作為 WB 的新手或老手,,可能已經對 WB 實驗要點了然于胸,,例如,,需使用新鮮樣本,,根據(jù)蛋白分子量選擇合適孔徑的轉印膜,,根據(jù)抗體選擇適當?shù)南♂屢海鶕?jù) ECL 液靈敏度調整二抗稀釋度等等,。
但是,,作為細節(jié)決定成敗的實驗,仍有幾個極易被忽視的細節(jié)和問題,。
Q1:什么是 WB 陽性對照,?β-actin 難道不是陽性對照嗎?
Q2:用什么裂解液裂解樣本,?
Q3:WB 需要超聲嗎,?
Q4:對于磷酸化蛋白,封閉需要用 BSA 嗎,?
1)究竟什么是 WB 實驗的陽性對照,?為什么要設立陽性對照?
陽性對照(Positive Control)是已知或*有目的蛋白表達的樣本,。當對一個靶標并無檢測經驗時,,在實驗初期,,強烈建議增加陽性對照幫助排查一系列問題,例如,,待測樣本中該靶標的表達量,、操作步驟、抗體表現(xiàn)等,。
而內參蛋白如 β-actin, GAPDH 等,,一般在樣本中高表達,作為管家蛋白而用來對比不同樣本間的上樣量 (Loading Control),,并非目的蛋白的陽性對照,。
與陽性對照相對應的,還有陰性對照,,即不表達靶標蛋白的樣本,。如圖 1 所示,利用使用抑制劑或生長因子處理,,制備針對 p-AKT(Ser473) 的陰性或陽性對照,。
圖 1:使用 Phospho-Akt (Ser473) (D9E) XP® Rabbit mAb #4060(上)或 Akt (pan) (C67E7) Rabbit mAb #4691(下),對未經處理或經 LY294002/Wortmannin 處理的 PC-3 細胞,、經血清饑餓或 PDGF 處理的 NIH/3T3 細胞提取物進行蛋白質印跡分析,。
如何選擇陽性對照?
a. 總蛋白的陽性對照
選用明確表達該蛋白的細胞或組織樣本,;可參考說明書示例圖或數(shù)據(jù)庫,。如下圖所示,Saos-2 細胞高表達 RUNX2,,適宜作為陽性對照樣本,,而 LNCaP 細胞不表達該靶標。
圖 2:使用 RUNX2 (D1L7F) Rabbit mAb #12556 和 β-Actin (D6A8) Rabbit mAb #8457,, 對 Saos-2 和 LNCaP 細胞的提取物進行蛋白質印跡分析,。
b. 翻譯后修飾蛋白的陽性對照
并非所有的細胞都有基礎的翻譯后修飾水平(如磷酸化)的表達,。如圖 3 所示,,不同的細胞 p-AKT(Ser473) 的基礎水平差別非常大。有些靶標需要合適的刺激條件(包括誘導因子,、劑量和時間窗)使蛋白獲得修飾,。您可查看說明書、陽性對照處理表,,或者通過廣泛閱讀文獻,,了解處理方式,并結合預實驗摸索條件,。
圖 3:使用 Phospho-Akt (Ser473) (D9E) XP® Rabbit mAb 檢測不同樣本中靶標的表達,。
2)裂解樣本用什么裂解液,?
選擇裂解液的考慮因素為樣本種類:細胞,組織還是分離出的細胞組分,。
對于全細胞裂解,,建議使用 Cell Lysis Buffer(#9803)、RIPA 緩沖液(#9806)或 SDS 上樣緩沖液 (#7722),。Cell Lysis Buffer 由于不含會使蛋白變性的強力去垢劑,,僅含 1%Triton,使其可在多種實驗中被使用(如 WB,、IP),。RIPA 緩沖液含有 NP40 和脫氧膽酸鈉,變性能力更強,,可以裂解細胞或者組織,。SDS 上樣緩沖液也可以裂解細胞樣本,但會干擾后續(xù)的 BCA 測定,。
使用裂解液裂解時,,需提前加入蛋白酶抑制劑或磷酸酶抑制劑,以抑制內源性蛋白酶對細胞蛋白的降解和磷酸酶的去磷酸化作用,。閱讀裂解液說明書,,來明確是否需要額外添加蛋白酶抑制劑(PMSF #8553 或 Protease Inhibitor Cocktail #5871)或者磷酸酶抑制劑(Phosphatase Inhibitor Cocktail #5870)。對于 Cell Lysis Buffer(#9803),、RIPA 緩沖液(#9806),,僅需補充 PMSF 即可。
對于細胞組分分離,,則可以通過組分分離試劑盒完成,。Cell Fractionation Kit #9038 可方便快速的分離細胞組分用于下游分析,通過移液和離心的方式,,分步獲得細胞組分(圖 4),。
圖 4:使用 Cell Fractionation Kit #9038,對 HeLa 細胞的細胞組分進行蛋白質印跡分析,,結果表明蛋白在細胞漿,、細胞器/膜以及胞核/細胞骨架的定位。全細胞裂解物 (WCL) 表示總蛋白,。細胞漿蛋白 (Cyto) 使用 CIB 緩沖液進行分離,。膜和細胞器蛋白 (Mem) 使用 MIB 緩沖液進行分離。胞核和細胞骨架蛋白 (Nuc) 使用 CyNIB 緩沖液分離,。
3)裂解后是否需要超聲,?
樣本裂解后,建議進行超聲。超聲可以破壞膜結構,,斷裂 DNA,,降低樣本的粘稠度,讓樣本更加均質化,,增加蛋白的溶解,,提高實驗結果的一致性。對于核蛋白或者膜相關蛋白,,超聲步驟尤為重要 (圖 5),。
超聲步驟為冰上 3 次 5 秒的超聲(50% 輸出功率),控制超聲探頭位置,,避免產生氣泡,。如沒有超聲儀,可用 1 mL 注射器針頭,,冰上反復抽打裂解液 5~10 次,,達到類似于超聲的效果。
圖 5:使用 Phospho-Histone H3 (Ser10) Antibody#9701 對超聲或者未經超聲處理的細胞裂解液進行檢測
4)封閉:BSA 還是奶粉,?
封閉的目的是減少由一抗或二抗的非特異性結合引起的背景,。BSA 僅含有一種蛋白質,分子量為 60KD,。而奶粉則含有多種蛋白質,,所以封閉作用更佳(圖 6)。
有文章指出奶粉中的磷酸酶可影響磷酸化信號,,那磷酸化蛋白還能用牛奶嗎,?我們的回答:是的。二十余年的磷酸化蛋白抗體研發(fā)經驗告訴我們,,新鮮配置的牛奶不會對磷酸化信號產生任何影響,,但隨著牛奶儲存時間的延長(即便在 4 ℃),就可能使磷酸化信號下降,。且牛奶封閉更加全面,,使得磷酸化靶標識別特異性更佳。
圖 6:使用 Phospho-Akt (Thr308) (D25E6) XP® Rabbit mAb #13038,,檢測經 PDGF 處理的 3T3 細胞樣本,,BSA 封閉的結果中可見背景和雜帶,而牛奶封閉的結果背景更干凈,,信號強且清晰,。
封閉時使用 5% 脫脂奶粉-TBST,,搖床上室溫封閉 1 h,。如后續(xù)使用熒光發(fā)光法,則封閉時不可含有 Tween® 20。二抗孵育時,,也推薦用 5% 脫脂奶粉-TBST 稀釋二抗,,降低背景。注意,,需使用實驗級脫脂奶粉(Nonfat Dry Milk #9999),,食品級奶粉不可用于實驗。
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