蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)怎么識(shí)別？從序列到結(jié)構(gòu)的全流程詳解檢測(cè)技術(shù)服務(wù)詳情介紹

dànbáizhì是細(xì)胞功能的核心執(zhí)行者,，而其結(jié)構(gòu)正是功能實(shí)現(xiàn)的基礎(chǔ),。了解dànbáizhì的三維結(jié)構(gòu)不僅有助于揭示其分子機(jī)制，更是靶點(diǎn)發(fā)現(xiàn),、藥物篩選及疾病機(jī)制研究的重要前提,。隨著生物信息學(xué)和結(jié)構(gòu)生物學(xué)的迅猛發(fā)展，從氨基酸序列出發(fā)預(yù)測(cè)和識(shí)別dànbáizhì結(jié)構(gòu)，已成為分子生命科學(xué)研究中bùkěhuòquē的一環(huán),。本文將梳理dànbáizhì結(jié)構(gòu)識(shí)別的全流程,，從序列解析、結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)到實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證,，幫助科研人員建立系統(tǒng)理解,。

一、結(jié)構(gòu)識(shí)別的基礎(chǔ)：dànbáizhì序列的獲取與分析

dànbáizhì結(jié)構(gòu)識(shí)別的前提是準(zhǔn)確獲取其一級(jí)結(jié)構(gòu)——即氨基酸序列,。常見(jiàn)數(shù)據(jù)來(lái)源包括轉(zhuǎn)錄組測(cè)序翻譯預(yù)測(cè)結(jié)果,、質(zhì)譜蛋白鑒定信息，以及公共數(shù)據(jù)庫(kù)注釋,。

※ 序列特征分析

在進(jìn)入結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)之前,，科研人員通常需對(duì)dànbáizhì序列進(jìn)行功能域注釋、保守區(qū)域識(shí)別,、疏水性/親水性評(píng)估等分析,。這些信息有助于指導(dǎo)后續(xù)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)策略的選擇，并可初步判斷其可折疊性與構(gòu)象穩(wěn)定性,。

二,、二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)：探索局部空間構(gòu)象

dànbáizhì二級(jí)結(jié)構(gòu)由穩(wěn)定的局部構(gòu)象單元組成，主要包括α-螺旋,、β-折疊和無(wú)規(guī)則卷曲,。通過(guò)分析氫鍵形成規(guī)律與氨基酸排列特性，現(xiàn)代算法可實(shí)現(xiàn)二級(jí)結(jié)構(gòu)的高精度預(yù)測(cè),，為后續(xù)建模提供構(gòu)架支撐,。

※ 主流策略

• 基于序列窗滑動(dòng)的打分矩陣方法

• 基于演化信息的多序列比對(duì)建模

• 深度學(xué)習(xí)模型的端到端預(yù)測(cè)

這些方法通過(guò)對(duì)海量已知結(jié)構(gòu)樣本的學(xué)習(xí)，構(gòu)建氨基酸序列與結(jié)構(gòu)單元之間的映射關(guān)系,，進(jìn)而預(yù)測(cè)未知蛋白的局部構(gòu)象。

三,、三維結(jié)構(gòu)建模：從序列到空間結(jié)構(gòu)

dànbáizhì三級(jí)結(jié)構(gòu)體現(xiàn)其完整三維構(gòu)象,，是結(jié)構(gòu)識(shí)別的核心環(huán)節(jié)。常用建模策略可分為以下幾類(lèi)：

1,、同源建模（Homology Modeling）

若目標(biāo)蛋白與已知結(jié)構(gòu)的同源蛋白序列相似性較高,，可采用模板比對(duì)方式，通過(guò)構(gòu)建骨架并逐步優(yōu)化側(cè)鏈,，快速生成結(jié)構(gòu)模型,。此方法計(jì)算效率高、準(zhǔn)確性較強(qiáng),，是結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的shǒuxuǎn路徑,。

2、片段組裝與折疊模擬

對(duì)于缺乏高相似性模板的dànbáizhì，可采用片段重建法或從頭預(yù)測(cè)（ab initio）,，在構(gòu)象空間中搜索zuì低自由能構(gòu)象,。這一策略要求更高的計(jì)算資源，但在新蛋白研究中具有bùkětìdài的意義,。

3,、多模態(tài)建模

結(jié)合多個(gè)模板、序列保守性,、二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)結(jié)果與物理能量函數(shù),，構(gòu)建更精細(xì)的多模態(tài)混合模型，以提升建模精度與可靠性,。

四,、結(jié)構(gòu)模型評(píng)估與優(yōu)化

即使建模成功，所得結(jié)構(gòu)仍需嚴(yán)格評(píng)估,。主要驗(yàn)證指標(biāo)包括：

• RMSD（均方根偏差）：衡量模型與參考結(jié)構(gòu)之間的一致性

• Ramachandran圖分布：評(píng)估二面角合理性

• 能量函數(shù)打分：判定構(gòu)象穩(wěn)定性

必要時(shí)可進(jìn)一步通過(guò)能量zuì小化,、側(cè)鏈旋轉(zhuǎn)調(diào)整、疏水表面重構(gòu)等方法優(yōu)化結(jié)構(gòu),，提升其生物學(xué)相關(guān)性,。

