經(jīng)過(guò) EMSA,、 DNase1 足跡實(shí)驗(yàn),、甲基化干擾實(shí)驗(yàn)、體內(nèi)足跡實(shí)驗(yàn),、 Chip-on-chip 等方式,，終于落實(shí)了轉(zhuǎn)錄因子跟基因的關(guān)系,，繼續(xù)探索轉(zhuǎn)錄因子跟該基因的啟動(dòng)子的結(jié)合位點(diǎn)在哪里,？ 

第一步，要確定到啟動(dòng)子在哪,？（怎么確定啟動(dòng)子,？ 一般查閱外文文獻(xiàn)，老外把從轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)開(kāi)始上溯 2K－3K 的區(qū)間算做是啟動(dòng)子,。） 

第二步,，就是要確定具體的結(jié)合位點(diǎn)序列？（啟動(dòng)子這么長(zhǎng),，怎么知道具體的結(jié)合位點(diǎn)序列,？）

如何預(yù)測(cè)轉(zhuǎn)錄因子跟基因啟動(dòng)子結(jié)合位點(diǎn)在哪里？干貨來(lái)了,，看這里了（敲黑板?。?/p>

1、以轉(zhuǎn)錄因子 Nf-KB 和 Ankh 基因?yàn)槔?UCSC 在線網(wǎng)站鎖定啟動(dòng)子范圍,，在左欄選擇 Table  browes,。

2、在 clade 選擇 Mammal,，genome 選擇 Human,，assmebly 選擇最新的數(shù)據(jù)庫(kù)，gene 中輸入 ANKH,在 track 中選擇 RefSeq Genes,，在 output format 中選擇 sequence,點(diǎn)擊 get output,根據(jù)需要選擇序列,，選擇 genomic-submit。

3,、選擇 Promoter/Upstream by 2000 bases,，選 Exons in upper case, everything else in lower case （外顯子大寫(xiě)，其他小寫(xiě)）,。

結(jié)果如下：大寫(xiě)字母是基因外顯子區(qū),，大寫(xiě)字母前面的 2000 個(gè)小寫(xiě)字母就是預(yù)測(cè)的啟動(dòng)子區(qū)，復(fù)制粘貼保存到文本中,。

當(dāng)我們確定啟動(dòng)子以后,，接下來(lái)就是要確定具體的結(jié)合位點(diǎn)序列了，好緊張,！

打開(kāi) PROMO 數(shù)據(jù)庫(kù),，業(yè)界良心！首頁(yè)就來(lái)送助攻：查找轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)操作步驟,。

1,、如助攻提到的，先點(diǎn)擊黃色左欄 SelectSpecies,選擇物種, 點(diǎn)擊 Submit,。

2,、再點(diǎn)擊黃色左欄 SelectFactors，選擇轉(zhuǎn)錄因子, 點(diǎn)擊 Submit,。

3,、接著點(diǎn)擊 SearchSites,將之前鎖定的啟動(dòng)子區(qū)序列粘貼到特定位置，點(diǎn)擊 Submit,。

4,、目標(biāo)出現(xiàn)！結(jié)果中的一個(gè)位點(diǎn) TGGGAAATACCT 就是預(yù)測(cè)到的 nf-kb 結(jié)合在 Ankh 啟動(dòng)子的最佳位點(diǎn),。

同一個(gè)基因的啟動(dòng)子都是可長(zhǎng)可短的,，只是不同長(zhǎng)度可能啟動(dòng)子的活性不一樣。真核生物一般都是認(rèn)為在第一外顯子上游的 2kb 以?xún)?nèi)（也有 2kb 以外的）,。轉(zhuǎn)錄因子不同的預(yù)測(cè)方法（除了 PROMO,，還可用 Jaspar 、TFSEARCH、TRANSFAC 等數(shù)據(jù)庫(kù)）結(jié)果都不一樣,，最終只有實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的才準(zhǔn)確,。