Rubicon血漿游離DNA檢測試劑盒ThruPLEX Plasma-seq Kit

Rubicon Genomics成立于2000年，總部位于美國密歇根州,。該公司的核心競爭力產(chǎn)品包括酶學(xué),、核酸化學(xué)、樣品的加工生產(chǎn),，該公司致力于創(chuàng)新,、知識(shí)產(chǎn)權(quán)的發(fā)展和持續(xù)的產(chǎn)品開發(fā)。

Rubicon Genomics開發(fā)創(chuàng)新,、高品質(zhì)的,、核酸文庫的制備及配套產(chǎn)品,，ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit能夠?qū)εR床樣本進(jìn)行簡單,、快速可靠和高靈敏度的分析。

RB4490 血漿游離DNA檢測試劑盒產(chǎn)品說明：

ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit基于ThruPLEX技術(shù),，并用于血漿來源cfDNA高品質(zhì)NGS文庫構(gòu)建,。Rubicon血漿游離DNA檢測試劑盒ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit屬于胎兒染色體非整倍體檢測試劑盒，含有靶向基因檢測試劑,，該試劑專門針對(duì)cfDNA進(jìn)行優(yōu)化,，在保持樣本GC代表性的基礎(chǔ)上，提升了文庫的信息容量。文庫構(gòu)建后可用于CNV分析,、全基因組測序分析或是采用一些panel針對(duì)目標(biāo)區(qū)域進(jìn)行捕獲富集后的DNA分析,如Agilent SureSelect® and Roche NimbleGen SeqCap® EZ,。ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit應(yīng)用于無創(chuàng)產(chǎn)前基因檢測、腫瘤無創(chuàng)檢測,、cfDNA血漿游離DNA檢測 ,。

血漿樣品采用ThruPLEX Plasma-seq試劑盒制備文庫，能有更好的靈敏度,、更準(zhǔn)確的基因變異分析結(jié)果,。與其它液態(tài)活檢的樣品一樣，血漿由于其易獲得,、價(jià)值高的特點(diǎn),，深受研究腫瘤學(xué)或者孕婦血漿中胎兒游離DNA科研工作者的重視。

ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit可與以雜交為基礎(chǔ)的靶序列富集系統(tǒng)組合使用,。

1個(gè)反應(yīng)管,、2小時(shí)、3步反應(yīng)的簡單操作（其中手動(dòng)操作只需要15分鐘）,，無中間純化步驟,，無樣品轉(zhuǎn)移是必要的，從而防止處理錯(cuò)誤和有價(jià)值樣品的損失,。

RB4490 血漿游離DNA檢測試劑盒應(yīng)用：

• 胎兒染色體非整倍體檢
• 無創(chuàng)產(chǎn)前基因檢測
• 腫瘤無創(chuàng)檢測
• cfDNA血漿游離DNA檢測

RB4490 血漿游離DNA檢測試劑盒訂購信息

品牌     Code No.  Takara No. 包裝量    產(chǎn)品名稱

Rubicon R400490     RB4490 12 Rxns  ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit

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提供產(chǎn)品：華雅干細(xì)胞致力于為中國干細(xì)胞領(lǐng)域的干細(xì)胞科學(xué)研究,、臍帶血/造血干細(xì)胞/臍帶/脂肪/胎盤干細(xì)胞庫、干細(xì)胞臨床轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué),、干細(xì)胞美容及干細(xì)胞抗衰老,、免疫細(xì)胞治療、T細(xì)胞治療,、臨床干細(xì)胞治療等再生醫(yī)學(xué)和個(gè)體化治療產(chǎn)業(yè)鏈的相關(guān)客戶提供：MSC間充質(zhì)干細(xì)胞培養(yǎng)基,、iPS/ES胚胎干細(xì)胞培養(yǎng)基、血清替代物,、羊水培養(yǎng)基,、基底膜基質(zhì)膠細(xì)胞支架、干細(xì)胞生長分化調(diào)控因子,、BioMarker 流式檢測抗體,、支原體檢測試劑盒、內(nèi)毒素檢測試劑盒,、干細(xì)胞存儲(chǔ)細(xì)胞凍存袋,、細(xì)胞培養(yǎng)瓶、USP級(jí)DMSO二甲基亞砜細(xì)胞凍存液,、細(xì)胞培養(yǎng)相關(guān)試劑耗材儀器等種類豐富的產(chǎn)品,，以“Focus on improving the quality of Stem Cells專注干細(xì)胞研究,，提升干細(xì)胞品質(zhì)”為己任，我們與客戶攜手為中國干細(xì)胞產(chǎn)業(yè)的發(fā)展而前行,。

