DNA合成儀的基本組成結(jié)構(gòu)和性能
試劑驅(qū)動(dòng)系統(tǒng)
一般地,DNA 合成儀采用一定壓力的惰性氣體(氬氣)或氮?dú)饧半姶砰y組驅(qū)動(dòng)液體試劑,,也可采用氦氣驅(qū)動(dòng)試劑,。某些合成儀采用slider block滑塊系統(tǒng)及精密蠕動(dòng)泵,,可不采用氣體為驅(qū)動(dòng)系統(tǒng)。采用氣體及電磁閥驅(qū)動(dòng)液體試劑時(shí),,需首先將管路系統(tǒng)電磁閥前段,,含試劑瓶組中壓力加壓到規(guī)定氣壓,通過(guò)合成管理軟件或手動(dòng)打開(kāi)電磁閥(一般打開(kāi)時(shí)間為數(shù)ms),,即可驅(qū)動(dòng)液體試劑到所需的合成柱中。
試劑和堿基瓶組
DNA合成儀一般需堿基瓶組及試劑瓶組,。試劑瓶組一般zui少為6個(gè),,含脫保護(hù)劑(Deb)、活化劑(act),、蓋帽試劑A(capA),、蓋帽試劑B(capB)、氧化劑(OXI)及洗脫乙腈(ACN),,每種儀器一般都多設(shè)置1-2個(gè)試劑瓶位,,用于特殊產(chǎn)物的合成。堿基瓶組一般zui少為4個(gè)標(biāo)準(zhǔn)堿基(A/C/G/T),同時(shí)搭配2-多個(gè)特殊堿基瓶位,,用于熒光標(biāo)記等合成,。
壓力管路及輸送管路
DNA 合成儀的一般原則需要保持內(nèi)外氣體隔絕,因此無(wú)論試劑瓶,、堿基瓶均需密封保持一定壓力,。所有壓力管路目前均采用特氟龍導(dǎo)管,直徑為1/16—1/8吋,。
每個(gè)瓶子都有一個(gè)氬氣壓力管道及輸送管道進(jìn)入瓶蓋插塞,,對(duì)于亞磷酰胺,1—8號(hào)瓶其壓力管道也作為排氣管,。氬氣管要保持在液體水平以上,,而輸送管卻伸到瓶的底部。當(dāng)閥門(mén)正確設(shè)置打開(kāi)時(shí),,儲(chǔ)液瓶上部空間由氬氣加壓,,液體被推進(jìn)輸送管,流到其目的地,。
亞磷酰胺瓶排氣
除了加壓外,,亞磷酰胺瓶都是用壓力排氣管排氣的。把亞磷酰胺放人儀器前,,要用氬氣排除空氣使其凈化,。凈化是通過(guò)輸送管輸送氣體,當(dāng)氣體輸送到瓶?jī)?nèi)時(shí),,空氣經(jīng)壓力排氣管排出,。這是由瓶子更換步驟自動(dòng)完成的,。廢液瓶是輸送系統(tǒng)的低壓側(cè),必須將出口與大氣相通,。要確保排氣管通到通風(fēng)柜,。如果排氣管阻塞,將會(huì)產(chǎn)生反壓,,試劑和溶劑的輸送會(huì)受到抑制,。
輸送電磁閥
試劑輸送系統(tǒng)包括兩個(gè)試劑閥塊(8堿基儀器有3個(gè))及2個(gè)或4個(gè)柱閥塊。閥塊控制氣體和化學(xué)試劑流人柱子及出口,。除亞磷酰胺和四唑以外,,試劑和溶劑都被同時(shí)輸送到所有活化柱。當(dāng)有多個(gè)活化柱時(shí),,對(duì)流速的細(xì)微變化,,以自動(dòng)調(diào)節(jié)每個(gè)柱子的輸送次數(shù)來(lái)補(bǔ)償。每一個(gè)5—端口柱閥塊將流出物導(dǎo)人廢液口,、DMT收集口,,或DNA收集瓶,它也控制用于除去或沖洗柱內(nèi)和柱閥塊內(nèi)的試劑的氬氣,。
輔助真空
對(duì)于閥塊的適當(dāng)運(yùn)行,,關(guān)鍵是隔膜形成一個(gè)圓頂小空隙,每次電磁閥打開(kāi)時(shí),,抽氣泵為每個(gè)閥塊提供了輔助真空,,輔助真空在隔膜的螺線管一側(cè)形成,使隔膜形成一圓頂空隙,。
