-Independent Acquisition）策略的一種數(shù)據(jù)采集方法，它將m/z范圍劃分為連續(xù)的窗口（通常為20–25 Da）,，對(duì)每個(gè)窗口內(nèi)所有離子同時(shí)進(jìn)行碎裂和記錄,。

? 優(yōu)勢(shì)：

• 高度重現(xiàn)性：全掃描方式使每次運(yùn)行的數(shù)據(jù)一致，利于跨組學(xué)比較,。

• 全面覆蓋低豐度蛋白：不受離子強(qiáng)度選擇限制,，提高檢出率。

• 適合大規(guī)模定量研究：如生物標(biāo)志物篩選,、多批次樣本分析,。

?? 局限：

• 譜圖重疊嚴(yán)重：碎片離子來源復(fù)雜，解析難度高,。

• 對(duì)光譜庫依賴強(qiáng)：需要高質(zhì)量,、完整的參考光譜庫支持分析。

• 前期方法建立復(fù)雜：涉及窗口設(shè)置,、標(biāo)準(zhǔn)品選擇等多個(gè)步驟,。

三、樣本類型與研究目標(biāo)：你該如何選擇,？

1,、探索性 vs 驗(yàn)證性研究

• 若目標(biāo)是發(fā)現(xiàn)新的蛋白或通路,，建議優(yōu)先選擇DDA-MS，其對(duì)新蛋白具有更強(qiáng)的鑒定能力,。

• 若是針對(duì)已知蛋白進(jìn)行大規(guī)模、重復(fù)性強(qiáng)的定量分析,，如候選生物標(biāo)志物驗(yàn)證,，則SWATH-MS更具優(yōu)勢(shì)。

2,、 樣本復(fù)雜度

• 對(duì)于復(fù)雜度較低的樣本（如純化蛋白,、細(xì)胞系），DDA足以應(yīng)對(duì),；

• 而對(duì)于組織樣本,、體液、微量起始材料,，SWATH能提供更全面的定量覆蓋,。

3、預(yù)算與時(shí)間因素

• DDA方法分析周期短,、上手快,；

• SWATH需前期建立光譜庫，但一旦建成,，可批量處理大量樣本,，適合長期項(xiàng)目。

※ 總結(jié)：選擇技術(shù),，關(guān)鍵看“匹配度”

無論你正在進(jìn)行基礎(chǔ)研究還是轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)項(xiàng)目,，選擇合適的采集模式都至關(guān)重要。SWATH-MS的高通量與重復(fù)性優(yōu)勢(shì),，正在逐步成為標(biāo)準(zhǔn)化dànbáizhì定量的主流趨勢(shì),；而DDA-MS則仍是bùkětìdài的探索性工具。zuì佳策略,，往往是將二者結(jié)合使用：前期DDA建立光譜庫,，后期用SWATH進(jìn)行大規(guī)模定量。百泰派克生物科技提供SWATH定量蛋白組學(xué)一站式解決方案,，如需深入了解蛋白組學(xué)項(xiàng)目設(shè)計(jì),，歡迎聯(lián)系我們獲取免費(fèi)的項(xiàng)目咨詢與技術(shù)建議。

百泰派克生物科技特色項(xiàng)目

一,、蛋白測(cè)序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀及島津公司埃德曼降解測(cè)序系統(tǒng)對(duì)dànbáizhì序列進(jìn)行分析,，提供基于質(zhì)譜的蛋白測(cè)序分析服務(wù)，包括對(duì)dànbáizhì的氨基酸組成分析,，Nduāncèxù,，Cduāncèxù和全序列分析,，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務(wù)。對(duì)于未知理論序列的dànbáizhì,，提供基于從頭測(cè)序法的dànbáizhì從頭測(cè)序服務(wù),，對(duì)蛋白序列進(jìn)行分析。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1.采用目前世界上先進(jìn)的質(zhì)譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實(shí)現(xiàn)對(duì)所測(cè)定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測(cè)定蛋白N端多達(dá) 70個(gè)氨基酸序列;

4.可測(cè)定多種形式的樣品: 蛋白溶液,、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug,，即可完成檢測(cè);

6.測(cè)序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響,。

二,、dànbáizhì組學(xué)

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺(tái)結(jié)合Nano-LC，提供定量dànbáizhì組學(xué),、靶向dànbáizhì組學(xué),、多肽組學(xué)、翻譯后修飾蛋白組學(xué)等多種dànbáizhì組學(xué)分析服務(wù),。此外,，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學(xué)服務(wù)，助力微量樣本蛋白組學(xué),、大樣本群醫(yī)學(xué)及高通量修飾組學(xué)等研究工作,。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1 .高通量定量蛋白分析:多對(duì)照組大規(guī)模實(shí)驗(yàn)分析，發(fā)現(xiàn)新的生物標(biāo)記物;

