SWATH-MS vs DDA-MS：哪種技術適合你的研究,？檢測技術服務詳情介紹

在蛋白組學研究中，選擇合適的質(zhì)譜采集方式是獲得高質(zhì)量數(shù)據(jù)的關鍵,。目前,，SWATH-MS（Sequential Window Acquisition of all Theoretical fragment ion spectra）與DDA-MS（Data-Dependent Acquisition）是兩種主流的數(shù)據(jù)采集技術，各具優(yōu)勢,。對于科研人員而言,，理解這兩種方法的原理、適用場景和技術局限,，將有助于制定更合理的實驗策略,。

一、什么是DDA-MS,？

DDA（Data-Dependent Acquisition）是目前應用zuì廣泛的質(zhì)譜采集策略之一,。其工作原理是：質(zhì)譜儀在一次MS1掃描后，根據(jù)預設的強度閾值,，選擇zuì強的若干前體離子進行MS/MS碎裂分析,。

? 優(yōu)勢：

• 高質(zhì)量MS/MS譜圖：針對高豐度離子，能夠獲得高分辨率,、高信噪比的碎片譜,。

• 成熟的數(shù)據(jù)庫搜索工具：如Mascot,、SEQUEST,、MaxQuant等支持廣泛。

• 適合新蛋白鑒定：尤其在探索性研究中表現(xiàn)優(yōu)異,。

?? 局限：

• 采集偏倚：易忽略低豐度蛋白或復雜樣本中的次要離子,。

• 重復性差：由于每次采集選擇的前體離子不同，生物重復間可比性較差。

• 數(shù)據(jù)缺失嚴重：導致蛋白定量不完整,，影響下游分析的穩(wěn)健性,。

二、什么是SWATH-MS,？

SWATH-MS是基于DIA（Data-Independent Acquisition）策略的一種數(shù)據(jù)采集方法,，它將m/z范圍劃分為連續(xù)的窗口（通常為20–25 Da），對每個窗口內(nèi)所有離子同時進行碎裂和記錄,。

? 優(yōu)勢：

• 高度重現(xiàn)性：全掃描方式使每次運行的數(shù)據(jù)一致,，利于跨組學比較。

• 全面覆蓋低豐度蛋白：不受離子強度選擇限制,，提高檢出率,。

• 適合大規(guī)模定量研究：如生物標志物篩選、多批次樣本分析,。

?? 局限：

• 譜圖重疊嚴重：碎片離子來源復雜,，解析難度高。

• 對光譜庫依賴強：需要高質(zhì)量,、完整的參考光譜庫支持分析,。

• 前期方法建立復雜：涉及窗口設置、標準品選擇等多個步驟,。

三,、樣本類型與研究目標：你該如何選擇？

1,、探索性 vs 驗證性研究

• 若目標是發(fā)現(xiàn)新的蛋白或通路,，建議優(yōu)先選擇DDA-MS，其對新蛋白具有更強的鑒定能力,。

• 若是針對已知蛋白進行大規(guī)模,、重復性強的定量分析，如候選生物標志物驗證,，則SWATH-MS更具優(yōu)勢,。

2、 樣本復雜度

• 對于復雜度較低的樣本（如純化蛋白,、細胞系）,，DDA足以應對；

• 而對于組織樣本,、體液,、微量起始材料，SWATH能提供更全面的定量覆蓋,。

3,、預算與時間因素

• DDA方法分析周期短,、上手快；

• SWATH需前期建立光譜庫,，但一旦建成,，可批量處理大量樣本，適合長期項目,。

※ 總結(jié)：選擇技術,，關鍵看“匹配度"

無論你正在進行基礎研究還是轉(zhuǎn)化醫(yī)學項目，選擇合適的采集模式都至關重要,。SWATH-MS的高通量與重復性優(yōu)勢,，正在逐步成為標準化dànbáizhì定量的主流趨勢；而DDA-MS則仍是bùkětìdài的探索性工具,。zuì佳策略,，往往是將二者結(jié)合使用：前期DDA建立光譜庫，后期用SWATH進行大規(guī)模定量,。百泰派克生物科技提供SWATH定量蛋白組學一站式解決方案,，如需深入了解蛋白組學項目設計，歡迎聯(lián)系我們獲取免費的項目咨詢與技術建議,。