合成柱
起始結(jié)合在載體(一般為CPG)上的核苷酸是裝在一次性的柱子中,,除柱體外,還有2個(gè)固定過(guò)濾板和2個(gè)接頭,,所有的部件都由惰性材料制成,。固定過(guò)濾板是多孑L性聚苯乙烯固定在兩端蓋子中。人口和出口都是母路厄氏(1uer)接頭,,與儀器的公路厄氏接頭配對(duì),。柱子是對(duì)稱的(沒(méi)有頂端和底部、前后之分),,可以以任何方式與公路厄氏接頭相連接,。每一個(gè)柱子都用顏色編號(hào),表示不同的起始核苷酸,,以及有一個(gè)*的連續(xù)順序號(hào)碼,。正常的流路是從底部進(jìn)入,通過(guò)向上輸送液體,,使CPG顆粒上升并保持懸浮狀態(tài),。溶劑和試劑的流速已經(jīng)設(shè)置好,,能使顆粒適當(dāng)?shù)鼗旌稀?/div>
路節(jié)流閥
試劑通過(guò)底部的luer接頭,流到柱子,,如果沒(méi)擰上下面的一個(gè)luer接頭,,應(yīng)會(huì)在一個(gè)圓柱形的玻璃流路節(jié)流閥上發(fā)現(xiàn)。試劑通過(guò)流路節(jié)流閥中一個(gè)很小的通道流到柱子,。小量的試劑可以在流路節(jié)流閥中結(jié)晶,,*這樣會(huì)造成流路阻塞。
廢液和排氣
大多數(shù)化學(xué)試劑輸送的zui終點(diǎn)是廢液瓶,,廢液瓶是一個(gè)空立著的10L的聚苯乙烯容器,,可放在合成儀附近的地板上或放在低于儀器的附近工作臺(tái)上。排氣管將廢氣導(dǎo)人適當(dāng)?shù)呐艢庋b置,,如排煙罩
電導(dǎo)池
電導(dǎo)流動(dòng)池是為了測(cè)定在每個(gè)DNA合成循環(huán)內(nèi)釋放的DMT陽(yáng)離子的總電導(dǎo)而設(shè)計(jì)的。流動(dòng)池是由一空隙隔開(kāi)的兩個(gè)電極組成,,在空隙之間應(yīng)用一小電壓,。DMT陽(yáng)離子流過(guò)電導(dǎo)池時(shí)起電導(dǎo)作用。
(十一)電池
DNA合成儀一般帶有鋰電池,,可以使用幾年,。當(dāng)主電源斷開(kāi)時(shí),所有的合成參數(shù)都被保留下來(lái),。這些參數(shù)包括儲(chǔ)存的DNA序列,,用戶設(shè)定的循環(huán)、步驟和功能,,以及瓶子使用資料等,。如果正在合成中電源出現(xiàn)故障,合成將被中斷,,只有主電源恢復(fù)時(shí)合成才可重新開(kāi)始,。電池還保持合成儀內(nèi)部的時(shí)鐘計(jì)時(shí)。
(十二)控制器
控制器指導(dǎo)和初始合成儀的所有活動(dòng),,它的主要部分是軟件,、微處理機(jī)、顯示屏幕,、鍵板及相關(guān)的電子部件,。軟件控制合成的所有必要操作并由微處理機(jī)來(lái)解釋和執(zhí)行。軟件儲(chǔ)存在一個(gè)可取出的存儲(chǔ)卡中,,這個(gè)存儲(chǔ)卡插在儀器的背面,。合成信息顯示在液晶顯示屏上,通過(guò)選擇鍵板上的鍵可與儀器交流,。軟件是“菜單驅(qū)動(dòng)”,,通過(guò)按適當(dāng)?shù)逆I,,可選擇一項(xiàng),給予指令,。為了完成自動(dòng)合成,,軟件應(yīng)用一個(gè)包含一系列步驟的循環(huán)來(lái)完成全部化學(xué)反應(yīng)。
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