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完整RNA 的提取和純化,是進行RNA 方面的研究工作,如Nothern雜交、mRNA 分離,、RT-PCR、定量PCR,、cDNA合成及體外翻譯等的前提,。所有RNA的提取過程中都有五個關鍵點,即1):樣品細胞或組織的有效破碎,;2),,有效地使核蛋白復合體變性;3),,對內源RNA酶的有效抑制,;4)有效地將RNA從DNA和蛋白混合物中分離;5),,對于多糖含量高的樣品還牽涉到多糖雜質的有效除去,。但其中zui關鍵的是抑制RNA酶活性。RNA 的提取目前階段主要可采用兩種途徑,,1),,提取總核酸,再用氯化鋰將RNA 沉淀出來,;2),,直接在酸性條件下抽提,酸性下DNA與蛋白質進入有機相而RNA 留在水相,。*種提取方法將導致小分子量RNA 的丟失,,目前該方法的使用頻率已很低。
方法一:總RNA 的試劑盒快速提取
一些公司推出的總RNA 提取試劑盒,,可以用來制備高質量的可用于建庫的RNA ,。該總RNA 純化系統(tǒng)采用兩種的RNA 酶抑制劑,異硫氰酸?。℅TC)和β-巰基乙醇,,加上整個操作都在冰浴下進行,這樣就能顯著降低RNA 的降解速率,。GTC和N-十二烷基肌氨酸鈉的聯(lián)合使用,,將促使核蛋白復合體的解離,使RNA 與蛋白質分離,,并將RNA 釋放到溶液中,。而進一步從復合體中純化RNA ,則根據(jù)Chomc zynski和Sacchi的一步快速抽提法進行,,采用酸性酚-氯仿混合液抽提,。低pH值的酚將使RNA 進入水相,這樣使其與仍留在有機相中的蛋白質和DNA分離,。水相中的RNA 可用異丙醇沉淀濃縮,。進一步將上述RNA 沉淀復溶于GTC溶液中,接著用異丙醇進行二次沉淀,,隨后用乙醇洗滌沉淀,,即可去除所有殘留的蛋白質和無機鹽,而RNA 中如含無機鹽,,則有可能對以后操作中的一些酶促反應產生抑制,。
一:儀器
恒溫水浴,,冷凍高速離心機,紫外分光光度計,,取液器,,電泳儀,電泳槽,。
二:試劑
RNA 提取試劑盒,,0.05%焦碳酸二乙酯(DEPC),75%乙醇
操作步驟
(一):細胞或組織破碎
A:微生物材料
1:發(fā)酵3-4天(或對數(shù)生長期)的菌體,,離心收集菌絲體(動植物材料無需此步處理)
2:用經(jīng)DEPC處理的水洗菌絲體2-3次,,并盡量除去殘存的水
3:加液氮充分研磨,使其成為粉末,,以釋放RNA
4:研磨后的樣品轉移至12ml變性液的容器中勻漿,。
B:動植物細胞培養(yǎng)材料 (適用的樣品量為細胞:108)
1:細胞或組織培養(yǎng):按常規(guī)方法進行
2:深層懸浮培養(yǎng)細胞的破碎:
(1)細胞收集:含一定濃度的細胞培養(yǎng)液置于無菌離心管中,4℃,,3000g離心5分鐘
(2)細胞洗滌:上步沉淀用25毫升滅菌后冰凍的1×PBS緩沖液洗滌,,然后4℃,3000g離心5分鐘,,
(3)細胞破碎:在沉淀細胞中加入15毫升預冷的變性液,,用無菌處理過的勻漿器勻漿
3:表面培養(yǎng)細胞的破碎:
(1)確定培養(yǎng)瓶數(shù)量,使選定的各培養(yǎng)瓶細胞累加后總量達108
(2)細胞收集:將培養(yǎng)液倒掉,,用預冷的無菌PBS緩沖液洗滌一次,,在培養(yǎng)瓶中加入8毫升預冷變性液,轉動培養(yǎng)瓶,,使細胞溶解,,此時可見粘度加大。
(3)用無菌吸管將*個培養(yǎng)瓶中的液體吸入第二個培養(yǎng)瓶,,旋轉,,溶解細胞,再吸入第三個培養(yǎng)瓶,,以此類推,,直到將所選定的培養(yǎng)瓶全部洗滌一次,然后從*個培養(yǎng)瓶開始再加入4毫升上述變性液,,將所有培養(yǎng)瓶洗一次,。
