含熒光蛋白的載體可作為轉(zhuǎn)染標(biāo)記來轉(zhuǎn)染細(xì)胞,，以進(jìn)行活細(xì)胞標(biāo)記,。其不含MCS。在這些載體中,，熒光蛋白可以持續(xù)表達(dá),，并且可以被熒光顯微鏡或流式細(xì)胞檢測(cè)到，因此可以提供可觀的轉(zhuǎn)染/共轉(zhuǎn)染或移植實(shí)驗(yàn)后對(duì)細(xì)胞的監(jiān)控的證據(jù),。

轉(zhuǎn)染的細(xì)胞也可用于需要全細(xì)胞熒光標(biāo)記的實(shí)驗(yàn),。常用的熒光蛋白是綠色熒光蛋白（GFP）,，和紅色熒光蛋白（RFP）。 GFP和RFP均是監(jiān)控生理過程通用的生物標(biāo)記,，將蛋白定位可視化,，且檢測(cè)體內(nèi)轉(zhuǎn)化的基因的表達(dá)，GFP可被488nm激光激發(fā),，且510nm處為比較合適檢測(cè)點(diǎn),。RFP可在488nm或532nm激發(fā)，且588nm處為比較合適的檢測(cè)點(diǎn),。