新一代的D8QUEST/VENTURE配備了更強(qiáng)的光源,,更靈敏,,更大的探測器,讓我們能夠更高效地收集更高分辨率的數(shù)據(jù),。晶體數(shù)據(jù)分辨率的提高,,讓我們能夠更清晰地看到原子世界的奧秘,比如成鍵電子,,孤對電子等,。
然而50多年來,我們使用的結(jié)構(gòu)精修方法,,采用的是獨立原子模型(Independent Atom Model, IAM),,無法完美地描述真實的電子云形狀。因而對于高分辨率的數(shù)據(jù),,IAM結(jié)構(gòu)精修方法反而會導(dǎo)致更高的R1值。為此,,很多時候為了發(fā)表文章,,或者迎合checkcif,我們只好忍痛去截斷分辨率,,白白浪費了很多非常有意義的數(shù)據(jù),。
而現(xiàn)在,Bruker新的APEX3軟件開發(fā)了IDEAL結(jié)構(gòu)精修方法,,在IAM的結(jié)構(gòu)精修的基礎(chǔ)上,,可以將成鍵電子以及孤對電子的貢獻(xiàn)加入到結(jié)構(gòu)模型之中,從而獲得更真實,,更佳質(zhì)量的晶體結(jié)構(gòu),。
▲Fig.1 IAM 結(jié)構(gòu)模型下的殘余電子密度
獨立原子模型(IAM) VS 多極結(jié)構(gòu)模型(MM)
獨立原子模型
原子被認(rèn)為相互之間是獨立的
原子的位置以及位移參數(shù)僅能夠計算正確晶格位置的原子類型以及占有率
IAM沒有考慮到原子間的區(qū)域
IAM沒有描述成鍵,,孤對電子,電荷,,電荷轉(zhuǎn)移的效應(yīng)
多極模型
MM方法模擬了原子間區(qū)域,,重要的特征:化學(xué)鍵
它將總電荷密度分配給球諧函數(shù),即所謂的多極
比如原子間向量上的偶極子可以解釋鍵電荷密度
▲Fig.2 IAM VS MM
APEX3-IDEAL,,更好的結(jié)構(gòu)精修方法
為了更好地精修高分辨率的數(shù)據(jù),,新的APEX3軟件,開發(fā)了更完美的結(jié)構(gòu)精修方法IDEAL(Invariom Derived Electron AnaLysis),。簡潔,,智能的軟件界面,讓我們能夠更好地修正高分辨率的數(shù)據(jù),,從而獲得更精細(xì)的結(jié)構(gòu)信息,。APEX3*的XL程序可以直接調(diào)用IDEAL,精修結(jié)果和Checkcif*兼容,。
▲ APEX3 Refinement
IDEAL結(jié)構(gòu)精修舉例
▲Fig.4 Examples of IDEAL Refinement Results
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