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深圳市安培生物科技有限公司
中級(jí)會(huì)員 | 第5年

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實(shí)時(shí)熒光定量PCR的優(yōu)化(一)

時(shí)間:2021/10/12閱讀:2099
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如果是病毒定量和SNP基因分型的實(shí)時(shí)熒光定量PCR,,我們需要盡可能高特異性,;如果是病原體,、mRNA檢測(cè),,我們需要高靈敏度,。


想要提高PCR擴(kuò)增效率、特異性及靈敏度,,我們可以通過(guò)一系列措施優(yōu)化實(shí)時(shí)熒光定量PCR實(shí)驗(yàn),。首先是靶序列的選擇。


1,、選擇的靶序列合適長(zhǎng)度在50~150bp之間,。較短的序列合成耗時(shí)短,擴(kuò)增時(shí)間縮短,,因此污染DNA被擴(kuò)增的可能性降低,。

2、選擇靶序列時(shí),,使用BLAST檢索分析靶序列是否存在多態(tài)性和測(cè)序錯(cuò)誤,,并避開(kāi)。如果靶序列中出現(xiàn)重復(fù)序列,,會(huì)降低PCR檢測(cè)靈敏度,,也應(yīng)該避開(kāi)。

3,、控制靶序列中GC含量≤60%,。高GC含量,,會(huì)影響靶序列在熱循環(huán)中的變性,也容易產(chǎn)生非特異性擴(kuò)增,。

4,、避免產(chǎn)生二級(jí)結(jié)構(gòu)。靶序列如果有反向重復(fù)的序列,,容易產(chǎn)生二級(jí)結(jié)構(gòu),,影響引物、探針的雜交,。

除此以外,,我們還需要保證模板的質(zhì)量不會(huì)影響擴(kuò)增,實(shí)時(shí)熒光PCR的結(jié)果才有可靠性,。例如損傷的DNA在PCR中不能充分?jǐn)U增,,或者根本不能擴(kuò)增。同時(shí),,如果模板中存在抑制DNA聚合酶的試劑(DMSO等)和污染物(SDS等),,也會(huì)影響PCR的可靠性。



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