兩者均有溶劑輸送系統(tǒng)、進(jìn)樣系統(tǒng),、檢測(cè)系統(tǒng)和信號(hào)記錄和處理系統(tǒng),，但由于離子色譜和液相色譜所用的流動(dòng)相不同，檢測(cè)方式不同及信號(hào)處理的要求不同,，在各部件上有一些差別,。
1.離子色譜一般采用酸、堿及鹽的水溶液作為流動(dòng)相,，因此通常離子色譜采用非金屬材料作為整個(gè)系統(tǒng)材料,，一般采用Peek塑料作為泵體、流路和閥體等要求耐高壓的部分,，而聚四氟乙烯材料作為檢測(cè)器,，外接管路等，要求系統(tǒng)可以耐酸,、耐堿,，但一般情況下全塑的材料由于加工和強(qiáng)度方面的差異，耐壓強(qiáng)度和精度上比金屬材料要略低一些,。液相色譜由于一般采用有機(jī)溶劑作淋洗液,，因此多數(shù)還是采用金屬泵體，可以耐任何類型的有機(jī)溶劑,，但對(duì)于酸或堿的溶劑,，使用易產(chǎn)生腐蝕現(xiàn)象。而隨著液相色譜在生物領(lǐng)域的廣泛應(yīng)用,，金屬對(duì)一些生物活性化合有一定的吸附作用,，一些在生物方面應(yīng)用液相色譜也廣泛采用了Peek材料作為泵體、流路和閥,，使離子色譜和液相色譜具有了一定的通用性,。
2.離子色譜又分為抑制型和非抑制型，而目前被廣泛應(yīng)用抑制型離子色譜,，采用了抑制器,，而普通液相色譜沒有類似裝置。抑制器的結(jié)構(gòu)上與液相色譜的柱后衍生系統(tǒng)相似，但是抑制型離子色譜組件之一,。非抑制型離子色譜不用抑制器,，與液相色譜十分相似，一些非抑制型離子色譜基本上就是采用液相色譜的泵,、流路和進(jìn)樣閥,。
3.離子色譜與液相色譜另一差異就是檢測(cè)器，一般情況下液相色譜采用紫外-可見光度檢測(cè)器;而離子色譜通用的是電導(dǎo)檢測(cè)器,。
4.離子色譜由于淋洗液的關(guān)系,，其色譜柱一般都為聚合物柱，以苯乙烯和二乙烯苯色譜柱為主,，高柱效約為30000,，而常規(guī)的液相色譜柱，常用的是硅膠基質(zhì)的色譜柱,，以反相為主,，柱效一般在60000以上。
5.離子色譜由于不同廠家的設(shè)計(jì)不一樣,，有的儀器部分靠氣動(dòng),，并用氣保護(hù)淋洗液穩(wěn)定(NaOH體系)，用氣量不大;而液相色譜中,，只有ELSD和MS檢測(cè)器用到氣源,，而且用氣量很大。
6.離子色譜一般采用強(qiáng)酸和強(qiáng)堿的水體系,，pH可在0-14,，并添加一些反相的有機(jī)溶劑，也用一些無(wú)機(jī)鹽類,。而液相色譜多以有機(jī)相為主,，pH大多在2-8.5之間，有機(jī)試劑種類多,，流動(dòng)相添加劑使用較靈活,。
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