2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標(biāo)記方法,，適用于分析組織,、細(xì)胞、血液等多種樣品;

3.質(zhì)譜分析靈敏度高,，實(shí)驗(yàn)結(jié)果重復(fù)度高;

4.可檢測(cè)較低豐度蛋白,，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學(xué)分析，分析更系統(tǒng)準(zhǔn)確,。

三,、單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質(zhì)譜流式系統(tǒng)進(jìn)行單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析，采用金屬元素標(biāo)記物（通常是金屬元素標(biāo)記的特異抗體）標(biāo)記細(xì)胞表面和內(nèi)部的分子,，然后用流式細(xì)胞原理分離單個(gè)細(xì)胞,，再用電感耦合等離子體質(zhì)譜（ICP-MS）分析單個(gè)細(xì)胞的原子質(zhì)量譜，zuì后將原子質(zhì)量譜數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為細(xì)胞表面和內(nèi)部的信號(hào)分子表達(dá)量,。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1.技術(shù)先進(jìn),，填補(bǔ)技術(shù)空白

采用金屬標(biāo)記抗體技術(shù)，避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問題,?？稍趩渭?xì)胞層面上對(duì)多種指標(biāo)同時(shí)進(jìn)行表征，百泰派克生物科技可做到同時(shí)檢測(cè)51個(gè)目標(biāo)蛋白,。

2.分析數(shù)量大,，成本較低

單細(xì)胞RNAseq受成本等因素限制,，所有樣本細(xì)胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個(gè)左右，而流式質(zhì)譜技術(shù)一次（單樣本）就可分析至少10^5的細(xì)胞,，實(shí)現(xiàn)了數(shù)量級(jí)的提高,，且成本不高于單細(xì)胞RNAseq。

3.應(yīng)用前景大

①流式質(zhì)譜結(jié)果可以給出細(xì)胞亞群的變化,，在臨床診斷,、疾病機(jī)制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標(biāo)簽技術(shù)與其他技術(shù)結(jié)合會(huì)有新應(yīng)用方向,。除常規(guī)蛋白外，質(zhì)譜流式細(xì)胞技術(shù)還可用于蛋白翻譯后修飾,；

③可檢測(cè)細(xì)胞存活率,、細(xì)胞大小、mRNA轉(zhuǎn)錄子表達(dá)量,、DNA合成速率以及蛋白酶活性等,。

四、基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專有的,、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案,。我們能夠幫助您實(shí)現(xiàn)10,000個(gè)以上I型多肽和10,000個(gè)以上II型多肽的鑒定和識(shí)別。通過我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學(xué)分析平臺(tái)進(jìn)行免疫肽組學(xué)分析,，可從zuì小的樣品材料中進(jìn)行可重復(fù)的識(shí)別和定量,。該服務(wù)可以應(yīng)用于大規(guī)模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥,、免疫疾病及傳染病的解決方案,，深入挖掘未知的靶標(biāo)。

五,、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質(zhì)譜技術(shù),，MALDI TOF，高效色譜分離技術(shù),，提供一系列完善的生物藥物分析方案,，從dànbáizhì、多肽,、抗體,、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級(jí)結(jié)構(gòu)分析，到產(chǎn)品變異性和純度分析,。旨在提供優(yōu)質(zhì)生物藥物分析服務(wù),，幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質(zhì)。

百泰派克生物科技七大檢測(cè)平臺(tái)

百泰派克生物科技-生物制品表征,，生物質(zhì)譜多組學(xué)優(yōu)質(zhì)服務(wù)商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測(cè)和項(xiàng)目驗(yàn)證等zhuānyè服務(wù),。公司實(shí)驗(yàn)室遵循NMPA,、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導(dǎo)原則,，通過CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認(rèn)證,，建立了完備的質(zhì)量體系，數(shù)據(jù)冷熱/異地備份,，設(shè)備定期計(jì)量/期間核查,，軟件審計(jì)追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術(shù)服務(wù),，支持新藥研發(fā),、藥物申報(bào)注冊(cè)和生產(chǎn)放行。

1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系,，zhuānyè提供以質(zhì)譜為基礎(chǔ)的CRO檢測(cè)分析服務(wù),；

2.獲國家CNAS實(shí)驗(yàn)室認(rèn)可，為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務(wù),；

3.業(yè)務(wù)范圍覆蓋dànbáizhì組學(xué),、多肽組學(xué)、代謝組學(xué),、生物藥物表征,、單細(xì)胞分析、單細(xì)胞質(zhì)譜流式,、生信云分析以及多組學(xué)生物質(zhì)譜整合分析等,；

4.七大質(zhì)量控制檢測(cè)平臺(tái)，滿足您一站式服務(wù)需求,；

5.服務(wù)3000+企業(yè),，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務(wù)!

SWATH-MS vs DDA-MS：哪種技術(shù)適合你的研究,？檢測(cè)技術(shù)服務(wù)詳情介紹