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脈沖場凝膠電泳是在兩個不同方向的電場周期性交替進行的,，可分離長至5Mb的DNA分子,，其工作原理是DNA分子在交替變換方向的電場中作出反應所需的時間取決于它的大小,。較小的分子重新定向較快，因而在凝膠中移動也較快,，于是不同大小的分子被成功分離。
實驗方法
- 倒轉電場
| 實驗材料 | DNA |
|---|---|
| 試劑,、試劑盒 | GTBE TBE 瓊脂糖 |
| 儀器,、耗材 | 電泳儀 |
| 實驗步驟 | 1. 制備用于水平電泳的1%瓊脂糖凝膠，放入電泳裝置,，其上覆蓋以2~3 mm 的GTBE或TBE緩沖液,。 2. 加入液體樣品。裝好蠕動泵用于電泳緩沖液循環(huán),。 3. 對于微型凝膠調整循環(huán)速度至5~10ml/min 對于大型凝膠則用20~50 ml/min,。 4. 將管端與凝膠槽中的再循環(huán)口相連，或直接放入緩沖液槽,。 5. 將可編程的轉換裝置與恒壓直流電源相連,，然后將凝膠裝置與轉換裝置相連（見下表），開始電泳直到溴酚藍遷移1 cm,，開啟轉換裝置及蠕動泵,。 6. 與標準的瓊脂糖凝膠一樣進行溴化乙錠染色及照相。經(jīng)酸處理使DNA脫嘌呤后,，凝膠可進行Southern雜交,。  （1）這些公式假定使用0.5×TBE緩沖液；對于GTBE和TAE緩沖液,，分離的片段將稍大,，并且電泳速度分別要快約20%和30%。 （2）變量：T,，溫度（℃）,；V，電場通度（V/cm）,；A,，瓊脂糖百分濃度（對于脈沖場級瓊脂糖乘以0.8）；脈沖時間（對于倒轉電場凝膠指反向時間,，單位s）,；R,，正向與反向電泳時問比率；θ,，改向角度,。 （3）倒轉電場凝膠不能分離此范圍以外的長度，變角度凝膠可以分離此范圍以外的片段,，且效果不是很好,。 |
