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實驗試劑
1. L-Leucine,,ATP,,DTT,,焦磷酸鈉(tetrasodium pyrophosphate)和HA-Ultrogel購自美國Sigma公司,。
2. [32p]-焦磷酸鈉購自美國杜邦公司。
3. L-[I4C]-亮氨酸和DEAE-SepharoseTM Fast Flow購自英國Amersham公司,。
4. 限制性內(nèi)切酶和T4DNA連接酶購自立陶宛MBI Ferments公司。
5. 質(zhì)粒pTrc-99B,。
實驗材料
大腸桿菌LeuRS從高表達大腸桿菌菌株中純化得到
實驗步驟
1. 突變體LeuRS基因的構(gòu)建
以構(gòu)建的編碼大腸桿菌LeuRS的基因leuS作為模板,,利用兩步PCR反應(yīng)擴增得到六個LeuRS變種酶的基因序列。
一輪PCR反應(yīng)的5’和3’引物:上下游引物分別具有NcoI和HindIII酶切位點,,構(gòu)建各突變所用的引物略,。PCR反應(yīng)產(chǎn)物經(jīng)用NcoI和HindIII雙酶切后,嵌入表達載體pTrc-99B的NcoI和HindIII兩個酶切位點間的切口內(nèi),。得到的LeuRS 6個變種酶基因的正確性用DNA測序證實,。
2. LeuRS及其變種酶基因的表達和純化
將含有LeuRS及其六個變種酶LeuRS-E292K,LeuRS-E292F,,LeuRS-E292S,,LeuRS-E292D,,LeuRS-E292Q,LeuRS-E292A的基因的重組質(zhì)粒轉(zhuǎn)化到在大腸桿菌菌株TG1中,,挑選含有正確質(zhì)粒的轉(zhuǎn)化子至5 mL氨芐-LB液體培養(yǎng)基,,37℃,300 rpm振蕩培養(yǎng)轉(zhuǎn)化子至對數(shù)生長期,,用0. 5 mM IPTG誘導(dǎo)6小時,,取出20ul培養(yǎng)液,加入等體積的SDS-PAGE上樣緩沖液,,100℃煮沸10分鐘,,離心取上清液進行SDS-PAGE檢查轉(zhuǎn)化子中各變種酶基因的表達情況。將高表達轉(zhuǎn)化子5 mL菌液轉(zhuǎn)接至500 mL氨芐-LB液體培養(yǎng)基中37℃,,300 rpm培養(yǎng)至對數(shù)生長期,,用0. 5 mM IPTG誘導(dǎo)8小時,收集菌體,。將濕菌體懸浮于20毫升0℃預(yù)冷的破菌緩沖液(50 mM磷酸鉀緩沖液,,pH6.8,含10 mM β-琉基乙醇,,2 mM PMSF,,10%甘油)中,冰浴超聲波破菌,。將破菌液于4℃,,12,000g離心30分鐘后繼續(xù)經(jīng)4℃,150,000g超離心1小時,。取上清液經(jīng)過DEAE-SepharoseTM Fast Flow和HA-Ultrogel兩步柱層析純化,。在DEAE-Sephorose CL-6B fast flow純化中使用的線性洗脫梯度為pH6.8的磷酸鉀緩沖液50 mM-500 mM。在HA-Ultrogel純化中使用的線性洗脫梯度為pH 6.8的磷酸鉀緩沖液20 mM-300 mM,。收集的含LeuRS以及變種酶的洗脫峰,,用PEG 20000濃縮,對10 mM pH 6.8的磷酸鉀緩沖液透析,。加入50%0℃預(yù)冷的甘油,,保存于-20℃。
3. 蛋白質(zhì)濃度測定
粗抽液蛋白質(zhì)的濃度用Bradford方法測定,。純化后的LeuRS以及變種酶的濃度可以通過以下公式計算得到:1 A280=1.62 mg/ml,。
4. 酶活力測定
氨基酸活化反應(yīng)的條件如下:35ul反應(yīng)液中含有100mM HEPES (pH7.8),10mM KF,,10 mM MgCl2,,4 mM ATP,2 mM [32P] PPi和1 mM亮氨酸,,在37℃保溫,,用約4 nmol/L LeuRS起始反應(yīng),,于不同時間,取出15ul反應(yīng)液,,加入200ul淬滅液中(3.5%高氯酸,,2%活性炭和0.05 M焦磷酸鈉)停止反應(yīng),在淬滅液中再加入5毫升10 mM焦磷酸鈉溶液,,用Whatman GF/C濾紙過濾以上溶液,,收集吸附32P-ATP的活性炭粉末,依次用10 mM焦磷酸鈉(2x5 ml)和95%乙醇(2x5ml)洗滌和抽干,,烘干后,,投入閃爍液,閃爍液為0.6%2-(4-叔丁基苯-5-(4-雙苯基)1,3,4二唑[溶劑為乙二醇甲醚/甲苯(體積比為6/4)],,計數(shù)活性炭粉末吸附的32P-ATP的量,。氨基酸活化反應(yīng)活力的單位定義為在測定條件下,每分鐘催化1納摩爾PPi形成ATP所需要的酶量,。氨基酞化反應(yīng)的條件如下:35ul反應(yīng)液中含有100 mM Tris-HCl (pH7.8),,30 mM KCl,12 mMMgCl2,,4 mM ATP,,0.1 mM EDTA,0. 5 mM DTT,,20uM tRNAleu,,0.1mMC亮氨酸在37℃保溫,用約5 nM LeuRS起始反應(yīng),。不同時間取15ul反應(yīng)液滴在Whatman 3#濾紙上((1.0cm×1.0cm),,放置5秒鐘后,將紙片投入5%三氯中(含有5 mM亮氨酸),,0℃浸泡10分鐘,,換2次5%三氯溶液,再用95%乙醇浸泡兩次,,烘干濾紙片,。投入PPO/POPOP閃爍液((5 g PPO0.25 g POPOP溶解于1L甲苯),液閃計數(shù),。氨基酞化反應(yīng)活力單位定義為:在測定條件下,每分鐘催化產(chǎn)生1納摩爾亮氨酞-tRNAleu所需的酶量,。
5. CD光譜和熒光光譜的測定
測定CD光譜所使用的儀器為Jasco J-715型圓二色性儀,。蛋白質(zhì)樣品在10 mM磷酸鉀溶液((pH 6.8)中的濃度為0.2 mg/ml,測定溫度為室溫,,所用比色杯的光徑為0.lcm,。熒光光譜的測定在日本Hitachi F-4010熒光分光光度計上進行,。測定發(fā)射光譜時,激發(fā)波長為295 nm,,狹縫為3 nm,,發(fā)射光譜掃描范圍為300-400 nm。熒光杯的光路長為1 cm,。蛋白質(zhì)樣品在10 mM磷酸鉀溶液(pH 6.8)中的濃度為0.1 mg/ml,。