DIA與DDA有何不同,？一文看懂兩大蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)檢測(cè)技術(shù)服務(wù)詳情介紹

在dànbáizhì組學(xué)研究中，質(zhì)譜技術(shù)是揭示細(xì)胞內(nèi)dànbáizhì種類,、豐度變化和翻譯后修飾的核心工具,。特別是基于液相色譜-串聯(lián)質(zhì)譜（LC-MS/MS）的分析方法，已廣泛應(yīng)用于基礎(chǔ)研究,、臨床研究,、生物標(biāo)志物發(fā)現(xiàn)等多個(gè)領(lǐng)域。其中,，DDA（Data-Dependent Acquisition,，數(shù)據(jù)依賴采集）和DIA（Data-Independent Acquisition，數(shù)據(jù)非依賴采集）是目前zuì主流的兩種質(zhì)譜數(shù)據(jù)采集模式,。雖然它們?cè)诓僮髁鞒躺隙家訪C-MS/MS為基礎(chǔ),，但在數(shù)據(jù)獲取策略、信息覆蓋率,、定量精度及數(shù)據(jù)重現(xiàn)性等方面存在顯著差異,。

一、什么是DDA,？

DDA是一種“點(diǎn)對(duì)點(diǎn)"采集策略,。在LC-MS/MS分析過(guò)程中,，質(zhì)譜儀優(yōu)良行一次全掃描（MS1），檢測(cè)出所有可離子化的前體離子,，然后根據(jù)其強(qiáng)度從中選擇zuì強(qiáng)的若干個(gè)離子（通常為Top N）進(jìn)行碎裂（MS2）并采集其碎片信息,。這種選擇性碎裂的方式意味著質(zhì)譜儀的“注意力"主要集中在高豐度離子上，而低豐度離子往往會(huì)被忽略,。

??DDA的優(yōu)勢(shì)：

• 鑒定深度高：尤其適用于復(fù)雜樣本中的dànbáizhì鑒定,，能夠?qū)崿F(xiàn)對(duì)上千種dànbáizhì的高通量識(shí)別；

• 數(shù)據(jù)質(zhì)量清晰：由于每次僅碎裂少數(shù)離子,，MS2譜圖背景干擾較少,，便于人工或軟件識(shí)別。

??DDA的局限：

• 重復(fù)性差：由于MS2選擇具有隨機(jī)性,，不同實(shí)驗(yàn)中即使是同一樣本也可能選擇不同離子,，導(dǎo)致數(shù)據(jù)一致性較差；

• 對(duì)低豐度蛋白不友好：高豐度離子優(yōu)先被采集,，低豐度成分常常遺漏,，限制了其在定量分析中的表現(xiàn),；

• 數(shù)據(jù)缺失嚴(yán)重：在多組學(xué)數(shù)據(jù)分析中,，dànbáizhì/肽段缺失值較多，影響統(tǒng)計(jì)學(xué)分析的準(zhǔn)確性,。

二,、什么是DIA？

DIA是一種“面面俱到"的數(shù)據(jù)采集方式,，其基本思想是將整個(gè)m/z范圍分成若干窗口（如8~25Da）,，然后對(duì)每個(gè)窗口內(nèi)的所有前體離子同時(shí)碎裂并采集MS2數(shù)據(jù)。換句話說(shuō),，不再依賴于前體離子的強(qiáng)度篩選,，而是對(duì)樣本中所有可檢測(cè)的離子群體進(jìn)行無(wú)差別的全面掃描。

??DIA的優(yōu)勢(shì)：

• 數(shù)據(jù)重現(xiàn)性高：由于所有離子都被系統(tǒng)性采集,，不依賴于實(shí)時(shí)信號(hào)強(qiáng)度,，實(shí)驗(yàn)之間的一致性顯著提升；

• 低豐度蛋白識(shí)別能力強(qiáng)：即使是信號(hào)較弱的肽段,，也有可能進(jìn)入分析流程,；

• 適合大規(guī)模定量：特別適用于臨床研究和隊(duì)列樣本分析，能zuì大程度減少缺失值,；

• 支持回溯分析：只要構(gòu)建了合適的光譜庫(kù),，后期可以從原始數(shù)據(jù)中回溯檢測(cè)感興趣的目標(biāo)肽段或蛋白。

??DIA的挑戰(zhàn)：

• 數(shù)據(jù)復(fù)雜度高：由于多個(gè)前體同時(shí)碎裂,，MS2譜圖重疊嚴(yán)重,，解析難度大,；

• 對(duì)軟件依賴度高：需要優(yōu)良的算法（如Spectronaut、DIA-NN,、OpenSWATH）來(lái)實(shí)現(xiàn)高準(zhǔn)確率的鑒定與定量,；

