ChIP的一般流程:
甲醛處理細胞---收集細胞,超聲破碎---加入目的蛋白的抗體,,與靶蛋白-DNA復(fù)合物相互結(jié)合---加入ProteinA,,結(jié)合抗體-靶蛋白-DNA復(fù)合物,并沉淀---對沉淀下來的復(fù)合物進行清洗,,除去一些非特異性結(jié)合---洗脫,,得到富集的靶蛋白-DNA復(fù)合物---解交聯(lián),純化富集的DNA-片斷---PCR分析,。
在PCR分析這一塊,,比較傳統(tǒng)的做法是半定量-PCR。但是現(xiàn)在隨著熒光定量PCR的普及,,大家也越來越傾向于Q-PCR了,。此外還有一些由ChIP衍生出來的方法,。例如RIP(其實就是用ChIP的方法研究細胞內(nèi)蛋白與RNA的相互結(jié)合,具體方法和ChIP差不多,,只是實驗過程中要注意防止RNase,,zui后分析的時候需要先將RNA逆轉(zhuǎn)錄成為cDNA);還有ChIP-chip(其實就是ChIP富集得到的DNA-片段,,拿去做芯片分析,,做法在ChIP的基礎(chǔ)上有所改變,不同的公司有不同的做法,,要根據(jù)公司的要求來準(zhǔn)備樣品),。細胞
第二天:
(一)、免疫復(fù)合物的沉淀及清洗,。
12,、孵育過后,每管中加入60ulProteinAAgarose/SalmonSpermDNA,。4oC顛轉(zhuǎn)2h,。
13、4oC靜置10min后,,700rpm離心1min,。除去上清。
14,、依次用下列溶液清洗沉淀復(fù)合物,。清洗的步驟:加入溶液,在4oC顛轉(zhuǎn)10min,,4oC靜置10min沉淀,700rpm離心1min,,除去上清,。
洗滌溶液:a.low salt wash buffer-one wash
b.highsalt wash buffer-one wash
c.LiCl wash buffer-one wash
d.TE buffer-two wash
15、清洗完畢后,,開始洗脫,。洗脫液的配方:100ul10%SDS,100ul1MNaHCO3,,800ulddH2O,,共1ml。
每管加入250ul洗脫buffer,,室溫下顛轉(zhuǎn)15min,,靜置離心后,收集上清,。重復(fù)洗滌一次,。zui終的洗脫液為每管500ul,。細胞
16、解交聯(lián):每管中加入20ul 5M NaCl(NaCl終濃度為0.2M),。
混勻,,65oC解交聯(lián)過。
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