什么是FFPE樣本,？

FFPE (Formalin Fixed Paraffin Embedded，福爾馬林固定石蠟包埋) 樣本是將細(xì)胞,、組織等放到固定液中,，將固定后的細(xì)胞、組織置入由液體石蠟填充的容器中進(jìn)行保存的樣本,，這樣處理能夠較長(zhǎng)時(shí)間地保持細(xì)胞病理的原始狀態(tài),。

FFPE樣本可以用于常規(guī)的組織學(xué)分析，也可用于分子細(xì)胞的基因表達(dá)分析,。FFPE樣本的基因檢測(cè),，指的就是利用FFPE樣本通過蒸餾、消化,、DNA/RNA提取等細(xì)胞,、組織分子技術(shù)，對(duì)樣本中DNA及RNA進(jìn)行檢測(cè),，以獲取相關(guān)基因表達(dá)在細(xì)胞進(jìn)行特定組織及生物過程中的功能及表型特征,，為基因組學(xué)研究及深入了解腫瘤等領(lǐng)域研究具有很大的參考價(jià)值和應(yīng)用場(chǎng)景價(jià)值。

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FFPE樣本制備及核酸提取流程

圖 FFPE樣本制備及核酸提取純化流程圖

1,、樣本采集

快速?gòu)牟∪松砩汐@取組織樣本。為避免組織離體后在外界環(huán)境中可能發(fā)生基因改變,、組織自溶等變化,，組織從獲取到固定之間的時(shí)間間隔控制得越短越好。

2,、組織固定

將獲得的組織置于一定濃度（一般是10%）的福爾馬林溶液中,。福爾馬林的作用是用于組織固定，這個(gè)過程會(huì)使蛋白質(zhì)之間,、核酸之間,、蛋白質(zhì)和核酸之間發(fā)生一定程度的交聯(lián)。此過程要注意把握組織的厚度,，固定的時(shí)間,。

3、石蠟包埋

將組織用石蠟進(jìn)行包埋,。此過程包含：
1）脫水,，使用醇類替換水；
2）透明,，使用二甲苯替換掉醇類,；
3）浸蠟，將組織浸入石蠟中，利用石蠟替換掉二甲苯,；
4）包埋,，將滲透后的組織樣本浸泡在液態(tài)石蠟中，連同包埋模具一起冰冷后固化,，再切割為薄片后成為固定石蠟樣本,，可長(zhǎng)期保存或進(jìn)行下游實(shí)驗(yàn)。

4,、核酸提取

FFPE樣本核酸提取的通用步驟為脫蠟,、裂解-解交聯(lián)、純化,、回收,。具體步驟參照不同試劑盒說明書進(jìn)行操作。

1）脫蠟

用手術(shù)刀片刮取玻片上的樣本至取樣管中,，加入去蠟劑（環(huán)保浸蠟脫蠟透明液，abs9791）或二甲苯,，在一定溫度中孵育進(jìn)行脫蠟暴露組織,。

2）裂解-解交聯(lián)

利用裂解液與蛋白酶在一定溫度下進(jìn)行組織裂解與解交聯(lián)。

3）核酸純化

采用不同核酸純化方法純化DNA或者RNA,。

4）回收核酸

利用洗脫液回收核酸,。

圖 FFPE樣本核酸純化步驟

下面以愛必信的石蠟組織基因組DNA快速提取試劑盒(abs60019)為例具體介紹FFPE樣本DNA提取純化步驟。

1,、產(chǎn)品組分信息：

2,、自備材料

無水乙醇（第一次使用前請(qǐng)先在漂洗液 WB中加入適量無水乙醇，充分混勻）,、2mL EP管,、水浴鍋、離心機(jī),、渦旋儀

3,、實(shí)驗(yàn)步驟

1）將組織切片4-5片，裝入到2mL EP管中,，加入1.5mL SLI液,，充分振蕩；
2）65℃水浴30min,，再次充分混勻,，12000rpm，4℃離心15min,；
3）棄上清,，再加入1mL SLI液，按以上步驟重復(fù)2-3次；
4）沉淀（組織）加入200μL裂解液TL和1mL SLⅡ溶液,，加入20-50μL蛋白酶K,，56℃水浴過夜；
5）觀察組織消化情況,，如還有組織未消化完,，加入10-20μL蛋白酶K，56℃水浴10-20min或直至組織消化完（期間可用渦旋充分振蕩混勻加速組織消化）,；