• 光譜庫(kù)建設(shè)成本高：高質(zhì)量DIA分析通常依賴于預(yù)先構(gòu)建的DDA光譜庫(kù)，尤其在非模式物種或新研究體系中,，構(gòu)庫(kù)過(guò)程繁瑣,。

三、DIA與DDA的核心差異對(duì)比解析

從技術(shù)本質(zhì)來(lái)看,，DDA與DIA的核心差異在于：是否對(duì)前體離子進(jìn)行選擇性碎裂,。DDA基于實(shí)時(shí)信號(hào)強(qiáng)度進(jìn)行決策，是一種“有偏選擇",；而DIA則是不加選擇的全面掃描,，具有高度的系統(tǒng)性。

從數(shù)據(jù)獲取策略出發(fā),，兩者的典型表現(xiàn)如下：

• 信息覆蓋率：DIA > DDA,，DIA能更全面采集低豐度成分；

• 數(shù)據(jù)一致性：DIA優(yōu)于DDA,，適合大規(guī)模隊(duì)列研究,；

• 操作簡(jiǎn)便性：DDA較為成熟且對(duì)儀器參數(shù)依賴性小,；

• 定量準(zhǔn)確度：DIA具有更優(yōu)的線性范圍與動(dòng)態(tài)響應(yīng),；

• 數(shù)據(jù)處理需求：DIA需更高性能的計(jì)算平臺(tái)及zhuānyè分析軟件。

四,、適用場(chǎng)景的技術(shù)選擇建議

常見研究場(chǎng)景與推薦技術(shù)路徑：

?初步探索性研究或新物種蛋白組建庫(kù)：

建議優(yōu)先采用DDA,，其高質(zhì)量MS2譜圖便于構(gòu)建光譜庫(kù)，提升后續(xù)DIA分析效率,。

?臨床樣本隊(duì)列,、大規(guī)模差異蛋白定量：

推薦使用DIA，其高重復(fù)性和低缺失率非常適合統(tǒng)計(jì)學(xué)分析與生物標(biāo)志物篩選,。

?復(fù)雜蛋白互作網(wǎng)絡(luò)分析（如免疫沉淀質(zhì)譜）：

DDA由于特異性強(qiáng),、噪音低，更利于高置信度的肽段識(shí)別,，適用于蛋白互作研究,。

?定量驗(yàn)證與生物標(biāo)志物驗(yàn)證研究：

DIA結(jié)合PRM/MRM等驗(yàn)證方法，可實(shí)現(xiàn)從發(fā)現(xiàn)到驗(yàn)證的無(wú)縫銜接,。

無(wú)論是選擇DDA還是DIA,，核心在于明確研究目標(biāo)與資源條件，進(jìn)而合理規(guī)劃實(shí)驗(yàn)路徑,。DDA適用于光譜庫(kù)建設(shè)和高置信度初篩,，而DIA則更適合大樣本,、定量為主的深度研究。建議科研人員在實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)階段就充分評(píng)估樣本量,、目標(biāo)蛋白表達(dá)范圍和數(shù)據(jù)處理能力,，制定zuì匹配的質(zhì)譜策略。百泰派克生物科技專注于前沿蛋白組學(xué)與代謝組解決方案,，提供DIA定量dànbáizhì組學(xué)服務(wù),，助力每一項(xiàng)生命科學(xué)探索更進(jìn)一步。

百泰派克生物科技特色項(xiàng)目

一,、蛋白測(cè)序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀及島津公司埃德曼降解測(cè)序系統(tǒng)對(duì)dànbáizhì序列進(jìn)行分析,，提供基于質(zhì)譜的蛋白測(cè)序分析服務(wù)，包括對(duì)dànbáizhì的氨基酸組成分析,，Nduāncèxù,，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務(wù),。對(duì)于未知理論序列的dànbáizhì,，提供基于從頭測(cè)序法的dànbáizhì從頭測(cè)序服務(wù)，對(duì)蛋白序列進(jìn)行分析,。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1.采用目前世界上優(yōu)良的質(zhì)譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實(shí)現(xiàn)對(duì)所測(cè)定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測(cè)定蛋白N端多達(dá) 70個(gè)氨基酸序列;

4.可測(cè)定多種形式的樣品: 蛋白溶液,、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測(cè);

6.測(cè)序不受N端封閉,，PEC和和糖基化等N端修飾的影響,。

二、dànbáizhì組學(xué)

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺(tái)結(jié)合Nano-LC,，提供定量dànbáizhì組學(xué)、靶向dànbáizhì組學(xué),、多肽組學(xué),、翻譯后修飾蛋白組學(xué)等多種dànbáizhì組學(xué)分析服務(wù)。此外,，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學(xué)服務(wù),，助力微量樣本蛋白組學(xué)、大樣本群醫(yī)學(xué)及高通量修飾組學(xué)等研究工作,。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1 .高通量定量蛋白分析:多對(duì)照組大規(guī)模實(shí)驗(yàn)分析,，發(fā)現(xiàn)新的生物標(biāo)記物;

