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Ribo-seq技術服務

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上海藍夢生物醫(yī)藥科技有限公司2020年9月成立,,是一家專業(yè)從事生命科學產(chǎn)品開發(fā)的科技公司。 目前,,本公司自主研發(fā)產(chǎn)品為功能性磁性材料,,主要應用于基因檢測相關領域,包括臨床檢測,、農(nóng)業(yè)育種 ,、科學研究、食品安全等,??蔀閺V大客戶提供我司自主品牌和代理品牌的多種產(chǎn)品,包括核酸提取純化試劑,,核酸和蛋白定量檢測試劑,,無細胞蛋白表達系統(tǒng),NGS建庫試劑,,LabChip GX Touch自動化電泳儀(核酸分析),,芯片,mich磁力架,,磁珠,,自動化液體工作站,自動化建庫工作站,,自動化核酸提取儀 等等,。

核酸提取純化試劑,核酸和蛋白定量檢測試劑,,無細胞蛋白表達系統(tǒng),,NGS建庫試劑,,LabChip GX Touch自動化電泳儀(核酸分析),芯片,,mich磁力架,,磁珠,自動化液體工作站,,自動化建庫工作站,,自動化核酸提取儀 等等

Ribo-seq技術服務


技術原理

蛋白質(zhì)是生命活動的主要承擔者,翻譯調(diào)控又是細胞內(nèi)最重要的調(diào)控方式,。翻譯是核糖體讀取mRNA模板來指導蛋白質(zhì)合成的過程,,是基因表達的關鍵步驟。翻譯的過程受到嚴格的調(diào)控,,很多疾病與翻譯異常相關,,比如神經(jīng)退行性疾病、貧血癥和發(fā)育障礙等,。雖然核糖體的結構與功能研究的比較透徹,,但是對于翻譯過程的調(diào)控機理還需要深入研究。

核糖體印跡測序(Ribosome profiling, Ribo-seq),,能夠詳細檢測體內(nèi)的翻譯狀態(tài),。Ribo-seq的技術核心是識別與核糖體結合的mRNA以及正在被翻譯的約30個核苷酸。對核糖體結合的mRNA片段進行測序,,能夠精確記錄核糖體在翻譯過程中的位置,。將轉(zhuǎn)錄組與Ribo-seq數(shù)據(jù)聯(lián)合分析,可以計算出蛋白質(zhì)的合成速率,。

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技術特點

Ribo-seq能夠揭示蛋白合成的時間,、地點、位置,、哪些蛋白質(zhì)正在被合成以及蛋白質(zhì)合成的調(diào)控機制,。Ribo-seq搭建了從轉(zhuǎn)錄組學到蛋白質(zhì)組學之間的橋梁,已經(jīng)廣泛應用在動物,、植物和微生物的研究中,,用于揭示生長發(fā)育、形態(tài)建成,、疾病發(fā)生,、逆境脅迫響應的調(diào)控機制。


應用方向

Ribo-seq應用于研究轉(zhuǎn)錄本的翻譯活性,、鑒定翻譯起始位點,、ORF位置和蛋白質(zhì)的翻譯調(diào)控機制。

Ribo-seq技術已經(jīng)廣泛應用在動物、植物和微生物的研究中,,用于揭示生長發(fā)育,、形態(tài)建成、疾病發(fā)生,、逆境脅迫響應的調(diào)控機制,。總之,,Ribo-seq能從基因組水平檢測蛋白質(zhì)的翻譯狀況,,獲得正在翻譯的mRNA序列信息并解析翻譯調(diào)控機制。


我們的服務優(yōu)勢

實驗周期快,、質(zhì)量高,、結果穩(wěn)定可靠;

豐富的物種經(jīng)驗,。


送樣要求

(1)細胞樣本:建議送樣量5×106~1×107個,;

(2)動物組織樣本:建議送樣量≥300 mg;

(3)植物組織樣本:建議送樣量≥500 mg,。


樣本分組

至少2組樣品,包括對照組和實驗組,,樣本數(shù)建議:3 VS 3,。



生信分析內(nèi)容

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實驗案例

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參考文獻

Brar GA, Weissman JS. Ribosome profiling reveals the what, when, where and how of protein synthesis. Nat Rev Mol Cell Biol. 2015. 16(11):651-664.

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Fremin BJ, Nicolaou C, Bhatt AS. Simultaneous ribosome profiling of hundreds of microbes from the human microbiome. Nat Protoc. 2021. 16(10):4676-4691.

Ingolia NT, Brar GA, Rouskin S, McGeachy AM, Weissman JS. The ribosome profiling strategy for monitoring translation in vivo by deep sequencing of ribosome-protected mRNA fragments. Nat Protoc. 2012. 7(8):1534-1550.

Ingolia NT, Ghaemmaghami S, Newman JR, Weissman JS. Genome-wide analysis in vivo of translation with nucleotide resolution using ribosome profiling. Science. 2009. 324(5924):218-223.

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Sawyer EB, Cortes T. Ribosome profiling enhances understanding of mycobacterial translation. Front Microbiol. 2022. 13:976550.

Xiang Y, Huang W, Tan L, Chen T, He Y, Irving PS, Weeks KM, Zhang QC, Dong X. Pervasive downstream RNA hairpins dynamically dictate start-codon selection. Nature. 2023. 621(7978):423-430.

Xu G, Greene GH, Yoo H, Liu L, Marqués J, Motley J, Dong X. Global translational reprogramming is a fundamental layer of immune regulation in plants. Nature. 2017. 545(7655):487-490.


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