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一,、簡介：
SSR簡單序列重復標記（Simple sequence repeat, 簡稱SSR標記），也叫微衛(wèi)星序列重復,，是由一類由幾個核苷酸（1-5個）為重復單位組成的長達幾十個核苷酸的重復序列,，長度較短，廣泛分布在染色體上,。由于重復單位的次數(shù)的不同或重復程度的不*相同,，造成了SSR長度的高度變異性，由此而產(chǎn)生SSR標記或SSLP標記,。雖然SSR在基因組上的位置不盡相同,，但是其兩端序列多是保守的單拷貝序列,，因此可以用微衛(wèi)星區(qū)域特定順序設計成對引物,，通過PCR技術，經(jīng)聚丙烯酰胺凝膠電泳,，即可顯示SSR位點在不同個體間的多態(tài)性,。
優(yōu)點：
（1）標記數(shù)量豐富，具有較多的等位變異,，廣泛分布于各條染色體上,；
（2）是共顯性標記，呈孟德爾遺傳,；
（3）技術重復性好,，易于操作，結果可靠,。
缺點：
開發(fā)此類標記需要預先得知標記兩端的序列信息,，而且引物合成費用較高。
二,、操作程序：
取葉片→磨樣→提取DNA→PCR擴增→電泳檢測→染色→讀帶標記,。
1、DNA提取
按照Doyle和Dickson（1987）CTAB法（`Cetyl triethyl ammonium bromide）并略加改進的程序進行,，具體步驟如下：
① 成熟期取葉片加液氮研磨成粉末狀,，轉入1.5ml離心管中，-20℃冰箱保存,；
② 加入600μl 65℃的2×CTAB混勻并置于65℃水浴中保溫30-60分鐘,；
③ 取出，冷卻,，上下?lián)u勻后,，加入600微升24:1的氯仿異戊醇；
④ 12000轉/分鐘離心10分鐘,，取上清液于另一個1.5ml的離心管中,；
⑤ 加異丙醇,，12000轉/分鐘離心10分鐘，倒掉上清液,；
⑥ 干后用100%的灑精清洗,，干后加適量TE。
2,、PCR擴增
模板DNA的濃度大約25ng/μl,擴增反應體系為20μl,。具體如下：
Sterile ddH2O 11μl
PCR Buffer 3μl
dNTP-mix 0.5μl
Primer1 1μl
Primer2 1μl
Taq polymerase 0.5ul（2U/μl）
DNA 3μl
PCR擴增程序為：（2h30min）
① 預變性：94℃，5分鐘,；
② 變 性：94℃,，40秒；
③ 退 火：55℃ 40秒,；
④ 延 伸：72℃,，1分鐘；
⑤ 循 環(huán)：從2到4共38個循環(huán),；
⑥ 72℃下zui后延伸5分鐘,；4℃ 5min，擴增產(chǎn)物置于4℃的冰箱保存,。
3,、擴增產(chǎn)物的電泳分離
制膠→灌膠→上樣→電泳。
擴增產(chǎn)物用8%的聚丙烯酰胺變性膠電泳分離,，步驟如下：
① 準備電極液（1×TBE）,；
② 將梳子撥出，并迅速用電極液沖洗膠面,；
③ 不預電泳,；
④ 點樣，電泳220V,；
⑤ 拆板,，并及時將內(nèi)板、邊條及梳子洗凈,。
4,、凝膠染色
① 固定：10%醋酸，5分鐘,；
② 染色：10分鐘,；
③ 漂洗：dH2O，5-10秒,；
④ 顯色：甲醛-NaOH,，直到滿意為止；
⑤ 漂洗：dH2O,，2分鐘,。
5,、自封帶封膠，讀帶標記,，數(shù)碼照相攝像,，室溫風干
