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人體腸道內(nèi)生活著多達(dá)1000多種共生微生物,，這些微生物遺傳信息的總和就稱為“微生物組”,。近年來，微生物組研究受到了人們的極大重視,，甚被稱為是人體的“第二基因組”,。

現(xiàn)在，越來越多的研究將人體腸道菌群與疾病關(guān)聯(lián)起來，例如自閉癥,、癌癥和糖尿病等,。研究界的這種熱情也感染了公眾，紐約時(shí)報(bào)曾以頭條宣告“We Are Our Bacteria”,。

有研究者認(rèn)為,，抗生素的使用會(huì)嚴(yán)重破壞微生物組，進(jìn)而對人體健康產(chǎn)生可怕的影響,。也有公司開始為個(gè)人提供微生物組的分析和解讀,。此外，糞便移植也被提出用于治療糖尿病,、阿爾茨海默癥等疾病,。

回顧之前的種種“組學(xué)”熱我們可以看到，技術(shù)進(jìn)步賦予了人們分析基因組,、蛋白質(zhì)組,、代謝組的能力，于是便有大量研究將這些分子的狀態(tài)與人體健康起來,。然而,，這些研究的后續(xù)工作往往后繼無力，情況反而越來越復(fù)雜,。因此,，在微生物組紅得發(fā)紫的今天，多一點(diǎn)懷疑和批判精神是很有必要的,。（延伸閱讀：Science重要發(fā)現(xiàn)：癌癥與微生物組）

對微生物組熱潮進(jìn)行了反思,。文章指出，在接受一項(xiàng)新結(jié)論之前,，我們應(yīng)該先提出五個(gè)問題：

研究有沒有檢測到有意義的差異,？微生物組圖譜主要依賴16S rRNA分析，能提供門,、屬,、種的信息，但這種分類還不夠細(xì),。舉例來說,，有研究鑒定了與糖尿病有關(guān)的微生物組，是細(xì)菌不同門之間呈特定比例,，這未免太過于寬泛,。這相當(dāng)于是認(rèn)為100只鳥和25只蝸牛組成的鳥舍等同于有8條魚和2只烏賊的水箱，只因?yàn)轼B舍和水箱里的脊椎動(dòng)物和軟體動(dòng)物之比都是4:1,。另外,，就算是同一個(gè)屬的微生物，所含基因也往往大相徑庭。

如今的技術(shù)其實(shí)可以做到更細(xì)致的分類,，我們可以通過破譯“代謝網(wǎng)絡(luò)”來理解微生物組進(jìn)行的生化反應(yīng)，并在此基礎(chǔ)上鑒定對健康有影響的基因組合,。不過這就要求研究者對整個(gè)網(wǎng)絡(luò)有一個(gè)透徹的了解,。

研究是否明確了因果關(guān)系？在鑒定疾病相關(guān)微生物組時(shí),，我們需要確定這種關(guān)系到底是不是因果關(guān)系,，因?yàn)檫@種特別的微生物組有時(shí)可能只是個(gè)副產(chǎn)物。

一項(xiàng)研究發(fā)現(xiàn),，住在養(yǎng)老院里的老人微生物組與住在社區(qū)里的老人不同,，而且這種差異與體質(zhì)強(qiáng)弱。作者在考慮了多種因素后指出,，飲食能夠改變微生物組進(jìn)而影響健康狀況,。這種結(jié)論的確與數(shù)據(jù)相符，但研究者卻沒能反向證明這樣的因果關(guān)系,。因?yàn)榭赡苡绊懳⑸锝M的因素很多,，比如免疫系統(tǒng)比較不活躍，消化能力較弱等等,。