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【臨床思考】基因突變和測序在癌癥醫(yī)學中的作用和局限在哪里?
隨著基因檢測技術(shù)的進步,,我們可以深入了解癌癥基因?qū)用娴谋举|(zhì),,但隨之而來的問題是,我們能否帶來新的癌癥療法,?近,,《眾病zhi王:癌癥傳》的作者悉達多·穆克吉(Siddhartha Mukherjee)博士在《紐約時報》上發(fā)表了名為“The Search for Cancer Treatment Beyond Mutant-Hunting”的文章,向讀者們分享了他關(guān)于癌癥的新思考,,把基因突變和測序在癌癥醫(yī)學中的作用和局限向我們娓娓道來。
幾周前,,在我去參加癌癥和醫(yī)學會議的路上,,我想到Saul Steinberg在《紐約客》封面的插圖“View From Ninth Avenue”。這幅畫描繪了從一個典型的紐約人的眼睛看到的世界地圖,。我們好像站在紐約第九大道的某個地方,,朝水那邊望去。第道上到處都是行人和車輛,。哈德遜河是一個灰藍色的條帶,。但是世界上的其他地方都消失了——不相干的,無關(guān)緊要的,,像芝麻掉在餅上,。堪薩斯城,、芝加哥,、拉斯維加斯和洛杉磯是地平線上的閃光點。有一條水域表示太平洋,,還有一些遙遠的國家:日本,、中國、俄羅斯,。整幅畫就像是一個自戀和固執(zhí)己見的笑話:紐約人的世界從紐約開始和結(jié)束,。
▲ View From Ninth Avenue(Photo illustration by Cristiana Couceiro. Source Credit: Michael Bonert, via Wikimedia Commons)
2000年代中期,我有時感覺到,,癌癥醫(yī)學好像正在從自己的第九大道觀看世界,。我們的愿望被基因組學主導(dǎo)——新發(fā)現(xiàn)的對細胞基因組進行測序的能力(“基因組”是指存在于生物體或細胞中的全套遺傳物質(zhì))。當然,,癌癥一般是由基因突變驅(qū)動異常細胞生長而引起(細胞生理學的其他特征,,如細胞的代謝和存活也受到影響)。通過鑒定癌細胞中的突變基因,,按這個邏輯,,我們設(shè)計殺死細胞的新方法。因為對于個體患者的突變是*的——某個女性的乳腺癌可能有12個基因突變,,而另一個乳腺癌患者可能是不同的16個基因有突變——我們將“個體化”癌癥藥物給予患者,,從而大大提高了治療的有效性。
這種想法有令人振奮的記錄,。在2000年代,,一種名為赫賽汀(Herceptin)的藥物被證明對乳腺癌患者有效,,但前提是癌細胞攜帶HER-2基因遺傳突變,。另一種藥物格列衛(wèi)(Gleevec)只有在腫瘤細胞具有BCR-ABL基因突變或c-kit基因突變時才起作用。在我們的許多基因組信徒的頭腦中,,癌癥問題已經(jīng)變成了一個相當簡單,,可擴展的算法:找到患者的突變,并將這些突變與藥物相匹配,。所有其他變量——癌細胞存在的細胞環(huán)境,,癌癥周圍的代謝和激素環(huán)境,或者是癌細胞周圍的人體——可能是不相關(guān)的遙遠的點:(就像那幅畫上的)日本,,中國,,俄羅斯。
為了實現(xiàn)基因突變指導(dǎo)治療,,研究人員開始了兩種試驗,。種被稱為“籃子試驗(basket trial)”,含有相同突變的不同類型的癌癥(例如肺癌,,乳腺癌和胃癌)用相同的藥物治療——本質(zhì)上,,是把基因水平上相似的癌癥放進同一個“籃子”。與“籃子試驗”相反的是“雨傘試驗”,。一種癌癥——例如肺癌或黑色素瘤——根據(jù)基因突變分為不同的亞型,,并且每種亞型都用不同的靶向藥物治療。在常見的傘(肺癌)下——攜帶不同基因突變的腫瘤將用*不同的藥物進行治療,。
▲ 籃子試驗和雨傘試驗的基本原理(圖片來源:NIH)
籃子試驗有些效果,。2015年發(fā)表了一項具有里程碑意義的研究,,122名患有幾種不同類型癌癥(肺癌,結(jié)腸癌,,甲狀腺癌)的患者具有相同的基因突變,,因此使用相同的藥物vemurafenib治療。這種藥物在某些癌癥中起作用——在肺癌中有42%的緩解率——但在其他癌癥中根本沒有:結(jié)直腸癌的緩解率為0%,。盡管這個藥物靶向的突變在所有人類癌癥中相對較罕見,,但近該藥的籃子試驗已經(jīng)顯示出驚人,甚至持久的緩解率,。
