C端測(cè)序：避免LC-MS/MS分析中的8大常見(jiàn)錯(cuò)誤檢測(cè)技術(shù)服務(wù)詳情介紹

dànbáizhì組學(xué)中的LC-MS/MS分析（液相色譜-串聯(lián)質(zhì)譜）廣泛應(yīng)用于dànbáizhì鑒定,、修飾研究和定量分析,。然而，在C端測(cè)序（C-terminal sequencing）過(guò)程中，許多研究人員可能會(huì)在實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì),、數(shù)據(jù)采集和數(shù)據(jù)分析等方面犯下一些常見(jiàn)錯(cuò)誤,，影響zuì終的研究質(zhì)量和結(jié)論的可靠性。本文將總結(jié)LC-MS/MS分析中C端測(cè)序的八大常見(jiàn)錯(cuò)誤,，并探討如何避免這些問(wèn)題,，以獲得更準(zhǔn)確的dànbáizhì組學(xué)數(shù)據(jù)。

一,、樣本處理階段的常見(jiàn)誤區(qū)

? 錯(cuò)誤1：樣本制備不充分

在C端測(cè)序中,，樣本純度對(duì)后續(xù)酶解和質(zhì)譜分析影響尤為顯著。高鹽,、去污劑,、宿主蛋白等雜質(zhì)會(huì)干擾離子化效率、降低信噪比,。

?建議：

* 采用超濾,、凝膠過(guò)濾等方式去除雜質(zhì)；

• 控制蛋白濃度,；

• 樣本-80℃保存,，避免反復(fù)凍融，防止蛋白降解或C端修飾丟失,。

二,、酶解策略中的技術(shù)盲區(qū)

? 錯(cuò)誤2：僅依賴(lài)yídànbáiméi進(jìn)行酶解

yídànbáiméi對(duì)C端肽段識(shí)別有限，容易錯(cuò)過(guò)重要信息,。

?建議：

* 聯(lián)合使用 Glu-C,、Asp-N、Lys-C 等不同特異性酶,；

• 嘗試蛋白酶K等非特異性酶提高覆蓋,；

• 優(yōu)化酶解時(shí)間、pH,、溫度和E:S比,，避免過(guò)度或不wánquán酶解。

三,、質(zhì)譜設(shè)置中的“隱性失誤”

? 錯(cuò)誤3：質(zhì)譜儀參數(shù)未優(yōu)化

碎裂模式,、質(zhì)量分辨率、碰撞能量（NCE）若未根據(jù)樣本類(lèi)型進(jìn)行調(diào)整,，極易造成C端信號(hào)丟失,。

?建議：

• HCD 可增強(qiáng) y 離子，有利于C端序列判斷,； 合理設(shè)置質(zhì)量窗口和NCE,，建議通過(guò)預(yù)實(shí)驗(yàn)調(diào)優(yōu),。

四、液相分離的不當(dāng)設(shè)置

? 錯(cuò)誤4：色譜保留時(shí)間不合理

C端肽段的理化特性與普通肽段可能不同,，若分離不充分或過(guò)早洗脫,，容易信號(hào)弱、重疊多,。

?建議：

* 使用 UHPLC 提升分辨率,；

• 優(yōu)化流動(dòng)相有機(jī)比例和pH值；

• 選擇適合的色譜柱（如C18,、C8）匹配C端疏水/親水特性,。

五、數(shù)據(jù)分析流程中的配置問(wèn)題

? 錯(cuò)誤5：數(shù)據(jù)庫(kù)搜索參數(shù)設(shè)置不當(dāng)

使用默認(rèn)參數(shù),，往往會(huì)忽視C端非特異性酶解和常見(jiàn)修飾,，錯(cuò)失關(guān)鍵序列。

?建議：

* 設(shè)置“允許非特異性酶切”,；

• 添加如C端乙?；Ⅴ０坊?、磷酸化等可變修飾,；

• 控制 FDR ≤ 1%,，確保識(shí)別可信度,。

六、結(jié)果篩選標(biāo)準(zhǔn)不科學(xué)

? 錯(cuò)誤6：過(guò)濾策略過(guò)松或過(guò)嚴(yán)

