出現(xiàn)嚴(yán)重的RNA污染
如圖所示,，質(zhì)粒提取之后進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳，出現(xiàn)明顯的RNA條帶,，說明有RNA污染,。
原因及解決方法：
（1）未在緩沖液 RS*中事先加入RNase A。解決方法：補加RNase A,。
（2）加入RNase A的緩沖液 RS*長期保存于室溫,，導(dǎo)致RNase A活性下降。解決方法：每次使用后置于 4℃保存,。若長期不用,，置于-20℃保存。
（3）細(xì)菌過量,RNase A不能有效降解RNA,。解決方法：將細(xì)菌用量減半或增加RNase A在緩沖液 RS*中的濃度,。
出現(xiàn)基因組污染
（1）菌體裂解和中和過程中,劇烈混合造成基因組DNA斷裂所致。解決方法：溫和地進(jìn)行菌體的裂解和中和,。
（2）加裂解液 LB時操作時間過長，造成基因組DNA斷裂所致,。解決方法：將裂解步驟控制在5分鐘內(nèi)完成,。
（3）細(xì)菌的質(zhì)量差（反復(fù)凍融的細(xì)菌,，陳舊的細(xì)菌，培養(yǎng)條件不合適的細(xì)菌等）中有許多斷裂或降解而游離的基因組DNA,，使用生長良好的新鮮細(xì)菌,。
超螺旋質(zhì)粒比例低
如圖右所示，質(zhì)粒提取之后進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳,，開環(huán)質(zhì)粒的占比約20%,，說明超螺旋比例低，一般超螺旋比例需要＞90%,，一般來說超螺旋比例越高,，質(zhì)粒的穩(wěn)定性越高，高超螺旋比例的質(zhì)粒在轉(zhuǎn)染效率,、基因表達(dá)水平等方面具有更好的表現(xiàn),。
原因：裂解時間不宜過長，加入裂解液后裂解時間不應(yīng)超過5分鐘,，以免質(zhì)粒受到破壞
解決方法：優(yōu)化裂解時間,；確保質(zhì)粒的結(jié)合和所有溶液都在室溫下進(jìn)行，減少離心力對質(zhì)粒超螺旋結(jié)構(gòu)的影響,，因為過度的離心可能會破壞質(zhì)粒的超螺旋結(jié)構(gòu),。
內(nèi)毒素殘留高
常規(guī)質(zhì)粒DNA純化中，質(zhì)粒DNA仍需要從55%蛋白質(zhì),、20%RNA,、3%內(nèi)毒素和3%基因組DNA中分離，在質(zhì)粒DNA制備的菌體裂解過程中,，內(nèi)毒素分子被釋放到溶菌液中,。由于內(nèi)毒素常形成囊狀結(jié)構(gòu)，其分子量,、電荷性和疏水性都與質(zhì)粒DNA相似,，常用的純化方法很難將內(nèi)毒素與質(zhì)粒DNA分開。內(nèi)毒素會降低原代細(xì)胞和敏感培養(yǎng)細(xì)胞的轉(zhuǎn)染效率,，干擾免疫細(xì)胞的體外轉(zhuǎn)染,。由于實驗?zāi)康牟煌瑢|(zhì)粒DNA的內(nèi)毒素要求亦不同,，尤其是在細(xì)胞轉(zhuǎn)染,、基因沉默研究、基因治療等過程中,，對質(zhì)粒質(zhì)量,、內(nèi)毒素水平要求更為苛刻，對于非敏感型的的轉(zhuǎn)染實驗,，要求內(nèi)毒素殘留0.1～2.5 EU/ug,，對于敏感型的的轉(zhuǎn)染實驗,，要求內(nèi)毒素殘留＜0.1 EU/ug。
原因：內(nèi)毒素去除時操作不當(dāng)或者未選擇合適的試劑
解決方法：
（1）如果采用的內(nèi)毒素清除的方法,，離心之后,，上層水相含DNA，下層藍(lán)色油狀相含內(nèi)毒素和其它雜質(zhì),。這時注意不要吸到藍(lán)色油狀層,，里面含內(nèi)毒素等雜質(zhì)。
（2）在使用樹脂純化系統(tǒng)去除內(nèi)毒素時,，需要先活化樹脂,，然后使用平衡緩沖液平衡樹脂，以確保最佳的去除效率,。
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