雨傘試驗?zāi)??結(jié)果參差不齊——有些人還令人失望。一項BATTLE-2研究根據(jù)基因測序?qū)⒎伟┗颊叻殖刹煌慕M,,每組用四種不同的藥物組合進行治療,。該試驗希望證實含有K-RAS基因突變的腫瘤患者對一種特定的藥物組合特別敏感(在小鼠的臨床前數(shù)據(jù)表明這種組合對患者有效)。但是這項雨傘研究中費力的策略——對腫瘤進行活檢,,測序,,然后將患者按照突變指導(dǎo)治療——提供了很少治療方面的新進展??傮w上,,攜帶K-RAS基因突變的患者(癌癥生長的關(guān)鍵驅(qū)動基因)在給予組合藥物治療時沒有活得更長。一位專家評論道:“終,,該試驗沒有確定任何新的有前景的治療方法,。”測序似乎沒有使我們的治療變得更加明智。
這些早期研究的失望加劇了對醫(yī)學的公開批評,。也許我們被基因測序技術(shù)迷惑——*看到癌癥的遺傳本質(zhì),難免會生出用靶向藥物治本的愿望,。來自M.I.T.的癌癥生物學家Michael Yaffe博士在《Science Signaling》雜志上寫道:“生物醫(yī)學科學家沉迷于數(shù)據(jù),,就像酗酒者沉迷于廉價的酒一樣。生物醫(yī)學科學家也傾向于在亮的測序領(lǐng)域研究——這里可以盡可能快地獲得多數(shù)據(jù),。像數(shù)據(jù)癮君子一樣,,當真正在臨床上有用的信息可能在其他地方時,我們?nèi)匀焕^續(xù)關(guān)注基因組測序,。”
這是腫瘤學家和患者現(xiàn)在的愿景,,尋找“其他地方”——第九大道以外的世界。癌細胞內(nèi)的突變當然攜帶相關(guān)生理學信息——其生長傾向,、脆弱性,、導(dǎo)致致命疾病的可能性,但除了突變之外,,還有另一個信息世界,。為了在人類宿主體內(nèi)生長和繁殖,,癌細胞必須指派數(shù)十甚至數(shù)千個非突變基因來達到其目的——將這些基因“開啟”和“關(guān)閉”,就像病理學指揮官劫持了一艘船,,現(xiàn)在他要用所有正常的齒輪和杠桿來開啟新的惡意征程,。并且癌細胞必須生活在其宿主體內(nèi)的環(huán)境中——逃避免疫系統(tǒng),占領(lǐng)某些特定組織,,轉(zhuǎn)移到非常特殊的部位(在一些癌癥中是骨骼而不是腎臟,;在一些癌癥中是肝臟而不是脾臟)。如果“臨床上真正有用的信息”位于這些領(lǐng)域內(nèi)——在癌細胞籠絡(luò)的正?;蚓W(wǎng)絡(luò)中,,在癌細胞與宿主的免疫系統(tǒng)相互作用的機制里,或者在癌細胞生長需要整合的代謝途徑中,?
在今年芝加哥舉行的美國臨床腫瘤學會(ASCO)年會上,,展示了這個正在改變的、也更加廣闊的癌癥醫(yī)學的前景,。也許本屆ASCO會議上匯報的研究中重要的是一項大規(guī)模臨床試驗,,該試驗根據(jù)癌細胞中基因表達模式(而不是單基因突變)確定了不會從化療中獲益的乳腺癌患者。通過識別攜帶這些“更安全”的遺傳指紋的腫瘤,,該研究有望每年使成千上萬女性避免有毒,、昂貴且無效的化療。找到不應(yīng)該被納入標準化療籃子的患者的能力,,這也必須成為癌癥治療有價值的目標之一,。在ASCO上,其他團隊展示了新一代藥物的效果,,這些藥物調(diào)動人體免疫系統(tǒng)去攻擊某些癌癥,,通過尋找癌細胞上的生物標志物,預(yù)測哪些腫瘤可能會有反應(yīng)(提示:它可能不是單個基因突變),。
關(guān)鍵一點在于,,醫(yī)學不僅僅是的捕捉基因突變。它可能沒那么高技術(shù)含量,,可能適用于癌癥以外的其他疾病,。在骨科中,醫(yī)學可能是發(fā)現(xiàn)肩部骨折的突變,,預(yù)測傳統(tǒng)肩部手術(shù)對這些患者不會成功,。它可能會再次用到基因測序——但這次是用基因組合的算法來預(yù)測結(jié)果(例如,條件A加B,,去掉C,,會對藥物有反應(yīng)嗎?),?;蛘咚赡軙?跳過基因測序:在我的實驗室里,,一位博士后正在用迷你的“類器官”技術(shù)從個體患者身上培養(yǎng)癌細胞——重現(xiàn)活腫瘤的三維細胞結(jié)構(gòu)——并測試數(shù)千種藥物,在患者用藥前找到可能在這些類器官中起作用的藥物,。
當然,,這些方法還必須在隨機臨床試驗中進行測試,以確定它們是否提供益處,。它們能否基于合理的成本,?這些好處是否會對公共健康產(chǎn)生影響?但是癌癥治療的變革需要時間,、耐心和勤勉,,以及懷疑主義。通過縮小對醫(yī)學的定義,,我們也縮小了為患者提供,、周到的治療,或者有時不治療的雄心,。如果再通過這種縮小的狹隘來看待癌癥,,那將是一種羞恥。(轉(zhuǎn)化醫(yī)學網(wǎng))