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基因甲基化檢測(cè)服務(wù)|實(shí)驗(yàn)技術(shù)服務(wù)

時(shí)間:2015/7/1閱讀:224
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測(cè)序?qū)嶒?yàn)流程:
DNA甲基化是zui早發(fā)現(xiàn)的基因表觀修飾方式之一,真核生物中的甲基化僅發(fā)生于胞嘧啶,,即在DNA甲基化轉(zhuǎn)移酶(DNMTs)的作用下使CpG二核苷酸5'-端的胞嘧啶轉(zhuǎn)變?yōu)?'-甲基胞嘧啶,。DNA甲基化通常抑制基因表達(dá),去甲基化則誘導(dǎo)了基因的重新活化和表達(dá),。這種DNA修飾方式在不改變基因序列前提下實(shí)現(xiàn)對(duì)基因表達(dá)的調(diào)控,。
檢測(cè)程序
1.甲基化特異性的PCR(Methylation-specific PCR,MSP)
用亞硫酸氫鹽處理基因組DNA,,所有未發(fā)生甲基化的胞嘧啶被轉(zhuǎn)化為尿嘧啶,,而甲基化的胞嘧啶不變;隨后設(shè)計(jì)針對(duì)甲基化和非甲基化序列的引物進(jìn)行PCR。通過(guò)電泳檢測(cè)MSP擴(kuò)增產(chǎn)物,,如果用針對(duì)處理后甲基化DNA鏈的引物能得到擴(kuò)增片段,,則說(shuō)明該位點(diǎn)存在甲基化;反之,說(shuō)明被檢測(cè)的位點(diǎn)不存在甲基化,。
2.亞硫酸氫鹽測(cè)序法(Bisulfite sequencing PCR,,BSP)
用亞硫酸氫鹽處理基因組DNA,則未發(fā)生甲基化的胞嘧啶被轉(zhuǎn)化為尿嘧啶,,而甲基化的胞嘧啶不變,。隨后設(shè)計(jì)BSP引物進(jìn)行PCR,在擴(kuò)增過(guò)程中尿嘧啶全部轉(zhuǎn)化為胸腺嘧啶,,zui后對(duì)PCR產(chǎn)物進(jìn)行測(cè)序就可以判斷CpG位點(diǎn)是否發(fā)生甲基化稱為BSP-直接測(cè)序方法,。將PCR產(chǎn)物克隆至載體后進(jìn)行測(cè)序,可以提高測(cè)序成功率,這種方法稱為BSP-克隆測(cè)序法,。
3.高分辨率熔解曲線法(High Resolution Melting,,HRM)
在非CpG島位置設(shè)計(jì)一對(duì)針對(duì)亞硫酸氫鹽修飾后的DNA雙鏈的引物,這對(duì)引物中間的片段包含感興趣的CpG島,。若這些CpG島發(fā)生了甲基化,,用亞硫酸氫鹽處理后,,未甲基化的胞嘧啶經(jīng)PCR擴(kuò)增后轉(zhuǎn)變成胸腺嘧啶,,而甲基化的胞嘧啶不變,樣品中的GC含量發(fā)生改變,,從而導(dǎo)致熔解溫度的變化.
送樣要求
細(xì)胞(≥106 個(gè)),、組織(≥300mg)、血液(≥1ml),、血清(≥1.5ml)等樣品材料,,基因組DNA(體積≥20μl,濃度≥50 ng/μl),。
DNA甲基化的位點(diǎn)與程度的實(shí)驗(yàn)方法有三類:
(1)(M SREs)利用對(duì)甲基化堿基敏感的限制性內(nèi)切酶,。該酶不能切割甲基化的堿基位點(diǎn),從而產(chǎn)生片段差異,,電泳后,,根據(jù)片段與量的差異找到甲基化位點(diǎn)與甲基化程度,
(2)另一類是利用將沒(méi)有甲基化的C變?yōu)槠渌鼔A基或其它物質(zhì),,而甲基化的C不會(huì)發(fā)生相應(yīng)變化來(lái)識(shí)別甲基化位點(diǎn),。甲基化特異的PCR (M ethylation-specific PCR,MSP)是較常用的方法。
(3)一種通過(guò)合成方法進(jìn)行序列分析的方法,,它通過(guò)核苷酸和模板結(jié)合后釋放的焦磷酸引發(fā)酶級(jí)聯(lián)反應(yīng),,促使熒光素發(fā)光并進(jìn)行檢測(cè),Pyrosequencing技術(shù)是近年一種全新的技術(shù),,這項(xiàng)技術(shù)曾經(jīng)被用作單核苷酸多態(tài)性(SNP)的基因型和單倍型的檢測(cè),,以及細(xì)菌和病毒的鑒定和分型研究。這項(xiàng)技術(shù)的一個(gè)主要特點(diǎn)是在Pyrogarm?軟件上顯示的峰值高度來(lái)自于序列分析的原始數(shù)據(jù),,通過(guò)峰值的高度可以的檢測(cè)混合DNA模板中等位基因的頻率,,這種方法同樣可以用于石蠟包埋的組織,并且具有較高的重復(fù)性和性,。
 MSP 實(shí)驗(yàn)流程:  
1.       基因組抽提,;
2.       基因組DNA定量;
3.       重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化(C轉(zhuǎn)化為U),,本步實(shí)驗(yàn)至關(guān)重要,,轉(zhuǎn)化效率高低直接影響實(shí)驗(yàn)結(jié)果,所以,,需要實(shí)驗(yàn)者在實(shí)驗(yàn)過(guò)程中不斷摸索合適的實(shí)驗(yàn)條件以確保較高的轉(zhuǎn)化效率,;
4.       引物設(shè)計(jì)(每個(gè)基因設(shè)計(jì)兩對(duì)引物,,分別為:甲基化引物M,非基因化引物U,,對(duì)應(yīng)擴(kuò)增甲基化和非甲基化的目的片段),,有時(shí)需設(shè)計(jì)巢式引物;
5.       PCR 擴(kuò)增:對(duì)甲基化和非甲基化的目的片段分別擴(kuò)增,此時(shí)盡可能使用梯度PCR儀,,可以同時(shí)使用不同的退火溫度,,以篩選合適的退火溫度;
6.       PCR 產(chǎn)物電泳,;
7.       電泳結(jié)果分析(定性即有無(wú)甲基化,,半定量即甲基化程度高低)。

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