RB4490 血漿游離DNA檢測試劑盒產(chǎn)品組成

• 模板準(zhǔn)備緩沖液（紅色）
• 模板準(zhǔn)備酶（紅色）
• 文庫合成緩沖液（黃色）
• 文庫合成酶（黃色）
• 文庫擴(kuò)增緩沖液（綠色）
• 文庫擴(kuò)增酶（綠色）
• 無核酸酶水
• 索引試劑（藍(lán)色）
• 使用方法

RB4490 血漿游離DNA檢測試劑盒原理

ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit基于Rubicon Genomics的ThruPLEX技術(shù),，含有靶向基因檢測試劑。與其它基于Y型適配器連接的NGS圖書館準(zhǔn)備工具不同,，ThruPLEX使用莖環(huán)適配器在快速高效的工作流程中構(gòu)建高質(zhì)量的庫,。在*步，模板制備時(shí),，修復(fù)無細(xì)胞DNA（cfDNA）并產(chǎn)生具有鈍端的分子,。在下一步中，具有封閉的5'端的銜接子以高效率連接到cfDNA的5'末端,，留下切口目標(biāo)片段的3'末端,。適配器不具有單鏈突出端并被阻止相互結(jié)合，這兩者都有助于與許多其他NGS發(fā)現(xiàn)的非特異性背景準(zhǔn)備工作,。在zui后一步中,，擴(kuò)增cfDNA的3'末端以完成文庫合成和光合作用索引通過高保真放大增加。任何剩余的免費(fèi)適配器被銷毀,。ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit通過使用單管協(xié)議并消除實(shí)際操作時(shí)間和污染風(fēng)險(xiǎn)zui小化,。

Rubicon血漿游離DNA檢測試劑盒ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit屬于胎兒染色體非整倍體檢測試劑盒，含有靶向基因檢測試劑,，適用于無創(chuàng)產(chǎn)前基因檢測,、腫瘤無創(chuàng)檢測、cfDNA血漿游離DNA檢測,。

RB4490 血漿游離DNA檢測試劑盒工作流程：

• 模板準(zhǔn)備有效修復(fù)輸入的無細(xì)胞DNA,；
• 用于連接Rubicon Genomics的莖環(huán)適配器的文庫合成；
• 用于擴(kuò)展模板的庫擴(kuò)增,，莖環(huán)接頭的切割以及放大文庫,，還使用高保真度引入與Illumina兼容的索引，低偏差DNA聚合酶,。  

圖1. ThruPLEX^® 技術(shù)概要,。

（*圖片來源于Takara Bio USA,Inc.）

ThruPLEX Plasma-seq Kit技術(shù)3步反應(yīng)即可完成針對(duì)cell free DNA的建庫工作。1~30 ng含量的cf DNA首先高效的進(jìn)行末端修復(fù),。通過采用莖環(huán)形接頭（無單鏈尾巴）進(jìn)行高效平端連接,，降低了背景。封閉的5’端阻止了接頭-接頭二聚體形成,。隨后未使用的接頭被降解,，進(jìn)一步降低背景,。高保真度擴(kuò)增的方式完成以上反應(yīng),，并獲得含有illumina index的文庫,。

圖2. 高cfDNA文庫多樣性、更少的Unmapped Reads,。ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit構(gòu)建的文庫,，具有高的多樣性和低的duplicates和unmapped reads。

（*圖片來源于Takara Bio USA,Inc.）

圖中針對(duì)0.1ng,、1ng,、30ng的cell-free DNA，使用ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit,、A公司試劑盒和C公司試劑盒制備文庫,，文庫定量采用Qubit熒光定量。Bioanalyzer測定mononucleosomal DNA在各樣品的量分別為0.09 ng,、0.62 ng,、15.44 ng。Pooled libraries采用illumina NextSeq 500 paired end模式測序,，每個(gè)樣品得到約17-25 M read(PE),。每個(gè)文庫在down-sampling數(shù)據(jù)至17 M reads以后，計(jì)算Duplication rates,。重復(fù)read比例以每個(gè)樣品17M計(jì)算,。

ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit與其他公司試劑盒相比，針對(duì)不同input量,，使用本試劑盒制備的文庫相比其他公司試劑盒制備的文庫,，本試劑盒制備的文庫的多樣性（左圖）是zui高的，重復(fù)read的比例（中間圖）,、unmapped read的比例（右圖）較其他公司低,。通過使用本試劑盒，input量很低時(shí)也可制備得到高品質(zhì)的文庫,。在無創(chuàng)產(chǎn)前基因檢測,、腫瘤無創(chuàng)檢測、cfDNA血漿游離DNA檢測等領(lǐng)域ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit優(yōu)于其他產(chǎn)品,，深受胎兒染色體非整倍體檢測和腫瘤學(xué)科研工作者的重視,。