過(guò)嚴(yán)的過(guò)濾（如FDR過(guò)低）可能過(guò)濾掉真實(shí)肽段,，過(guò)松則增加假陽(yáng)性,。

?建議：

* 綜合考慮匹配分?jǐn)?shù)、肽段覆蓋率,、修飾位置等參數(shù),；

• 使用多指標(biāo)評(píng)分策略提升篩選精度。

七,、C端修飾被忽視

? 錯(cuò)誤7：未考慮C端翻譯后修飾

?；⒎核鼗?、糖基化等C端修飾可能顯著改變碎裂行為,，導(dǎo)致分析失敗。

?建議：

* 根據(jù)目標(biāo)蛋白特點(diǎn),，在數(shù)據(jù)庫(kù)設(shè)置中加入相應(yīng)修飾,；

• 必要時(shí)結(jié)合 PRM 靶向驗(yàn)證補(bǔ)充確認(rèn)。

八,、驗(yàn)證手段缺失

? 錯(cuò)誤8：結(jié)果未多重驗(yàn)證

僅憑一次測(cè)序結(jié)果作結(jié)論,，可能導(dǎo)致誤判,。

?建議：

* 采用不同酶解策略重復(fù)驗(yàn)證；

• 合成肽段驗(yàn)證,；

• 融合突變體驗(yàn)證關(guān)鍵C端序列,。

C端測(cè)序LC-MS/MS分析技術(shù)的jīngzhǔn實(shí)施，需要研究者深刻理解其與常規(guī)dànbáizhì組學(xué)分析的范式差異,。從樣品制備到數(shù)據(jù)分析的全流程優(yōu)化,，本質(zhì)上是對(duì)dànbáizhì羧基化學(xué)特性的深度適配。百泰派克生物科技提供zhuānyè的dànbáizhìN/C端測(cè)序服務(wù),，可解決您的項(xiàng)目問(wèn)題,，加速您的研究項(xiàng)目，為您帶來(lái)優(yōu)質(zhì)的服務(wù)體驗(yàn),。

百泰派克生物科技特色項(xiàng)目

一,、蛋白測(cè)序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀及島津公司埃德曼降解測(cè)序系統(tǒng)對(duì)dànbáizhì序列進(jìn)行分析，提供基于質(zhì)譜的蛋白測(cè)序分析服務(wù),，包括對(duì)dànbáizhì的氨基酸組成分析,，N端測(cè)序，C端測(cè)序和全序列分析,，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務(wù),。對(duì)于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測(cè)序法的dànbáizhì從頭測(cè)序服務(wù),，對(duì)蛋白序列進(jìn)行分析,。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1.采用目前世界上優(yōu)良的質(zhì)譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實(shí)現(xiàn)對(duì)所測(cè)定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測(cè)定蛋白N端多達(dá) 70個(gè)氨基酸序列;

4.可測(cè)定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug,，即可完成檢測(cè);

6.測(cè)序不受N端封閉,，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二,、dànbáizhì組學(xué)

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺(tái)結(jié)合Nano-LC,，提供定量dànbáizhì組學(xué)、靶向dànbáizhì組學(xué),、多肽組學(xué),、翻譯后修飾蛋白組學(xué)等多種dànbáizhì組學(xué)分析服務(wù)。此外,，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學(xué)服務(wù),，助力微量樣本蛋白組學(xué)、大樣本群醫(yī)學(xué)及高通量修飾組學(xué)等研究工作,。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1 .高通量定量蛋白分析:多對(duì)照組大規(guī)模實(shí)驗(yàn)分析,，發(fā)現(xiàn)新的生物標(biāo)記物;

2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標(biāo)記方法，適用于分析組織,、細(xì)胞,、血液等多種樣品;

3.質(zhì)譜分析靈敏度高,，實(shí)驗(yàn)結(jié)果重復(fù)度高;

4.可檢測(cè)較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學(xué)分析,，分析更系統(tǒng)準(zhǔn)確,。

三、單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質(zhì)譜流式系統(tǒng)進(jìn)行單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析,，采用金屬元素標(biāo)記物（通常是金屬元素標(biāo)記的特異抗體）標(biāo)記細(xì)胞表面和內(nèi)部的分子,，然后用流式細(xì)胞原理分離單個(gè)細(xì)胞，再用電感耦合等離子體質(zhì)譜（ICP-MS）分析單個(gè)細(xì)胞的原子質(zhì)量譜,，zuì后將原子質(zhì)量譜數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為細(xì)胞表面和內(nèi)部的信號(hào)分子表達(dá)量,。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1.技術(shù)優(yōu)良，*技術(shù)空白