五、實(shí)驗(yàn)輔助驗(yàn)證：提升結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)可信度

雖然計(jì)算建模為結(jié)構(gòu)識(shí)別提供了高效路徑,，但實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證仍是bùkěhuòquē的一環(huán),。

1、交聯(lián)質(zhì)譜（Crosslinking-MS）

通過(guò)引入交聯(lián)劑并結(jié)合質(zhì)譜分析,，可獲取dànbáizhì中殘基之間的距離信息,，驗(yàn)證或修正模型中的空間排布。

2,、氫氘交換質(zhì)譜（HDX-MS）

該方法可反映dànbáizhì的溶劑可及性與動(dòng)態(tài)變化,，揭示不同區(qū)域的柔性與結(jié)構(gòu)穩(wěn)定性。

3,、小角X射線散射（SAXS）

通過(guò)溶液中蛋白的散射圖譜獲取其整體形狀信息,，適用于大分子復(fù)合物的結(jié)構(gòu)驗(yàn)證。

六,、未來(lái)趨勢(shì)：從單體結(jié)構(gòu)到結(jié)構(gòu)組學(xué)

隨著人工智能的深度介入與高通量數(shù)據(jù)平臺(tái)的發(fā)展,，dànbáizhì結(jié)構(gòu)識(shí)別正加速?gòu)膯蔚鞍最A(yù)測(cè)向系統(tǒng)級(jí)“結(jié)構(gòu)組學(xué)"演進(jìn)。研究人員可在細(xì)胞或組織層面構(gòu)建dànbáizhì三維構(gòu)象圖譜,，揭示其動(dòng)態(tài)互作網(wǎng)絡(luò)與功能調(diào)控機(jī)制,。結(jié)構(gòu)組學(xué)不僅拓寬了結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的應(yīng)用邊界，也正在為藥物研發(fā),、疾病標(biāo)志物發(fā)現(xiàn)等領(lǐng)域帶來(lái)qiánsuǒwèiyǒu的突破,。

dànbáizhì結(jié)構(gòu)識(shí)別是連接序列信息與功能研究的橋梁,，也是jīngzhǔn醫(yī)學(xué)、合成生物學(xué)和藥物設(shè)計(jì)的基石,。從序列出發(fā),，經(jīng)過(guò)預(yù)測(cè)建模、驗(yàn)證優(yōu)化,，科研人員可逐步構(gòu)建起蛋白的結(jié)構(gòu)圖譜,，為后續(xù)研究提供堅(jiān)實(shí)基礎(chǔ)。百泰派克生物科技提供從序列注釋,、結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè),、實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證到數(shù)據(jù)整合的全流程服務(wù)，助力客戶jīngzhǔn解析蛋白結(jié)構(gòu),，加速科研成果產(chǎn)出,。

百泰派克生物科技特色項(xiàng)目

一、蛋白測(cè)序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀及島津公司埃德曼降解測(cè)序系統(tǒng)對(duì)dànbáizhì序列進(jìn)行分析,，提供基于質(zhì)譜的蛋白測(cè)序分析服務(wù),，包括對(duì)dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù,，Cduāncèxù和全序列分析,，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務(wù)。對(duì)于未知理論序列的dànbáizhì,，提供基于從頭測(cè)序法的dànbáizhì從頭測(cè)序服務(wù),，對(duì)蛋白序列進(jìn)行分析。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1.采用目前世界上先進(jìn)的質(zhì)譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實(shí)現(xiàn)對(duì)所測(cè)定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測(cè)定蛋白N端多達(dá) 70個(gè)氨基酸序列;

4.可測(cè)定多種形式的樣品: 蛋白溶液,、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug,，即可完成檢測(cè);

6.測(cè)序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響,。

二,、dànbáizhì組學(xué)

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺(tái)結(jié)合Nano-LC，提供定量dànbáizhì組學(xué),、靶向dànbáizhì組學(xué),、多肽組學(xué)、翻譯后修飾蛋白組學(xué)等多種dànbáizhì組學(xué)分析服務(wù),。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學(xué)服務(wù),，助力微量樣本蛋白組學(xué),、大樣本群醫(yī)學(xué)及高通量修飾組學(xué)等研究工作。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1 .高通量定量蛋白分析:多對(duì)照組大規(guī)模實(shí)驗(yàn)分析,，發(fā)現(xiàn)新的生物標(biāo)記物;

2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標(biāo)記方法,，適用于分析組織,、細(xì)胞、血液等多種樣品;

