目前有多種蛋白標記技術(shù)來幫助我們研究感興趣的蛋白質(zhì)的豐度、位置,、相互作用,、翻譯后修飾,、功能,，乃至監(jiān)測活細胞中的蛋白質(zhì)運輸?shù)葐栴}。目前有多種類型的標記物和標記方式可供選擇,，但是針對特定的應用應當選擇適合的標記策略,。

　　代謝標記策略

　　代謝標記策略是一種體內(nèi)標記方法，在這種方法中,，細胞被“喂養(yǎng)”了化學標記的營養(yǎng)物,，然后這些標記物被摻入新合成的蛋白質(zhì)、核酸或代謝物中,。然后,，我們可以收集細胞并分離這些分子以獲得細胞生物過程的全局視圖。

　　蛋白同位素標記

　　原理：蛋白同位素標記是一種經(jīng)典的蛋白示蹤和蛋白組學定量技術(shù),，用天然同位素（輕型）或穩(wěn)定同位素（重型）標記的必需氨基酸取代細胞培養(yǎng)基中相應氨基酸,，這樣細胞新合成的蛋白質(zhì)可以在細胞生長期間通過摻入含有不同同位素的氨基酸進行標記。

　　應用舉例：蛋白質(zhì)組學研究方向流行的代謝標記方法是SILAC（Stable Isotope Labeling with Amino acids in Cell culture）,，即細胞培養(yǎng)中氨基酸的穩(wěn)定同位素標記,。結(jié)合質(zhì)譜技術(shù)，SILAC通過使用重型氨基酸（例如,，15N-或13C-賴氨酸）標記其中一組培養(yǎng)物或細胞系,，而向另一組添加正常的輕型氨基酸，從而量化兩種培養(yǎng)物或細胞系之間蛋白質(zhì)豐度的差異,。然后將在這兩種條件下生長的細胞的裂解蛋白按細胞數(shù)或蛋白量等比例混合,，經(jīng)分離,、純化后進行質(zhì)譜鑒定，根據(jù)一級質(zhì)譜圖中兩個同位素型肽段的面積比較進行相對定量,，得到兩種條件下蛋白質(zhì)豐度差異的相對評估,。

　　其他蛋白質(zhì)代謝標記物

　　原理：如果不具備質(zhì)譜實驗條件，那么可以使用基于生物正交反應的代謝標記方法,。在生物正交系統(tǒng)中,，細胞被“喂食”標記有一些對天然生物反應基團無反應的化學基團的分子結(jié)構(gòu)單元。添加含有該基團的反應配偶體的外源性化合物引發(fā)化學反應,，將標記的生物分子偶聯(lián)至所需的官能團,。

　　應用舉例：用含有疊氮基團的結(jié)構(gòu)單元“喂養(yǎng)”細胞，然后在實驗后用含有磷化H基團的試劑進行處理,，疊氮化物和-PH2基團通過Staudinger連接反應偶聯(lián),，疊氮化物和膦基團通常不存在于生物系統(tǒng)中，因此這些分子是惰性的,。