什么是De Novo測序？檢測技術(shù)服務(wù)詳情介紹

De Novo測序是指在沒有任何已知序列信息或參考數(shù)據(jù)庫的情況下,，通過實驗數(shù)據(jù)直接推斷出一段生物分子（如DNA,、RNA、dànbáizhì）的原始一級結(jié)構(gòu)的技術(shù),。它是研究全新物種,、新突變體、未知抗體,、天然蛋白等生物樣本時的關(guān)鍵方法,。在dànbáizhì組學(xué)領(lǐng)域，De Novo測序是利用高分辨率質(zhì)譜（MS/MS）對酶解后的多肽片段進行碎片離子分析,，通過軟件算法解析離子峰圖譜,，從而逐個推斷氨基酸序列，再拼接出完整蛋白序列的過程,。與傳統(tǒng)依賴數(shù)據(jù)庫比對的方法不同,，De Novo測序是真正的結(jié)構(gòu)推斷技術(shù)，能發(fā)現(xiàn)數(shù)據(jù)庫中不存在的新蛋白,、突變形式或翻譯后修飾,。

一、De Novo測序與數(shù)據(jù)庫測序有何不同？

二,、De Novo測序的應(yīng)用價值

De Novo測序不再只是前沿實驗室的探索性技術(shù)，而正在成為抗體藥物研發(fā),、非模式物種研究,、生物信息挖掘和生物制藥質(zhì)量控制中的剛性需求。

1,、抗體結(jié)構(gòu)重建與表達模板設(shè)計

抗體是當前zuì重要的治療性蛋白藥物之一,，但在實際應(yīng)用中，科研人員和企業(yè)手中常常只有抗體的蛋白樣品,，卻無法獲得其原始基因序列或來源細胞,。在這種情況下,，De Novo測序技術(shù)可直接對抗體蛋白進行酶解與質(zhì)譜分析,，還原出重鏈與輕鏈的完整氨基酸序列，特別是CDR區(qū)域,，進而可用于后續(xù)cDNA反向設(shè)計,、表達系統(tǒng)構(gòu)建及功能驗證。這項技術(shù)正在幫助科研人員復(fù)現(xiàn)老抗體,、開發(fā)生物類似藥,、優(yōu)化親和力突變設(shè)計等，顯著提升抗體工程效率,。

2,、疫苗誘導(dǎo)抗體譜圖分析與臨床免疫研究

在疫苗開發(fā)和免疫評估中，研究者越來越關(guān)注疫苗誘導(dǎo)產(chǎn)生的多克隆抗體是否具備高親和性和中和能力,。傳統(tǒng)BCR測序無法反映抗體翻譯后修飾與真實構(gòu)象,，而De Novo測序可以直接對血清或組織液中的抗體蛋白進行結(jié)構(gòu)解析，捕捉其真實表達形式與修飾狀態(tài),，實現(xiàn)抗體克隆譜圖的重建與功能富集,。特別是在腫瘤疫苗、HIV,、中和抗體研發(fā)等領(lǐng)域,，這項技術(shù)正成為理解免疫反應(yīng)的關(guān)鍵工具。

3,、非模式生物和未知物種蛋白解析

在植物,、微生物、海洋生物,、中藥活性成分等非模式生物研究中,，dànbáizhì組數(shù)據(jù)庫普遍存在缺失或注釋不全的情況。De Novo測序無需參考基因組或已知蛋白序列，適用于新物種,、新組織,、新狀態(tài)下的dànbáizhì表達探索。例如：在研究中藥成分中蛋白類活性物質(zhì)時,，De Novo測序可直接從提取物中識別出生物活性蛋白,，從而推進天然藥物開發(fā)。

4,、生物藥一致性驗證與質(zhì)量控制

在生物藥生產(chǎn)過程中,，不同批次、不同表達系統(tǒng)（如CHO與HEK293）可能會引入微小的結(jié)構(gòu)差異,，甚至改變翻譯后修飾模式,。De Novo測序能夠?qū)崿F(xiàn)對表達產(chǎn)物的全長結(jié)構(gòu)還原與比對，不僅能識別顯著突變,，還能標注糖基化,、氧化、異構(gòu)體等微觀修飾,，有效支持藥品一致性評估,、仿制藥開發(fā)及申報材料撰寫。

