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布魯克APEX3-IDEAL更好的數(shù)據(jù),更好的結(jié)構(gòu)精修方法

閱讀:3373      發(fā)布時間:2020-8-6
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  新一代的D8QUEST/VENTURE配備了更強(qiáng)的光源,,更靈敏,,更大的探測器,讓我們能夠更高效地收集更高分辨率的數(shù)據(jù),。晶體數(shù)據(jù)分辨率的提高,,讓我們能夠更清晰地看到原子世界的奧秘,比如成鍵電子,,孤對電子等,。

 

  然而50多年來,我們使用的結(jié)構(gòu)精修方法,,采用的是獨立原子模型(Independent Atom Model, IAM),,無法完美地描述真實的電子云形狀。因而對于高分辨率的數(shù)據(jù),,IAM結(jié)構(gòu)精修方法反而會導(dǎo)致更高的R1值。為此,,很多時候為了發(fā)表文章,,或者迎合checkcif,我們只好忍痛去截斷分辨率,,白白浪費了很多非常有意義的數(shù)據(jù),。

 

  而現(xiàn)在,Bruker新的APEX3軟件開發(fā)了IDEAL結(jié)構(gòu)精修方法,,在IAM的結(jié)構(gòu)精修的基礎(chǔ)上,,可以將成鍵電子以及孤對電子的貢獻(xiàn)加入到結(jié)構(gòu)模型之中,從而獲得更真實,,更佳質(zhì)量的晶體結(jié)構(gòu),。

 

 ▲Fig.1 IAM 結(jié)構(gòu)模型下的殘余電子密度

 

獨立原子模型(IAM) VS 多極結(jié)構(gòu)模型(MM)

 

獨立原子模型

原子被認(rèn)為相互之間是獨立的

原子的位置以及位移參數(shù)僅能夠計算正確晶格位置的原子類型以及占有率

IAM沒有考慮到原子間的區(qū)域

IAM沒有描述成鍵,,孤對電子,電荷,,電荷轉(zhuǎn)移的效應(yīng)

 

多極模型

MM方法模擬了原子間區(qū)域,,重要的特征:化學(xué)鍵

它將總電荷密度分配給球諧函數(shù),即所謂的多極

比如原子間向量上的偶極子可以解釋鍵電荷密度

 

 

 ▲Fig.2 IAM VS MM

 

APEX3-IDEAL,,更好的結(jié)構(gòu)精修方法

 

  為了更好地精修高分辨率的數(shù)據(jù),,新的APEX3軟件,開發(fā)了更完美的結(jié)構(gòu)精修方法IDEAL(Invariom Derived Electron AnaLysis),。簡潔,,智能的軟件界面,讓我們能夠更好地修正高分辨率的數(shù)據(jù),,從而獲得更精細(xì)的結(jié)構(gòu)信息,。APEX3*的XL程序可以直接調(diào)用IDEAL,精修結(jié)果和Checkcif*兼容,。

 

 ▲ APEX3 Refinement

 

IDEAL結(jié)構(gòu)精修舉例

 

 

 

 ▲Fig.4 Examples of IDEAL Refinement Results

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