m6A甲基化測序—mRNA+lncRNA（lnc-MeRIP）
- 公司名稱 深圳市易基因科技有限公司
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- 產(chǎn)地
- 廠商性質(zhì) 生產(chǎn)廠家
- 更新時間 2023/3/3 16:47:10
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大家好,，這是專注表觀組學十余年的易基因,。
m6A是RNA上的一種修飾，平均每條轉(zhuǎn)錄本有1~3個m6A修飾,。易基因MeRIP-seq技術(shù)利用m6A特異性抗體富集發(fā)生m6A修飾的RNA片段（包括mRNA,、lncRNA等rRNA去除所有RNA），結(jié)合高通量測序,，可以對RNA上的m6A修飾進行定位與定量,，總RNA起始量可降低至10μg，僅需1μg總RNA,。廣泛應用于組織發(fā)育,、干細胞自我更新和分化、熱休克或DNA損傷應答,、癌癥發(fā)生與發(fā)展,、藥物應答等研究領(lǐng)域；可應用于動物,、植物,、細胞及組織的m6A檢測。
大樣本量m6A-QTL性狀關(guān)聯(lián)分析,，傳統(tǒng)MeRIP單個樣品價格高,，通常難以承擔。易基因開發(fā)建立MeRIP-seq2技術(shù),，顯著提成IP平行性,，實現(xiàn)不同樣本間相對定量，降低檢測成本,。
易基因提供適用于不同科研需求的MeRIP技術(shù)：
m6A甲基化-常量mRNA 甲基化測序（MeRIP-seq）
m6A甲基化-常量mRNA +lncRNA甲基化測序（lnc-MeRIP-seq）
m6A甲基化-微量mRNA +lncRNA甲基化測序（Micro-lnc-MeRIP-seq）
高通量m6A甲基化-常量mRNA甲基化測序（MeRIP-seq2）
研究方向：
m6A甲基化目前主要運用在分子機制的理論性研究
疾病發(fā)生發(fā)展：腫瘤,、代謝疾病（如肥胖/糖尿?。?、神經(jīng)和精神疾病（如阿爾茲海默癥/抑郁癥）,、炎癥…
發(fā)育和分化：早期胚胎發(fā)育,、個體/組織/器官生長發(fā)育、干細胞分化與命運決定,、衰老
環(huán)境暴露與響應：污染,、抗逆、生活方式
技術(shù)優(yōu)勢：
起始量低：樣本起始量可降低至10-20μg,，僅需1μg總RNA,；
轉(zhuǎn)錄組范圍內(nèi)：可以同時檢測mRNA和lncRNA；
樣本要求：可用于動物,、植物,、細胞及組織的m6A檢測；
重復性高：IP富集重復性高,，降低抗體富集偏差
應用范圍廣：廣泛應用于組織發(fā)育,、干細胞自我更新和分化、熱休克或DNA損傷應答,、癌癥的發(fā)生與發(fā)展,、藥物應答等研究領(lǐng)域。
技術(shù)路線：
實驗策略：
圖：微量MeRIP-seq實驗流程
分析內(nèi)容：
送樣要求：
技術(shù)選擇：
經(jīng)典案例：
項目文章
縱向轉(zhuǎn)錄組分析揭示了m6A甲基化修飾在豬胚胎期骨骼肌發(fā)育中的重要作用
Zhang X,et al.Longitudinal epitranscriptome profiling reveals the crucial role of N6-methyladenosine methylation in porcine prenatal skeletal muscle development. J Genet Genomics. 2020 Aug;47(8):466-476.
背景
m6A是的一類mRNA修飾,，可以促進骨骼肌的發(fā)育,。然而m6A甲基化在胚胎期骨骼肌生成中的狀態(tài)和功能仍不清楚。
方法
研究人員首先證明METTL14（一種m6A甲基轉(zhuǎn)移酶）沉默可抑制成肌細胞的分化,，促進C2C12 成肌細胞增殖,。采用m6A-seq（MeRIP-seq）測序方法,，對豬骨骼肌發(fā)育六個胚胎期的縱向轉(zhuǎn)錄組和表觀轉(zhuǎn)錄組圖譜進行分析。
結(jié)論
MeRIP-seq結(jié)果顯示：胚胎期骨骼肌發(fā)育六個不同階段的m6A修飾呈現(xiàn)高度的動態(tài)變化,，且大多數(shù)受影響的基因在與骨骼肌發(fā)育相關(guān)的通路中富集,。IGF2BP1 RIP-seq證實了胰島素樣生長因子2 mRNA結(jié)合蛋白1(IGF2BP1)靶向與骨骼肌發(fā)育相關(guān)通路的76個基因，包括關(guān)鍵肌肉發(fā)育標記基因MYH2和MyoG,。此外 siRNA介導的 IGF2BP1沉默可抑制成肌細胞分化,，促進其增殖，類似于METTL14 沉默所觀察到的表觀遺傳變化,。本研究不僅闡明了肌肉發(fā)育中m6A甲基化的動力學,，且確定了參與豬胚胎期骨骼肌發(fā)育基因表達的關(guān)鍵基因。
圖：胚胎期骨骼肌發(fā)育六個不同階段的縱向轉(zhuǎn)錄組和表觀轉(zhuǎn)錄組表征
參考文獻：
Zhang X,et al.Longitudinal epitranscriptome profiling reveals the crucial role of N6-methyladenosine methylation in porcine prenatal skeletal muscle development. J Genet Genomics. 2020 Aug;47(8):466-476.
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