lncRNA 一開始被認為是由 RNA 聚合酶 II 轉(zhuǎn)錄形成的轉(zhuǎn)錄副產(chǎn)物，并沒有生物學功能,，只是一種轉(zhuǎn)錄噪音（遺傳噪音）,。然后，現(xiàn)在越來越多的研究發(fā)現(xiàn) lncRNA 有及其重要的生理功能,，這些功能包括：遺傳印記（genetic imprinting）,、基因組重排（genome rearrangement）、染色質(zhì)修飾（chromatin modification）,、細胞周期調(diào)控,、轉(zhuǎn)錄、剪切,、mRNA 降解及蛋白的翻譯,。

研究發(fā)現(xiàn)，數(shù)以千計的 lncRNA 參與調(diào)控了哺乳動物的基因調(diào)控,。很多關(guān)于 lncRNA 調(diào)控基因的機制研究,，也層出不窮。但是總的來說，lncRNA 對于基因表達的調(diào)控作用主要體現(xiàn)在三個方面：

1）表觀遺傳層面,； 

2）轉(zhuǎn)錄調(diào)控層面,； 

3）轉(zhuǎn)錄后調(diào)控層面。

（一）與印記（imprinted region）相關(guān)的 lncRNAs 

所謂的印記基因是指僅一方親本來源的同源基因表達,，而來自另一親本的基因不表達的現(xiàn)象,。在腫瘤細胞中發(fā)現(xiàn)，很多腫瘤細胞內(nèi)印記基因出現(xiàn)丟失的現(xiàn)象,，導致了基因表達的紊亂,。這可能是導致腫瘤發(fā)生的一個很重要的原因。很大一部分 lncRNA 定位于基因組的印記區(qū)域,。在過去十年中,，H19,、Xist 和 Meg3 等 lncRNA 被報道位于基因組的印記基因座（imprinted  genomic loci）,。 

H19 是一個 2.3 kb 的 lncRNA，而且該分子特異性地在女性體內(nèi)表達,。H19 和胰島素樣生長因子 2（insulin-like growth factor 2,，IGF2）都定位于染色體的 11p15.5，而且這兩個基因間的間隔僅 90 kb,。H19 在脊椎動物胚胎期表達很高,，但是在出生后，表達迅速降低,。H19 和 IGF2 基因之間有印記控制區(qū)（imprinting control region,，ICR）。ICR 區(qū)域內(nèi)會發(fā)生甲基化,，這是參與調(diào)控基因印記的最主要的途徑,。當來源于母本的 ICR 區(qū)域沒有發(fā)生甲基化時，ICR 區(qū)域可以和轉(zhuǎn)錄因子 CTCR（CCCTC-binding factor）結(jié)合,，導致 H19 表達,，而 IGF2 表達沉默。但是在父本來源的 ICR 區(qū)域,，由于發(fā)生了甲基化現(xiàn)象,，導致了相反的基因表達情況。

在母系來源的細胞中,，由于存在兩條 X 染色體,，在生長發(fā)育的調(diào)控過程中，其中一條 X 染色體會失活,，這一現(xiàn)象被稱為 X 染色體失活（X-chromosome inactivation）,。在這一過程中，長度為17kb 的 lncRNA 分子 XIST 發(fā)揮了重要的作用。XIST 表達后,，其5‘端編碼了另一個 lncRNA 分子,，Repeat A（RepA）。RepA 可以直接和 PRC2 分子（polycomb repressive complex 2）相互結(jié)合,，促進 XIST 進一步地表達,。大量表達的 XIST 分子附著在其中一條 X 染色體的表面，并誘導組蛋白的甲基化,，最終導致 X 染色體的失活,。

（二）lncRNA 對于染色質(zhì)修飾（Chromatin modification）的作用 

lncRNA 可以調(diào)控轉(zhuǎn)錄，其機制是形成沉默復合物（silencing complex）并導致染色質(zhì)重排（chromatin remodeling）,。lncRNA 介導基因調(diào)控的最主要的機制就是形成染色質(zhì)重排復合物（chromatin remodeling complex）,。有研究表明，lncRNA（HOTAIR,、Kcnq1ot1 和 Air）可以和染色質(zhì)重排復合物(例如,，PCR1 和 PCR2)結(jié)合，介導下游的泛素化和組蛋白的甲基化,。

在 Kcnq1 基因座,，lncRNA Kcnq1ot1 可以與 PRC1 和 PRC2 結(jié)合形成復合物。在 Igf2r 基因座,， Air 能與組蛋白甲基轉(zhuǎn)移酶 G9a 相互作用,。在 HOXD 基因座，HOTAIR 可以招募 PRC2 形成復合物并導致下游靶基因的表達沉默,。進一步的研究表明,，染色質(zhì)重排復合物與 lncRNA 的結(jié)合是介導下游靶基因沉默特異性的重要原因。

HOTAIR 是一條長度為 2.2 kb 的 lncRNA,，位于染色體 12q13.13 的 HOXC 基因座,。HOTAIR 能與 PRC2 和 LSD1/CoREST/REST 復合物相互結(jié)合。作為一個起到分子骨架（molecular scaffold）作用的 lncRNA,，HOTAIR 的 5‘區(qū)域和 PRC2 結(jié)合,，介導了組蛋白的甲基化；HOTAIR 的 3’區(qū)域又能和 LSD1 結(jié)合,，介導組蛋白的去甲基化,。HOTAIR 所起到的作用就是將染色質(zhì)重排復合物定位到 2 號染色體的 HOXD 基因座位點，其結(jié)果是在轉(zhuǎn)錄過程中沉默大約 40kb 的 HOXD 區(qū)域,。HOTAIR 的過度表達,，可以使 PRC2 在染色體上的定位發(fā)生變化，導致基因表達和染色質(zhì)狀態(tài)的改變,，最終促進了腫瘤的轉(zhuǎn)移,。