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ChIP的一般流程：

    甲醛處理細(xì)胞---收集細(xì)胞,，超聲破碎---加入目的蛋白的抗體,，與靶蛋白-DNA復(fù)合物相互結(jié)合---加入ProteinA，結(jié)合抗體-靶蛋白-DNA復(fù)合物,，并沉淀---對(duì)沉淀下來的復(fù)合物進(jìn)行清洗,，除去一些非特異性結(jié)合---洗脫，得到富集的靶蛋白-DNA復(fù)合物---解交聯(lián),，純化富集的DNA-片斷---PCR分析,。

    在PCR分析這一塊，比較傳統(tǒng)的做法是半定量-PCR,。但是現(xiàn)在隨著熒光定量PCR的普及,，大家也越來越傾向于Q-PCR了。此外還有一些由ChIP衍生出來的方法,。例如RIP（其實(shí)就是用ChIP的方法研究細(xì)胞內(nèi)蛋白與RNA的相互結(jié)合,，具體方法和ChIP差不多，只是實(shí)驗(yàn)過程中要注意防止RNase,，zui后分析的時(shí)候需要先將RNA逆轉(zhuǎn)錄成為cDNA）,；還有ChIP-chip（其實(shí)就是ChIP富集得到的DNA-片段，拿去做芯片分析,，做法在ChIP的基礎(chǔ)上有所改變,，不同的公司有不同的做法，要根據(jù)公司的要求來準(zhǔn)備樣品）,。細(xì)胞

第二天：

（一）,、免疫復(fù)合物的沉淀及清洗。

12,、孵育過后,，每管中加入60ulProteinAAgarose/SalmonSpermDNA。4oC顛轉(zhuǎn)2h,。

13,、4oC靜置10min后，700rpm離心1min,。除去上清。

14,、依次用下列溶液清洗沉淀復(fù)合物,。清洗的步驟：加入溶液，在4oC顛轉(zhuǎn)10min,，4oC靜置10min沉淀,，700rpm離心1min,，除去上清。

洗滌溶液：a.low salt wash buffer-one wash

b.highsalt wash buffer-one wash

c.LiCl wash buffer-one wash

d.TE buffer-two wash

15,、清洗完畢后,，開始洗脫。洗脫液的配方：100ul10%SDS,，100ul1MNaHCO3,，800ulddH2O，共1ml,。

    每管加入250ul洗脫buffer,，室溫下顛轉(zhuǎn)15min，靜置離心后,，收集上清,。重復(fù)洗滌一次。zui終的洗脫液為每管500ul,。細(xì)胞

16,、解交聯(lián)：每管中加入20ul 5M NaCl（NaCl終濃度為0.2M）。

混勻,，65oC解交聯(lián)過,。