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提供產(chǎn)品：華雅干細(xì)胞致力于為中國干細(xì)胞領(lǐng)域的干細(xì)胞科學(xué)研究、臍帶血/造血干細(xì)胞/臍帶/脂肪/胎盤干細(xì)胞庫,、干細(xì)胞臨床轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué),、干細(xì)胞美容及干細(xì)胞抗衰老、免疫細(xì)胞治療,、T細(xì)胞治療,、臨床干細(xì)胞治療等再生醫(yī)學(xué)和個(gè)體化治療產(chǎn)業(yè)鏈的相關(guān)客戶提供：MSC間充質(zhì)干細(xì)胞培養(yǎng)基、iPS/ES胚胎干細(xì)胞培養(yǎng)基,、血清替代物,、羊水培養(yǎng)基,、基底膜基質(zhì)膠細(xì)胞支架、干細(xì)胞生長分化調(diào)控因子,、BioMarker 流式檢測抗體,、支原體檢測試劑盒、內(nèi)毒素檢測試劑盒,、干細(xì)胞存儲(chǔ)細(xì)胞凍存袋,、細(xì)胞培養(yǎng)瓶、USP級(jí)DMSO二甲基亞砜細(xì)胞凍存液,、細(xì)胞培養(yǎng)相關(guān)試劑耗材儀器等種類豐富的產(chǎn)品,，以“Focus on improving the quality of Stem Cells專注干細(xì)胞研究，提升干細(xì)胞品質(zhì)”為己任,，我們與客戶攜手為中國干細(xì)胞產(chǎn)業(yè)的發(fā)展而前行,。

圖3. 優(yōu)異的靶向測序文庫構(gòu)建能力。

（*圖片來源于Takara Bio USA,Inc.）

圖中所示ThruPLEX Plasma-seq Kit構(gòu)建的文庫通過panel進(jìn)行高效捕獲,，對(duì)kinome進(jìn)行深度測序分析以檢測突變,。分別以5 ng、6.5 ng,、10 ng 3個(gè)血漿樣品為起始建庫量,，三次重復(fù)。目標(biāo)區(qū)域經(jīng)SureSelectXT2的ClearSeq Human DNA Kinome Panel進(jìn)行捕獲,，并用Illumina Miseq平臺(tái)進(jìn)行測序,，每個(gè)文庫約獲得5 M reads，目標(biāo)堿基被成功捕獲分析,。在30x覆蓋度時(shí),，平均77%的堿基被覆蓋。 

圖4. 高重復(fù)性的,、無偏倚的GC覆蓋度,。

（*圖片來源于Takara Bio USA,Inc.）

針對(duì)人類基因組，ThruPLEX Plasma-seq Kit表現(xiàn)出高再現(xiàn)性,、低偏倚GC覆蓋度NGS文庫構(gòu)建能力,。9次獨(dú)立的血漿樣品文庫構(gòu)建的實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明，ThruPLEX重復(fù)性高于其它產(chǎn)品,。文庫的制備是利用的1 mL血漿來源cfDNA,，后續(xù)采用illumina NextSeq 500進(jìn)行測序。作為對(duì)比,，NEBNext Ultra構(gòu)建了4份獨(dú)立血漿樣品的文庫,。

圖5. Karolinska協(xié)會(huì)和CRUK測試的結(jié)果。

（*以上數(shù)據(jù)來源于Karolinska 協(xié)會(huì),，瑞典）

5 ng游離cf DNA采用ThruPLEX Plasma seq Kit進(jìn)行illumina文庫構(gòu)建,。結(jié)果表明利用Hiseq平臺(tái)進(jìn)行的Low-pass WGS,每個(gè)文庫能獲得接近12.5 M reads,。深受無創(chuàng)產(chǎn)前基因檢測、腫瘤無創(chuàng)檢測,、cfDNA血漿游離DNA檢測科研工作者的重視。 

ThruPLEX® Plasma-seq Kit 胎兒染色體非整倍體檢測試劑盒

• 專為cfDNA設(shè)計(jì)：經(jīng)過優(yōu)化的修復(fù)及連接試劑
• 高品質(zhì)NGS文庫：在寬廣的GC含量范圍內(nèi),，可以達(dá)到高檢測再現(xiàn)性
• 起始量范圍廣：＜1 ng到30 ng cfDNA量
• 快速簡便：無需純化或樣品轉(zhuǎn)移的單管,、2小時(shí)、3步操作步驟
• 應(yīng)用領(lǐng)域：液態(tài)活檢,、ctDNA,、目標(biāo)區(qū)域測序等領(lǐng)域文庫構(gòu)建
• 兼容自動(dòng)化平臺(tái)：Beckman® FXP Workstation
• Rubicon RB4490/R400490 ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit 血漿游離DNA測序試劑盒應(yīng)用于：胎兒染色體非整倍體檢測試劑盒、無創(chuàng)產(chǎn)前基因檢測,、腫瘤無創(chuàng)檢測,、cfDNA血漿游離DNA檢測 、靶向基因檢測試劑,。

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