采用金屬標(biāo)記抗體技術(shù),，避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問(wèn)題,。可在單細(xì)胞層面上對(duì)多種指標(biāo)同時(shí)進(jìn)行表征,，百泰派克生物科技可做到同時(shí)檢測(cè)51個(gè)目標(biāo)蛋白,。

2.分析數(shù)量大，成本較低

單細(xì)胞RNAseq受成本等因素限制,，所有樣本細(xì)胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個(gè)左右,，而流式質(zhì)譜技術(shù)一次（單樣本）就可分析至少10^5的細(xì)胞，實(shí)現(xiàn)了數(shù)量級(jí)的提高,，且成本不高于單細(xì)胞RNAseq,。

3.應(yīng)用前景大

①流式質(zhì)譜結(jié)果可以給出細(xì)胞亞群的變化，在臨床診斷,、疾病機(jī)制研究等方面具有極大的研究前景,；

②將金屬標(biāo)簽技術(shù)與其他技術(shù)結(jié)合會(huì)有新應(yīng)用方向,。除常規(guī)蛋白外,，質(zhì)譜流式細(xì)胞技術(shù)還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測(cè)細(xì)胞存活率,、細(xì)胞大小,、mRNA轉(zhuǎn)錄子表達(dá)量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等,。

四,、基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專(zhuān)有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案,。我們能夠幫助您實(shí)現(xiàn)10,000個(gè)以上I型多肽和10,000個(gè)以上II型多肽的鑒定和識(shí)別,。通過(guò)我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學(xué)分析平臺(tái)進(jìn)行免疫肽組學(xué)分析，可從zuì小的樣品材料中進(jìn)行可重復(fù)的識(shí)別和定量,。該服務(wù)可以應(yīng)用于大規(guī)模的研究,，旨在助力科研工作者尋找癌癥,、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標(biāo),。

五,、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質(zhì)譜技術(shù)，MALDI TOF,，高效色譜分離技術(shù),，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì,、多肽,、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級(jí)結(jié)構(gòu)分析,，到產(chǎn)品變異性和純度分析,。旨在提供優(yōu)質(zhì)生物藥物分析服務(wù)，幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質(zhì),。

百泰派克生物科技七大檢測(cè)平臺(tái)

百泰派克生物科技-生物制品表征,，生物質(zhì)譜多組學(xué)優(yōu)質(zhì)服務(wù)商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測(cè)和項(xiàng)目驗(yàn)證等zhuānyè服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)室遵循NMPA,、ICH,、FDA和EMA等的法規(guī)和指導(dǎo)原則，通過(guò)CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認(rèn)證,，建立了完備的質(zhì)量體系,，數(shù)據(jù)冷熱/異地備份，設(shè)備定期計(jì)量/期間核查,，軟件審計(jì)追蹤,，為客戶提供一體化解決方案和技術(shù)服務(wù)，支持新藥研發(fā),、藥物申報(bào)注冊(cè)和生產(chǎn)放行,。

1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系，zhuānyè提供以質(zhì)譜為基礎(chǔ)的CRO檢測(cè)分析服務(wù),；

2.獲國(guó)家CNAS實(shí)驗(yàn)室認(rèn)可,，為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務(wù)；

3.業(yè)務(wù)范圍覆蓋dànbáizhì組學(xué),、多肽組學(xué),、代謝組學(xué)、生物藥物表征,、單細(xì)胞分析,、單細(xì)胞質(zhì)譜流式、生信云分析以及多組學(xué)生物質(zhì)譜整合分析等,；

4.七大質(zhì)量控制檢測(cè)平臺(tái),，滿足您一站式服務(wù)需求,；

5.服務(wù)3000+企業(yè)，10000+客戶的選擇,；

6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務(wù)!

C端測(cè)序：避免LC-MS/MS分析中的8大常見(jiàn)錯(cuò)誤檢測(cè)技術(shù)服務(wù)詳情介紹