5,、癌癥新抗原（Neoantigen）發(fā)現(xiàn)與個性化miǎnyìzhìliáo

癌細胞中常常會產(chǎn)生dútè的突變肽段,，即“新抗原"。這些Neoantigen是當前癌癥疫苗,、T細胞治療的核心靶標,。傳統(tǒng)蛋白組分析方式常因序列突變與修飾錯過這些低豐度新肽段，而De Novo測序可以識別數(shù)據(jù)庫中從未注釋的,、僅在病灶表達的新肽段,，配合免疫原性預(yù)測工具，為個體化治療提供jīngzhǔn標靶,。

6,、蛋白修飾圖譜構(gòu)建與結(jié)構(gòu)功能關(guān)聯(lián)研究

許多蛋白的生物學(xué)功能受其翻譯后修飾調(diào)控（如糖基化、乙?；?、磷酸化等）。De Novo測序不僅能還原蛋白本體序列,，還能在高分辨質(zhì)譜數(shù)據(jù)中同步解析修飾類型,、修飾位點和修飾占比。這為探索蛋白功能狀態(tài),、構(gòu)象變化,、相互作用機制提供了可靠數(shù)據(jù)支撐，是結(jié)構(gòu)生物學(xué)、信號轉(zhuǎn)導(dǎo)研究等方向的重要工具,。

百泰派克生物科技的De Novo測序服務(wù)

在百泰派克,，我們?yōu)榭贵w研究、蛋白藥研發(fā),、疾病機制研究等提供高精度,、高覆蓋、高復(fù)現(xiàn)性的De Novo測序解決方案,。技術(shù)特色包括：

* 多酶消化 + 高分辨質(zhì)譜（Orbitrap Fusion Lumos）

• 自研De Novo拼接算法 + 人工復(fù)核機制

• 支持修飾識別,、CDR覆蓋、序列建模與表達驗證

• 適用于抗體,、融合蛋白,、重組酶、突變蛋白等多種類型

無論您是科研人員還是生物醫(yī)藥從業(yè)者,，只需提供抗體或蛋白樣本,，我們可在3~4周內(nèi)為您還原出可重組、可表達,、可用于zhuānlì設(shè)計的完整結(jié)構(gòu)信息,。在信息高度依賴數(shù)據(jù)庫的jīntiān，De Novo測序代表著另一種能力——不依賴他人,、從零開始、解讀未知,。它不是替代數(shù)據(jù)庫方法,，而是在面對全新課題、復(fù)雜樣本,、未知抗體時,，zuì可靠、zuì靈活,、zuì具探索性的策略,。百泰派克生物科技將持續(xù)以zhuānyè的實驗平臺與計算能力，幫助更多客戶走出數(shù)據(jù)庫的“舒適區(qū)",，走進蛋白結(jié)構(gòu)的“真實世界",。

百泰派克生物科技特色項目

一、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統(tǒng)對dànbáizhì序列進行分析,，提供基于質(zhì)譜的蛋白測序分析服務(wù),，包括對dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù,，Cduāncèxù和全序列分析,，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務(wù)。對于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測序法的dànbáizhì從頭測序服務(wù),，對蛋白序列進行分析,。

※服務(wù)優(yōu)勢：

1.采用目前世界上優(yōu)良的質(zhì)譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實現(xiàn)對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達 70個氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug,，即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉,，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二,、dànbáizhì組學(xué)

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺結(jié)合Nano-LC,，提供定量dànbáizhì組學(xué)、靶向dànbáizhì組學(xué),、多肽組學(xué),、翻譯后修飾蛋白組學(xué)等多種dànbáizhì組學(xué)分析服務(wù)。此外,，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學(xué)服務(wù),，助力微量樣本蛋白組學(xué)、大樣本群醫(yī)學(xué)及高通量修飾組學(xué)等研究工作,。

