GO功能注釋及富集分析檢測技術服務詳情介紹

GO（Gene Ontology）是基因本體聯(lián)合會（Gene Ontology Consortium）所建立的數(shù)據(jù)庫,，旨在建立一個適用于各種物種的，對基因和蛋白功能進行限定和描述的，并能隨著研究不斷深入而更新的語義詞匯標準,，適用于各物種。通過建立一套具有動態(tài)形式的控制字集（controlled vocabulary），來描述基因及蛋白質在細胞內所扮演的角色,，從而來全面描述生物體中基因和基因產(chǎn)物的屬性。GO數(shù)據(jù)庫總共有三大類,，分別是生物學過程（Biological Process, BP）,、細胞定位（Cellular Component, CC）和分子功能（Molecular Function, MF），各自描述了基因產(chǎn)物可能行使的分子功能,，所處的細胞環(huán)境,，以及參與的生物學過程,。GO數(shù)據(jù)庫中一個基本的概念是節(jié)點，每個節(jié)點都有一個名稱,，比如“Cell",、“Fibroblast Growth Factor Receptor Binding"或者“Signal Transduction"，同時有一個wéiyī的編號,，如“GO:nnnnnnn",。基于鑒定到的蛋白ID,，采用mapping的方式從Uniprot數(shù)據(jù)庫中得到蛋白質的GO數(shù)據(jù)庫注釋信息,，對蛋白質進行功能分類注釋。針對BP,、CC和MF中所涉及的GO節(jié)點,，列出所有相應蛋白質個數(shù)，同時分別對表達蛋白的二級分類情況做出統(tǒng)計圖,。

1. GO二級分類統(tǒng)計圖

圖1 差異表達蛋白的GO二級注釋

注：橫坐標為GO分類,，縱坐標左邊為蛋白數(shù)目所占百分比，右邊為蛋白數(shù)目,。此圖展示的是在差異表達上調蛋白和下調蛋白GO各二級功能的蛋白富集情況,，體現(xiàn)兩個調節(jié)方向下各二級功能的地位，具有明顯比例差異的二級功能說明差異表達上調蛋白與下調蛋白的富集趨勢不同,，可以重點分析此功能是否與差異相關,。

2. GO levels分類統(tǒng)計圖

根據(jù)不同levels中GO節(jié)點注釋到的蛋白數(shù)量，選擇páimíngqián20個GO節(jié)點進行展示,，如圖所示：

圖2 蛋白質在不同level中的注釋結果統(tǒng)計圖

注：橫坐標是富集到蛋白的百分比,，縱坐標是按層級從小到大排列。不同level用不同的顏色顯示,，每個柱子后面的數(shù)字是該分類中的蛋白數(shù)量,。 3. topGO蛋白質富集分析

百泰派克采用topGO對差異表達蛋白進行富集分析，可以得到差異表達蛋白在GO節(jié)點中的富集顯著性,。并對顯著富集的節(jié)點在GO體系中的層級關系以有向無環(huán)圖的形式進行直觀展示,。topGO有向無環(huán)圖能直觀展示差異表達基因富集的GO節(jié)點（Term）及其層級關系，是差異表達基因GO富集分析的結果圖形化展示,，分支代表包含關系,，從上至下所定義的功能描述范圍越來越具體。在有向無環(huán)圖中,，箭頭代表包含關系,，即該節(jié)點的所有基因同樣注釋到其上級節(jié)點中。

差異表達蛋白的topGO分子功能有向無環(huán)圖如下：

圖3 差異表達蛋白topGO富集有向無環(huán)圖（分子功能）

注：對每個GO節(jié)點進行富集,，在圖中用方框表示顯著度高的10個節(jié)點,，圖中還包含其各層對應關系,。每個方框（或橢圓）內給出了該GO節(jié)點的內容描述和富集顯著性值。不同顏色代表不同的富集顯著性,，顏色越深,，顯著性越高。

百泰派克生物科技特色項目

一,、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統(tǒng)對蛋白質序列進行分析,，提供基于質譜的蛋白測序分析服務，包括對蛋白質的氨基酸組成分析,，N端測序,，C端測序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白質N端序列分析服務,。對于未知理論序列的蛋白質,，提供基于從頭測序法的蛋白質從頭測序服務，對蛋白序列進行分析,。

