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早期的基因組DNA甲基化分析技術(shù)，如SssI甲基轉(zhuǎn)移酶分析法,、氯乙醛反應法,、免疫學抗體技術(shù)等,，已經(jīng)不能滿足現(xiàn)代表觀遺傳學研究的需求,。今年來常用的基因組甲基化的方法有以下兩種。
1. 甲基化敏感擴增多態(tài)性實驗
甲基化敏感擴增多態(tài)性實驗技術(shù)被用于檢測雙向型真菌的DNA甲基化，它是在擴增片段長度多態(tài)性技術(shù)的基礎(chǔ)上建立起來,、基本程序是：提取高質(zhì)量的基因組DNA,，分別用EcoRⅠ/HpaⅡ，EcoRⅠ/MspⅠ兩種酶組合對基因組DNA進行雙酶切,，并連上相應的限制性內(nèi)切酶的接頭,，然后以接頭序列設(shè)計的預擴增引物，進行PCR擴增,。擴增產(chǎn)物稀釋后,，再加入帶有選擇性堿基的引物，進行第二次PCR擴增,，擴增產(chǎn)物變性后在6%的序列膠上進行電泳,，zui后采用銀染或同位素放射
自顯影方法處理序列膠，統(tǒng)計和分析DNA條帶,。這種方法在研究動植物基因組甲基化上有廣泛應用。NSAP技術(shù)相對其他測定DNA甲基化程度的技術(shù)有如下優(yōu)點：
① 不需要知道被測DNA序列信息,，在不同生物上具有通用性,，可用于DNA序列背景知識未知的生物。
② 操作相對簡便,，在AFLP技術(shù)體系的基礎(chǔ)上無需改進,，即可操作。
③ 可在全基因組范圍檢測CCGG位點的胞嘧啶甲基化變化,。
MSAPjishu的局限性在于不能完成非CCGG位點的胞嘧啶甲基化,。
2. 液相層析及相關(guān)方法
液相層析能夠定量測定基因組整體甲基化水平，其過程是：先將DNA樣品經(jīng)鹽酸或氫氟酸水解成堿基,，水解產(chǎn)物通過色譜柱,，將結(jié)果與標準品比較，紫外光測定吸收峰值,，計算5rrC/（5rrC+5C）的積分面積得出基因組整體的甲基化水平,。
此法相對HPLC，更為簡便,、快速,、經(jīng)濟。測定甲基化的敏感性較高,。
