手機版
化工儀器網(wǎng)手機版
化工儀器網(wǎng)小程序
官方微信
公眾號：chem17
掃碼關(guān)注視頻號
【應(yīng)用文章下載】SNP基因分型高通量檢測方法新思路Molecular Devices
| ? | |||
| SNP基因分型高通量檢測方法新思路 | |||
| 單核苷酸多態(tài)性（single nucleotide polymorphism,，SNP），主要指在基因組水平上由單個核苷酸的變異所引起的DNA序列多態(tài)性。它是人類可遺傳的變異中zui常見的一種,，占所有已知多態(tài)性的90%以上,。SNP在人類基因組中廣泛存在,，平均每500～1000個堿基對中就有1個,，估計其總數(shù)可達300萬個甚至更多。單核苷酸多態(tài)性是基因組上單個核苷酸的變異,，包括置換,、顛換、缺失和插入,。 近年來,，單核苷酸多態(tài)性研究備受關(guān)注。由于個體間核苷酸序列存在很大差異,，SNP的數(shù)量幾乎是無限的,，且每個SNP可能是潛在的有用標(biāo)記。SNP標(biāo)記的潛力已在人類基因分型中得到很好的展示,。雖然此技術(shù)廣泛應(yīng)用于人類和動物基因組分析,，但在植物上仍處于起步階段，目前在水稻,、玉米、大豆等作物研究中應(yīng)用較多,。研究表明,，作物基因組序列均含有豐富的SNP，對其進行SNP研究,，有利于揭示作物生長發(fā)育規(guī)律,，而新的檢測技術(shù)也促進了以SNP 為核心的高通量基因分型技術(shù)的發(fā)展,，極大地推動了農(nóng)作物在遺傳、種質(zhì)鑒定和功能基因的克隆與鑒定,、分子育種等方面的研究,。 隨著SNP研究的日益增多，相關(guān)的檢測技術(shù)也層出不窮,，競爭性等位基因特異性PCR（Kompetitive Allele Specific PCR,，KASP）便是其中之一，可在廣泛的基因組DNA 樣品中（甚至是一些復(fù)雜基因組的DNA 樣品）,，對SNP和特定位點上的插入,、缺失進行的雙等位基因判斷，此方法利用2個熒光探針,、2個通用淬滅探針,，再加多個位點特異探針來檢則多個SNP位點，原理上類似Taqman檢測,，也是基于終端熒光讀取判斷,，每孔采用雙色熒光檢測一個樣本的一個位點可能的兩種基因型，但與Taqman技術(shù)不同的是,，它不需要每個SNP位點都去合成特異的熒光引物,，基于自己*的ARM PCR原理，讓所有的位點檢測zui終都使用通用熒光引物擴增,，大大降低了KASP的試劑成本,，比Taqman具有更好的位點適應(yīng)性，所以在醫(yī)學(xué),、農(nóng)學(xué)檢測方面都有非常好的應(yīng)用,。 KASP方法的樣品一般可放于多孔板中如96孔板，非常適合在具有熒光檢測功能的酶標(biāo)儀上進行熒光信號的讀取,，以下便是在SpectraMax i3x和SpectraMax M5e酶標(biāo)儀中讀取KASP樣品產(chǎn)生的熒光信號后所繪制的散點圖： | |||
|
| |||
| 上左圖：FAM,、HEX和兩者的混合物的相對熒光強度與ROX進行標(biāo)準(zhǔn)化且標(biāo)準(zhǔn)化值在SoftMax Pro軟件中繪制散點圖。如圖所示,，得到了三個不同的集群,。 上右圖：ROX標(biāo)準(zhǔn)化的DNA擴增樣品熒光在SoftMax Pro軟件中繪制散點圖。三個顯著的集群被檢測出來,。FAM純合子位置靠近X軸,，而HEX純合子則位置靠近Y軸，包含F(xiàn)AM和HEX的雜合樣品所形成的的集群在兩個純合子集群之間,。無模板對照形成的集群靠近坐標(biāo)0點位置,。所得數(shù)據(jù)與供應(yīng)商驗證試劑盒基因分型結(jié)果高度一致。 |
| ||
| 下載SNP檢測技術(shù)手冊請點擊 | |||
| 歡迎關(guān)注
| |||
相關(guān)產(chǎn)品
免責(zé)聲明
- 凡本網(wǎng)注明“來源：化工儀器網(wǎng)”的所有作品,，均為浙江興旺寶明通網(wǎng)絡(luò)有限公司-化工儀器網(wǎng)合法擁有版權(quán)或有權(quán)使用的作品,，未經(jīng)本網(wǎng)授權(quán)不得轉(zhuǎn)載,、摘編或利用其它方式使用上述作品。已經(jīng)本網(wǎng)授權(quán)使用作品的,，應(yīng)在授權(quán)范圍內(nèi)使用,，并注明“來源：化工儀器網(wǎng)”。違反上述聲明者,，本網(wǎng)將追究其相關(guān)法律責(zé)任,。
- 本網(wǎng)轉(zhuǎn)載并注明自其他來源（非化工儀器網(wǎng)）的作品，目的在于傳遞更多信息,，并不代表本網(wǎng)贊同其觀點和對其真實性負(fù)責(zé),，不承擔(dān)此類作品侵權(quán)行為的直接責(zé)任及連帶責(zé)任。其他媒體,、網(wǎng)站或個人從本網(wǎng)轉(zhuǎn)載時,，必須保留本網(wǎng)注明的作品第一來源，并自負(fù)版權(quán)等法律責(zé)任,。
- 如涉及作品內(nèi)容,、版權(quán)等問題，請在作品發(fā)表之日起一周內(nèi)與本網(wǎng)聯(lián)系,，否則視為放棄相關(guān)權(quán)利,。
采購中心