百泰派克生物科技特色項目

一,、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統(tǒng)對dànbáizhì序列進行分析，提供基于質(zhì)譜的蛋白測序分析服務,，包括對dànbáizhì的氨基酸組成分析,，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析,，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務,。對于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測序法的dànbáizhì從頭測序服務,，對蛋白序列進行分析,。

※服務優(yōu)勢：

1.采用目前世界上先進的質(zhì)譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實現(xiàn)對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達 70個氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug,，即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉,，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二,、dànbáizhì組學

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺結(jié)合Nano-LC,，提供定量dànbáizhì組學、靶向dànbáizhì組學,、多肽組學,、翻譯后修飾蛋白組學等多種dànbáizhì組學分析服務。此外,，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學服務,，助力微量樣本蛋白組學、大樣本群醫(yī)學及高通量修飾組學等研究工作,。

※服務優(yōu)勢：

1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規(guī)模實驗分析,，發(fā)現(xiàn)新的生物標記物;

2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標記方法，適用于分析組織,、細胞,、血液等多種樣品;

3.質(zhì)譜分析靈敏度高，實驗結(jié)果重復度高;

4.可檢測較低豐度蛋白,，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學分析,，分析更系統(tǒng)準確。

三,、單細胞質(zhì)譜流式技術分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質(zhì)譜流式系統(tǒng)進行單細胞質(zhì)譜流式技術分析,，采用金屬元素標記物（通常是金屬元素標記的特異抗體）標記細胞表面和內(nèi)部的分子，然后用流式細胞原理分離單個細胞,，再用電感耦合等離子體質(zhì)譜（ICP-MS）分析單個細胞的原子質(zhì)量譜,，zuì后將原子質(zhì)量譜數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為細胞表面和內(nèi)部的信號分子表達量。

※服務優(yōu)勢：

1.技術先進,，填補技術空白

采用金屬標記抗體技術,，避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問題?？稍趩渭毎麑用嫔蠈Χ喾N指標同時進行表征,，百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標蛋白。

2.分析數(shù)量大,，成本較低

單細胞RNAseq受成本等因素限制,，所有樣本細胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個左右，而流式質(zhì)譜技術一次（單樣本）就可分析至少10^5的細胞,，實現(xiàn)了數(shù)量級的提高,，且成本不高于單細胞RNAseq。

3.應用前景大

①流式質(zhì)譜結(jié)果可以給出細胞亞群的變化,，在臨床診斷,、疾病機制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標簽技術與其他技術結(jié)合會有新應用方向,。除常規(guī)蛋白外,，質(zhì)譜流式細胞技術還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測細胞存活率,、細胞大小,、mRNA轉(zhuǎn)錄子表達量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等,。

四,、基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專有的,、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實現(xiàn)10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別,。通過我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學分析平臺進行免疫肽組學分析,，可從zuì小的樣品材料中進行可重復的識別和定量。該服務可以應用于大規(guī)模的研究,，旨在助力科研工作者尋找癌癥,、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標,。

五,、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質(zhì)譜技術，MALDI TOF,，高效色譜分離技術,，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì,、多肽,、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結(jié)構分析,，到產(chǎn)品變異性和純度分析,。旨在提供優(yōu)質(zhì)生物藥物分析服務，幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質(zhì),。

百泰派克生物科技七大檢測平臺

百泰派克生物科技-生物制品表征,，生物質(zhì)譜多組學優(yōu)質(zhì)服務商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測和項目驗證等zhuānyè服務。公司實驗室遵循NMPA,、ICH,、FDA和EMA等的法規(guī)和指導原則，通過CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認證,，建立了完備的質(zhì)量體系,，數(shù)據(jù)冷熱/異地備份，設備定期計量/期間核查,，軟件審計追蹤,，為客戶提供一體化解決方案和技術服務，支持新藥研發(fā),、藥物申報注冊和生產(chǎn)放行,。

1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系，zhuānyè提供以質(zhì)譜為基礎的CRO檢測分析服務,；

2.獲國家CNAS實驗室認可,，為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務；

3.業(yè)務范圍覆蓋dànbáizhì組學、多肽組學,、代謝組學,、生物藥物表征、單細胞分析,、單細胞質(zhì)譜流式,、生信云分析以及多組學生物質(zhì)譜整合分析等；

4.七大質(zhì)量控制檢測平臺,，滿足您一站式服務需求；

5.服務3000+企業(yè),，10000+客戶的選擇,；

6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務!

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