注：也可用二甲苯進(jìn)行脫蠟,，所需試劑需自備，具體操作步驟也可參考本試劑盒說明書—脫蠟方法二,。

6）加入200μL結(jié)合液CB,，立刻渦旋振蕩充分混勻，在70℃放置10min,；
7）冷卻后加入200μL無水乙醇,，立刻渦旋振蕩充分混勻，此時(shí)可能會(huì)出現(xiàn)絮狀沉淀,；
8）將上一步混合物（包括可能有的沉淀）加入一個(gè)吸附柱AC中,，（吸附柱放入收集管中）12000rpm離心1min，倒掉收集管中的廢液,；
9）加入500μL抑制物去除液IR,，12000rpm離心30sec，棄廢液,；
10）加入500μL漂洗液WB（請(qǐng)先檢查是否已加入無水乙醇?。?2000rpm離心30sec,，棄掉廢液,；
11）重復(fù)操作步驟10；
12）將吸附柱AC放回空收集管中,，12000rpm離心2min,，將吸附柱置于室溫放置數(shù)分鐘，以晾干吸附材料中殘余的漂洗液,，以免漂洗液中殘留乙醇抑制下游反應(yīng),；
13）取出吸附柱AC，放入一個(gè)干凈的離心管中,，在吸附膜的中間部位加30-100μL洗脫緩沖液EB（洗脫緩沖液事先在65℃水浴中預(yù)熱效果更好）,，室溫放置3-5min，12000rpm離心1min,。為了增加DNA的回收率,，可將得到的溶液重新加入離心吸附柱中,，室溫放置2min，12000rpm離心1min,。
注：DNA 產(chǎn)物應(yīng)保存在-20℃,，以防DNA降解。

5,、核酸質(zhì)控檢測(cè)

對(duì)于從FFPE樣本中提取的核酸,，一般通過吸光度檢測(cè)儀器Nanodrop，熒光定量?jī)xQubit及毛細(xì)管電泳儀進(jìn)行測(cè)定核酸濃度,、OD值（純度）及片段大小(DIN),。對(duì)于核酸的質(zhì)控是非常重要的，因?yàn)樘崛〉暮怂豳|(zhì)量會(huì)影響下游的實(shí)驗(yàn)結(jié)果,。

本期產(chǎn)品推薦：

[1] Klopfleisch R, Weiss AT, Gruber AD. Excavation of a buried treasure--DNA, mRNA, miRNA and protein analysis in formalin fixed, paraffin embedded tissues. Histol Histopathol. 2011 Jun;26(6):797-810. doi: 10.14670/HH-26.797. PMID: 21472693.

[2] 裴永彬,賀新奇,趙增仁.石蠟包埋組織中DNA提取技術(shù)研究進(jìn)展[J].河北醫(yī)科大學(xué)學(xué)報(bào),2010,31(11):1396-1399.

好消息！Absin文獻(xiàn)獎(jiǎng)勵(lì)重磅升級(jí),！

Absin特色產(chǎn)品線：

WB相關(guān)：ECL發(fā)光液,、預(yù)染marker、預(yù)制膠,；IHC相關(guān)：二抗試劑盒,、組化筆；IP/CoIP試劑盒,；激動(dòng)劑/抑制劑；血清,、BSA,、蛋白酶K、CTB,、TTX,、CEE；凋亡試劑盒,；呼吸爆發(fā)試劑盒,；ELISA試劑盒；重組蛋白,；抗體: 二抗,、標(biāo)簽抗體、對(duì)照抗體,；定制服務(wù)(抗體/多肽/蛋白/標(biāo)記/檢測(cè))...