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中級(jí)會(huì)員 | 第2年

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DNA測(cè)序的建庫流程

時(shí)間:2024/12/6閱讀:114
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什么是文庫制備,?在待測(cè)片段兩端連接特定接頭從而使其符合測(cè)序平臺(tái)要求的過程,。Illumina 芯片F(xiàn)lowcell(流動(dòng)池)是有著8個(gè)lane(泳道)的玻璃板,每個(gè)lane可以測(cè)一個(gè)樣本或者多樣本的混合物,,且隨機(jī)布滿了能夠與文庫兩端接頭分別互補(bǔ)配對(duì)或一致的寡核苷酸(oligos,,P7和P5接頭),,一個(gè)lane包含兩列,每一列有60個(gè)tile(每條lane有120個(gè)格子),,每個(gè)tile有很多個(gè)凹坑,,會(huì)種下不同的cluster(蔟),每個(gè)tile在一次循環(huán)中會(huì)拍照4次(每種堿基一次),,一次反應(yīng)cycle在每條lane拍120張照片,。Illumina 文庫:基于TA連接P5/P7:和芯片上的oligos(P5‘/P7’)可以互補(bǔ),目的是讓文庫接到芯片上,。Index:標(biāo)簽,,也叫Barcode,因?yàn)橐粋€(gè)lane可以同時(shí)測(cè)多個(gè)樣品,,給每個(gè)樣本帶個(gè)帽子,,測(cè)序后可以區(qū)分誰是誰的。接頭連接:利用TA克隆在DNA片段兩端加上能夠與測(cè)序儀配合的接頭序列,。DNA建庫流程:DNA片段化,、接頭連接、連接產(chǎn)物純化,、PCR擴(kuò)增,、擴(kuò)增產(chǎn)物純化、文庫長(zhǎng)度分選片段化由于目前市場(chǎng)中NGS測(cè)序儀的測(cè)序長(zhǎng)度通常在 150-550bp 之間,,因此需要使用機(jī)械打斷或酶切打斷的方法將大片段基因組DNA片段化為小片段的DNA,。片段化酶是隨機(jī)內(nèi)切酶,不受特定酶切位點(diǎn)的限制,,隨機(jī)切割對(duì)應(yīng)模板DNA,,片段化的產(chǎn)物屬于粘性末端,后續(xù)需要進(jìn)行末端修復(fù),。酶切形成兩條單鏈末端時(shí),,產(chǎn)生末端的核苷酸順序不是平齊的,稱為粘性末端,;產(chǎn)生核苷酸順序平齊的末端,,則稱為平末端。

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