※服務(wù)優(yōu)勢：

1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規(guī)模實驗分析,，發(fā)現(xiàn)新的生物標記物;

2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標記方法，適用于分析組織,、細胞,、血液等多種樣品;

3.質(zhì)譜分析靈敏度高，實驗結(jié)果重復(fù)度高;

4.可檢測較低豐度蛋白,，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學(xué)分析,，分析更系統(tǒng)準確。

三,、單細胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質(zhì)譜流式系統(tǒng)進行單細胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析,，采用金屬元素標記物（通常是金屬元素標記的特異抗體）標記細胞表面和內(nèi)部的分子，然后用流式細胞原理分離單個細胞,，再用電感耦合等離子體質(zhì)譜（ICP-MS）分析單個細胞的原子質(zhì)量譜,，zuì后將原子質(zhì)量譜數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為細胞表面和內(nèi)部的信號分子表達量。

※服務(wù)優(yōu)勢：

1.技術(shù)優(yōu)良,，*技術(shù)空白

采用金屬標記抗體技術(shù),，避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問題?？稍趩渭毎麑用嫔蠈Χ喾N指標同時進行表征,，百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標蛋白。

2.分析數(shù)量大,，成本較低

單細胞RNAseq受成本等因素限制,，所有樣本細胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個左右,，而流式質(zhì)譜技術(shù)一次（單樣本）就可分析至少10^5的細胞，實現(xiàn)了數(shù)量級的提高,，且成本不高于單細胞RNAseq,。

3.應(yīng)用前景大

①流式質(zhì)譜結(jié)果可以給出細胞亞群的變化，在臨床診斷,、疾病機制研究等方面具有極大的研究前景,；

②將金屬標簽技術(shù)與其他技術(shù)結(jié)合會有新應(yīng)用方向。除常規(guī)蛋白外,，質(zhì)譜流式細胞技術(shù)還可用于蛋白翻譯后修飾,；

③可檢測細胞存活率、細胞大小,、mRNA轉(zhuǎn)錄子表達量,、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四,、基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專有的,、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實現(xiàn)10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別,。通過我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學(xué)分析平臺進行免疫肽組學(xué)分析,，可從zuì小的樣品材料中進行可重復(fù)的識別和定量。該服務(wù)可以應(yīng)用于大規(guī)模的研究,，旨在助力科研工作者尋找癌癥,、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標,。

五,、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質(zhì)譜技術(shù)，MALDI TOF,，高效色譜分離技術(shù)，提供一系列完善的生物藥物分析方案,，從dànbáizhì,、多肽、抗體,、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結(jié)構(gòu)分析,，到產(chǎn)品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質(zhì)生物藥物分析服務(wù),，幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質(zhì),。

百泰派克生物科技七大檢測平臺

百泰派克生物科技-生物制品表征,，生物質(zhì)譜多組學(xué)優(yōu)質(zhì)服務(wù)商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測和項目驗證等zhuānyè服務(wù),。公司實驗室遵循NMPA,、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導(dǎo)原則,，通過CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認證,，建立了完備的質(zhì)量體系，數(shù)據(jù)冷熱/異地備份,，設(shè)備定期計量/期間核查,，軟件審計追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術(shù)服務(wù),，支持新藥研發(fā),、藥物申報注冊和生產(chǎn)放行。

1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系,，zhuānyè提供以質(zhì)譜為基礎(chǔ)的CRO檢測分析服務(wù),；

2.獲國家CNAS實驗室認可，為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務(wù),；

3.業(yè)務(wù)范圍覆蓋dànbáizhì組學(xué),、多肽組學(xué)、代謝組學(xué),、生物藥物表征,、單細胞分析、單細胞質(zhì)譜流式,、生信云分析以及多組學(xué)生物質(zhì)譜整合分析等,；

4.七大質(zhì)量控制檢測平臺，滿足您一站式服務(wù)需求,；

5.服務(wù)3000+企業(yè),，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務(wù)!

什么是De Novo測序,？檢測技術(shù)服務(wù)詳情介紹