(4)將上述12毫升含細胞的變性液轉移至一50毫升無菌離心管中,勻漿破碎細胞,。
C:植物組織破碎 (適用的樣品量為0.05g組織)
(1)將600ul變性液置于1.5ml離心管中,,將此離心管放于冰浴中5分鐘。
(2)將0.05g新鮮組織用液氮冰凍
(3)在液氮下,研磨組織塊
(4)待液氮揮發(fā)后,,將上述分散的組織轉移至無菌離心管中,。
D:動物組織破碎 (適用的樣品量為1克組織)
(1)將12毫升變性液置于50毫升離心管中,將此離心管放于冰浴中5分鐘,。
(2)在上述管中加入1克新鮮或冰凍動物組織,,勻漿粉碎。
注1:研磨組織塊用于RNA 提取的樣品,,必須是新鮮的細胞或組織,如采樣后,,不能立即用于提取則樣品應用液氮速凍并貯于-70℃的冰箱中保存,。
2:變性液及相應的離心管需預冷。
(二):RNA 的抽提
在經(jīng)變性液勻漿的細胞或組織600ul+60ulpH4.0的2M乙酸鈉*混勻,,可用漩渦振蕩器,。
600ul酚\氯仿\異戊醇(25\24\1),*混勻或漩渦振蕩器振蕩10秒,。
冰裕中10-15分鐘,,離心,4℃,,10000g,,20分鐘。
上層水相吸至無菌離心管中+等體積的異丙醇,,-70℃,,30分鐘沉淀RNA。
離心4℃,,10000g,,20分鐘。
沉淀RNA ,,冷凍干燥15分鐘 ,, RNA 沉淀重新溶于300ul變性液中,可振蕩(有時為了幫助溶解,,可在65℃加熱,,但時間應極短)。
60ulpH4.0的2M乙酸鈉*混勻,,可用漩渦振蕩器,。
600ul酚\氯仿\異戊醇(25\24\1),*混勻或漩渦振蕩器振蕩10秒,。
冰裕中10-15分鐘,,離心,4℃,10000g,,20分鐘,。
上層水相吸至無菌離心管中。
等體積異丙醇二次沉淀(-70℃,,30分鐘),,75%乙醇洗沉淀,沉淀冷凍干燥,,復溶于去RNA 酶的水中(對于準備長期保存的RNA 可加入pH 5.0的乙酸鈉至終濃度為0.25M,,再加入2.5體積的乙醇,-70℃保存,。)
注:1變性液組成:25g異硫氰酸胍溶于33mlCSB(42mM pH4.0乙酸鈉,、0.83%十二烷基肌氨酸鈉、0.2mM β-巰基乙醇),,65℃溶解,,過濾滅菌,4℃預冷,。
2酸性酚配制:55℃時,,500g酚溶入500ml50mM,pH4.0乙酸鈉,,混勻,,靜止分層后,去上清,,再反復加500ml50mM,,pH4.0乙酸鈉,直到pH<4.1,。
方法二: 氯化鋰法提取總RNA
本方法用高濃度尿素變性蛋白并抑制RNA 酶,,用氯化鋰選擇沉淀RNA ,其特別適合于從大量樣品中提取少量組織RNA ,,具有快速簡潔的長處,,但也存在少量DNA的污染及RNA 得率不高,小RNA 片斷丟失的缺陷,。
儀器: 同上
試劑:
氯化鋰/尿素溶液【氯化鋰126g(3M) 尿素,、360g(6M) 加水至1L,過濾滅菌】
懸浮液【10mM Tris-HCL (pH7.6) ,,1mM EDTA (pH8,,0) ,0.5%SDS】
其余同上
操作步驟:
1:對于大量組織或細胞,,則每克組織或細胞加入5-10ml氯化鋰-尿素溶液,,勻槳器高速勻槳2分鐘;對于少量細胞(107個細胞/ml),則每克組織或細胞加入0.5ml氯化鋰-尿素溶液手工勻槳,,并轉移至Eppendof管中
2:勻槳液在0-4℃放置4小時后,,12000g離心30分鐘
3:取沉淀,加入原勻槳液1/2體積的氯化鋰-尿素溶液,,重復步驟2
4:沉淀用原勻槳液1/2體積的氯化鋰-尿素溶液復溶后,,加入等體積酚/氯仿/異戊醇在室溫放置15-30分鐘并不時搖動混勻,4000g離心5分鐘
5:取上層水相,,加1/10倍體積的3M乙酸鈉(pH5.2)及2倍體積的乙醇,,-20℃放置1小時,5000g離心,。
6:70%乙醇洗沉淀一次,。真空干燥。
7:RNA 溶解液溶解沉淀,,得RNA ,分裝,,于-70℃保存,。