2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標(biāo)記方法，適用于分析組織,、細(xì)胞,、血液等多種樣品;

3.質(zhì)譜分析靈敏度高，實(shí)驗(yàn)結(jié)果重復(fù)度高;

4.可檢測(cè)較低豐度蛋白,，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學(xué)分析,，分析更系統(tǒng)準(zhǔn)確,。

三、單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質(zhì)譜流式系統(tǒng)進(jìn)行單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析,，采用金屬元素標(biāo)記物（通常是金屬元素標(biāo)記的特異抗體）標(biāo)記細(xì)胞表面和內(nèi)部的分子,，然后用流式細(xì)胞原理分離單個(gè)細(xì)胞，再用電感耦合等離子體質(zhì)譜（ICP-MS）分析單個(gè)細(xì)胞的原子質(zhì)量譜,，zuì后將原子質(zhì)量譜數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為細(xì)胞表面和內(nèi)部的信號(hào)分子表達(dá)量,。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1.技術(shù)優(yōu)良，*技術(shù)空白

采用金屬標(biāo)記抗體技術(shù),，避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問(wèn)題,。可在單細(xì)胞層面上對(duì)多種指標(biāo)同時(shí)進(jìn)行表征,，百泰派克生物科技可做到同時(shí)檢測(cè)51個(gè)目標(biāo)蛋白,。

2.分析數(shù)量大，成本較低

單細(xì)胞RNAseq受成本等因素限制,，所有樣本細(xì)胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個(gè)左右,，而流式質(zhì)譜技術(shù)一次（單樣本）就可分析至少10^5的細(xì)胞，實(shí)現(xiàn)了數(shù)量級(jí)的提高,，且成本不高于單細(xì)胞RNAseq,。

3.應(yīng)用前景大

①流式質(zhì)譜結(jié)果可以給出細(xì)胞亞群的變化，在臨床診斷,、疾病機(jī)制研究等方面具有極大的研究前景,；

②將金屬標(biāo)簽技術(shù)與其他技術(shù)結(jié)合會(huì)有新應(yīng)用方向。除常規(guī)蛋白外,，質(zhì)譜流式細(xì)胞技術(shù)還可用于蛋白翻譯后修飾,；

③可檢測(cè)細(xì)胞存活率、細(xì)胞大小,、mRNA轉(zhuǎn)錄子表達(dá)量,、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四,、基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專有的,、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實(shí)現(xiàn)10,000個(gè)以上I型多肽和10,000個(gè)以上II型多肽的鑒定和識(shí)別,。通過(guò)我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學(xué)分析平臺(tái)進(jìn)行免疫肽組學(xué)分析,，可從zuì小的樣品材料中進(jìn)行可重復(fù)的識(shí)別和定量。該服務(wù)可以應(yīng)用于大規(guī)模的研究,，旨在助力科研工作者尋找癌癥,、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標(biāo)。

五,、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質(zhì)譜技術(shù),，MALDI TOF，高效色譜分離技術(shù),，提供一系列完善的生物藥物分析方案,，從dànbáizhì、多肽,、抗體,、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級(jí)結(jié)構(gòu)分析，到產(chǎn)品變異性和純度分析,。旨在提供優(yōu)質(zhì)生物藥物分析服務(wù),，幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質(zhì)。

百泰派克生物科技七大檢測(cè)平臺(tái)

百泰派克生物科技-生物制品表征,，生物質(zhì)譜多組學(xué)優(yōu)質(zhì)服務(wù)商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測(cè)和項(xiàng)目驗(yàn)證等zhuānyè服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)室遵循NMPA,、ICH,、FDA和EMA等的法規(guī)和指導(dǎo)原則，通過(guò)CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認(rèn)證,，建立了完備的質(zhì)量體系,，數(shù)據(jù)冷熱/異地備份，設(shè)備定期計(jì)量/期間核查,，軟件審計(jì)追蹤,，為客戶提供一體化解決方案和技術(shù)服務(wù)，支持新藥研發(fā),、藥物申報(bào)注冊(cè)和生產(chǎn)放行,。

1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系，zhuānyè提供以質(zhì)譜為基礎(chǔ)的CRO檢測(cè)分析服務(wù),；

2.獲國(guó)家CNAS實(shí)驗(yàn)室認(rèn)可,，為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務(wù)；

3.業(yè)務(wù)范圍覆蓋dànbáizhì組學(xué),、多肽組學(xué)、代謝組學(xué),、生物藥物表征,、單細(xì)胞分析、單細(xì)胞質(zhì)譜流式,、生信云分析以及多組學(xué)生物質(zhì)譜整合分析等,；

4.七大質(zhì)量控制檢測(cè)平臺(tái)，滿足您一站式服務(wù)需求；

5.服務(wù)3000+企業(yè),，10000+客戶的選擇,；

6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務(wù)!

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