※服務優(yōu)勢：

1.采用目前世界上優(yōu)良的質譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實現(xiàn)對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達 70個氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液,、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉,，PEC和和糖基化等N端修飾的影響,。

二、蛋白質組學

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質譜平臺結合Nano-LC,，提供定量蛋白質組學,、靶向蛋白質組學、多肽組學,、翻譯后修飾蛋白組學等多種蛋白質組學分析服務,。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白質組學服務,，助力微量樣本蛋白組學,、大樣本群醫(yī)學及高通量修飾組學等研究工作。

※服務優(yōu)勢：

1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規(guī)模實驗分析,，發(fā)現(xiàn)新的生物標記物;

2.體內體外多種蛋白質標記方法,，適用于分析組織、細胞,、血液等多種樣品;

3.質譜分析靈敏度高,，實驗結果重復度高;

4.可檢測較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學分析,，分析更系統(tǒng)準確。

三,、單細胞質譜流式技術分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質譜流式系統(tǒng)進行單細胞質譜流式技術分析,，采用金屬元素標記物（通常是金屬元素標記的特異抗體）標記細胞表面和內部的分子,，然后用流式細胞原理分離單個細胞，再用電感耦合等離子體質譜（ICP-MS）分析單個細胞的原子質量譜,，zuì后將原子質量譜數(shù)據(jù)轉換為細胞表面和內部的信號分子表達量,。

※服務優(yōu)勢：

1.技術優(yōu)良，*技術空白

采用金屬標記抗體技術,，避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問題,。可在單細胞層面上對多種指標同時進行表征,，百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標蛋白,。

2.分析數(shù)量大，成本較低

單細胞RNAseq受成本等因素限制,，所有樣本細胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個左右,，而流式質譜技術一次（單樣本）就可分析至少10^5的細胞，實現(xiàn)了數(shù)量級的提高,，且成本不高于單細胞RNAseq,。

3.應用前景大

①流式質譜結果可以給出細胞亞群的變化，在臨床診斷,、疾病機制研究等方面具有極大的研究前景,；

②將金屬標簽技術與其他技術結合會有新應用方向。除常規(guī)蛋白外,，質譜流式細胞技術還可用于蛋白翻譯后修飾,；

③可檢測細胞存活率、細胞大小,、mRNA轉錄子表達量,、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四,、基于高精度質譜的免疫多肽組學分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質譜的免疫多肽組學分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專有的,、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實現(xiàn)10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別,。通過我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學分析平臺進行免疫肽組學分析,，可從zuì小的樣品材料中進行可重復的識別和定量。該服務可以應用于大規(guī)模的研究,，旨在助力科研工作者尋找癌癥,、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標,。

五,、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質譜技術，MALDI TOF，高效色譜分離技術,，提供一系列完善的生物藥物分析方案,，從蛋白質、多肽,、抗體,、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結構分析，到產(chǎn)品變異性和純度分析,。旨在提供優(yōu)質生物藥物分析服務,，幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質。

百泰派克生物科技七大檢測平臺

百泰派克生物科技-生物制品表征,，生物質譜多組學優(yōu)質服務商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質量控制檢測和項目驗證等zhuānyè服務,。公司實驗室遵循NMPA、ICH,、FDA和EMA等的法規(guī)和指導原則,，通過CNAS/ISO9001雙重質量體系認證，建立了完備的質量體系,，數(shù)據(jù)冷熱/異地備份,，設備定期計量/期間核查，軟件審計追蹤,，為客戶提供一體化解決方案和技術服務,，支持新藥研發(fā)、藥物申報注冊和生產(chǎn)放行,。

1.公司采用ISO9001質量控制體系,，zhuānyè提供以質譜為基礎的CRO檢測分析服務；

2.獲國家CNAS實驗室認可,，為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質量研究服務,；

3.業(yè)務范圍覆蓋蛋白質組學、多肽組學,、代謝組學,、生物藥物表征、單細胞分析,、單細胞質譜流式,、生信云分析以及多組學生物質譜整合分析等；

4.七大質量控制檢測平臺,，滿足您一站式服務需求,；

5.服務3000+企業(yè)，10000+客戶的選擇,；

6.致力于為您提供優(yōu)質的生物質譜分析服務!

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