3.質(zhì)譜分析靈敏度高,，實(shí)驗(yàn)結(jié)果重復(fù)度高;

4.可檢測(cè)較低豐度蛋白,，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學(xué)分析，分析更系統(tǒng)準(zhǔn)確,。

三,、單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質(zhì)譜流式系統(tǒng)進(jìn)行單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析，采用金屬元素標(biāo)記物（通常是金屬元素標(biāo)記的特異抗體）標(biāo)記細(xì)胞表面和內(nèi)部的分子,，然后用流式細(xì)胞原理分離單個(gè)細(xì)胞,，再用電感耦合等離子體質(zhì)譜（ICP-MS）分析單個(gè)細(xì)胞的原子質(zhì)量譜,，zuì后將原子質(zhì)量譜數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為細(xì)胞表面和內(nèi)部的信號(hào)分子表達(dá)量。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1.技術(shù)先進(jìn),，填補(bǔ)技術(shù)空白

采用金屬標(biāo)記抗體技術(shù)，避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問(wèn)題,?？稍趩渭?xì)胞層面上對(duì)多種指標(biāo)同時(shí)進(jìn)行表征，百泰派克生物科技可做到同時(shí)檢測(cè)51個(gè)目標(biāo)蛋白,。

2.分析數(shù)量大,，成本較低

單細(xì)胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細(xì)胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個(gè)左右,，而流式質(zhì)譜技術(shù)一次（單樣本）就可分析至少10^5的細(xì)胞,，實(shí)現(xiàn)了數(shù)量級(jí)的提高，且成本不高于單細(xì)胞RNAseq,。

3.應(yīng)用前景大

①流式質(zhì)譜結(jié)果可以給出細(xì)胞亞群的變化,，在臨床診斷、疾病機(jī)制研究等方面具有極大的研究前景,；

②將金屬標(biāo)簽技術(shù)與其他技術(shù)結(jié)合會(huì)有新應(yīng)用方向,。除常規(guī)蛋白外，質(zhì)譜流式細(xì)胞技術(shù)還可用于蛋白翻譯后修飾,；

③可檢測(cè)細(xì)胞存活率,、細(xì)胞大小、mRNA轉(zhuǎn)錄子表達(dá)量,、DNA合成速率以及蛋白酶活性等,。

四、基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專(zhuān)有的,、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案,。我們能夠幫助您實(shí)現(xiàn)10,000個(gè)以上I型多肽和10,000個(gè)以上II型多肽的鑒定和識(shí)別。通過(guò)我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學(xué)分析平臺(tái)進(jìn)行免疫肽組學(xué)分析,，可從zuì小的樣品材料中進(jìn)行可重復(fù)的識(shí)別和定量,。該服務(wù)可以應(yīng)用于大規(guī)模的研究,，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案,，深入挖掘未知的靶標(biāo),。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質(zhì)譜技術(shù),，MALDI TOF,，高效色譜分離技術(shù)，提供一系列完善的生物藥物分析方案,，從dànbáizhì,、多肽、抗體,、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級(jí)結(jié)構(gòu)分析,，到產(chǎn)品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質(zhì)生物藥物分析服務(wù),，幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質(zhì),。

百泰派克生物科技七大檢測(cè)平臺(tái)

百泰派克生物科技-生物制品表征,，生物質(zhì)譜多組學(xué)優(yōu)質(zhì)服務(wù)商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測(cè)和項(xiàng)目驗(yàn)證等zhuānyè服務(wù),。公司實(shí)驗(yàn)室遵循NMPA、ICH,、FDA和EMA等的法規(guī)和指導(dǎo)原則,，通過(guò)CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認(rèn)證，建立了完備的質(zhì)量體系,，數(shù)據(jù)冷熱/異地備份,，設(shè)備定期計(jì)量/期間核查，軟件審計(jì)追蹤,，為客戶提供一體化解決方案和技術(shù)服務(wù),，支持新藥研發(fā)、藥物申報(bào)注冊(cè)和生產(chǎn)放行,。

1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系,，zhuānyè提供以質(zhì)譜為基礎(chǔ)的CRO檢測(cè)分析服務(wù)；

2.獲國(guó)家CNAS實(shí)驗(yàn)室認(rèn)可,，為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務(wù),；

3.業(yè)務(wù)范圍覆蓋dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué),、代謝組學(xué),、生物藥物表征、單細(xì)胞分析,、單細(xì)胞質(zhì)譜流式,、生信云分析以及多組學(xué)生物質(zhì)譜整合分析等；

4.七大質(zhì)量控制檢測(cè)平臺(tái),，滿足您一站式服務(wù)需求,；

5.服務(wù)3000+企業(yè)，10000+客戶的選擇,；

6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務(wù)!

蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)怎么識(shí)別,？從序列到結(jié)構(gòu)的全流程詳解檢測(cè)技術(shù)服務(wù)詳情介紹