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PCR反應體系主要是什么,?

閱讀:1066      發(fā)布時間:2023-10-23
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你知道PCR反應體系主要包含那些嗎,?讓我們一起來看看吧!

一,、模板(template)

模板即擴增用的DNA,,可以是任何來源DNA(如基因組DNA、質粒DNA)RNA(如總RNA,、mRNA,、tRNArRNA,、病毒RNA等),,但必須符合兩個條件:一是純度必須較高,二是濃度不能太高以免抑制,。模板是待擴增的目的基因或特異片段,,如診斷病人是否攜帶有突變基因時,其模板就是提取的病人血液中的DNARNA片段,。PCR對模板DNA的純度不要求很高,,但應盡量不含有對PCR反應有抑制作用的雜質存在,如蛋白酶,、核酸酶,、Taq DNA聚合酶抑制劑、能與DNA結合的蛋白質,。

二,、引物(primers)

人工合成的一對引物可以分別與兩條模板DNA互補結合的寡核苷酸序列,其中一條稱為上游引物,,另一條稱為下游引物,。引物是PCR特異性反應的關鍵,PCR產物的特異性取決于引物與模板DNA互補的程度,。理論上,,只要知道任何一段模板DNA序列,,就能按其設計互補的寡核苷酸鏈做引物,利用PCR就可將模板DNA在體外大量擴增,。引物濃度一般為0.1~0.5umol/L,,濃度過高會引起錯配和非特異擴增,濃度過低則得不到產物或產量過低,。引物長度一般為15~30bp,引物過長或過短都會降低特異性,。其3'末端一定要與模板DNA配對,末位堿基最好選用A,、C,、G(T錯配也能引發(fā)鏈的延伸)。引物GC45%~55%,,堿基應盡量隨機分布,,避免嘧啶或嘌呤堆積,兩引物之間不應有互補鏈存在,,不能與非目的擴增區(qū)有同源性,。

三、底物(dNTP)

dNTP包括dATP,、dTTPdGTP,、dCTP,。dNTP溶液呈酸性,使用時應配成高濃度后,,以1mol/L NaOH1mol/L Tris-HCl的緩沖液將其pH調節(jié)至7.0~7.5,,小量分裝,-20℃冰凍保存,。一般存儲濃度為10mo/L,,各成分以等當量配制,反應終濃度為20~200umol/L,,如其中任何一種濃度不同于其他幾種時(偏高或偏低),,就會引起錯配。高濃度可加速反應,,但同時增加錯誤摻入和實驗成本,;低濃度可提高精確性,而反應速度會降低,。dNTP的質量與濃度和PCR擴增效率有密切關系,,dNTP粉呈顆粒狀,如保存不當易變性失去生物學活性,。多次凍融會使dNTP降解,。dNTP能與Mg2+結合,,使游離的Mg2+濃度降低。當PCR需要較高濃度的dNTP時,,應在反應體系中適當增加Mg2+的濃度,。

四、DNA聚合酶

PCR所用的酶主要有TaqPfu兩種來源,,分別來自兩種不同的噬熱菌,。其中,Taq擴增效率高但易發(fā)生錯配:Pfu擴增效率弱但有糾錯功能,。所以,,實際使用時必須根據需要做不同的選擇。目前使用最多的是Taq酶,。該酶在92.5℃,、95.0℃和97.5℃時,其半衰期分別為130分鐘,、40分鐘和5~6分鐘,,可見該酶具有良好的熱穩(wěn)定性。Taq酶還具有良好的延伸效率,,其生物學活性在75~80℃時最高,,一般用72℃,每一個酶蛋白分子每秒可延伸約150個核苷酸,。在70℃時,,延伸速率為60個核苷酸/秒以上。當溫度超過80℃時,,該酶延伸速率明顯下降,,可能與引物—模板遭到破壞有關。其最適pH值為8.3~8.5,,能催化以DNA單鏈為模板,、以堿基互補原則為基礎、按5'3'方向逐個將dNTP分子連接到引物的3'端,、合成一條與模板DNA互補的新的DNA子鏈,,無3'5'的外切酶活性,沒有校正功能,。某種dNTPMg2+濃度過高,,會增加其錯配率。用量一般為0.5~5.0個單位/100uL,。

五,、PCR緩沖液(PCR buffer)

緩沖液的成分最為復雜,除水外一般包括四種有效成分:①緩沖體系,,一般使用HEPESMOPS緩沖體系,;②一價陽離子,,一般采用鉀離子,但在特殊情況下也可使用銨根離子,;③二價陽離子,,即鎂離子,根據反應體系確定,,除特殊情況外不需調整,;④輔助成分,常見的有DMSO,、甘油等,,主要用來保持酶的活性和幫助DNA接觸纏繞結構。

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