一,、瓊脂糖凝膠的特點(diǎn)

核酸分子是兩性解離分子,，在高于其等電點(diǎn)的電泳緩沖液中,，其堿基不解離,，而磷酸基團(tuán)全部解離,，核酸分子因而帶負(fù)電荷，電泳時向正極遷移,。

瓊脂糖主要從海洋植物瓊脂中提取而來并經(jīng)糖基化修飾,，為一種聚合鏈線性分子，使用瓊脂糖凝膠作為電泳支持介質(zhì)，發(fā)揮分子篩功能,，使得大小和構(gòu)象不同的核酸分子的遷移率出現(xiàn)較大差異,，從而達(dá)到分離的目的。

因此,，目前多用瓊脂糖為電泳支持物進(jìn)行平板電泳,，其優(yōu)點(diǎn)如下。

（1）瓊脂糖凝膠電泳操作簡單,，電泳速度快,，樣品不需事先處理就可以進(jìn)行電泳。

（2）瓊脂糖凝膠結(jié)構(gòu)均勻,，含水量大（約占 98%~99%）,，近似自由電泳，樣品擴(kuò)散較自由電流,，對樣品吸附極微,， 因此電泳圖譜清晰，分辨率高,，重復(fù)性好,。

（3）瓊脂糖透明無紫外吸收，電泳過程和結(jié)果可直接用紫外光燈檢測及定量測定,。

（4）電泳后區(qū)帶易染色,，樣品極易洗脫，便于定量測定,。制成干膜可長期保存,。

二、DNA 的瓊脂糖凝膠電泳

瓊脂糖凝膠電泳對核酸的分離作用主要是依據(jù)它們的相對分子量質(zhì)量及分子構(gòu)型,，同時與凝膠的濃度也有密切關(guān)系,。

1、核酸分子大小與瓊脂糖濃度的關(guān)系

（1）DNA分子的大小在凝膠中,，DNA 片段遷移距離（遷移率）與堿基對的對數(shù)成反比,，因此通過已知大小的標(biāo)準(zhǔn)物移動的距離與未知片段的移動距離時行比較,，便可測出未知片段的大小,。

（2）瓊脂脂糖的濃度 如下表所示，不同大小的DNA需要用不同濃度的瓊脂糖凝膠進(jìn)行電泳分離,。

瓊脂糖濃度與DNA分離范圍：

2,、核酸構(gòu)型與瓊脂糖凝膠電泳分離的關(guān)系

不同構(gòu)型 DNA 的移動速度次序?yàn)椋汗﹥r閉環(huán) DNA（covalently closed circular，cccDNA）>直線 DNA>開環(huán) 的雙鏈環(huán)狀 DNA,。

當(dāng)瓊脂糖濃度太高時,，環(huán)狀 DNA不能進(jìn)入膠中，相對遷移率為 0（Rm=0）,，而同等大小的直線雙鏈 DNA（剛性棒狀）則可以長軸方向前進(jìn)（Rm>0）,，由此可見,，這三種構(gòu)型的相對遷移率主要取決于凝膠濃度，但同時,，也受到電流強(qiáng)度,、緩沖液離子強(qiáng)度等的影響。

三,、瓊脂糖凝膠電泳實(shí)驗(yàn)方法

1,、選擇適合樣品預(yù)期片段大小的瓊脂糖凝膠濃度百分比。將瓊脂糖粉末與用于運(yùn)行凝膠的相同類型的緩沖液（TAE）結(jié)合起來,，加熱使混合物融化,，避免沸騰。

2,、選擇所需尺寸的凝膠澆注模具和梳子,，為樣品和marker提供足夠數(shù)量的孔，以及容納每個待裝樣品數(shù)量的孔容量,。

3,、膠凝固后，將凝膠放入電泳儀中,，電泳液沒過凝膠,，根據(jù)加入量的多少，決定混合多少ul的loding buffer,，將樣液混合loding buffer用移液槍加入到凝膠中,。

4、蓋上蓋子,，確保電極和蓋子的方向正確,，注意正負(fù)極， 打開電泳儀 ,，設(shè)定凝膠運(yùn)行的時間和電壓,，根據(jù)樣品大小確定運(yùn)行時間。

四,、瓊脂糖凝膠電泳實(shí)驗(yàn)技巧和注意事項(xiàng)

1,、瓊脂糖凝膠溶液配制時總液體量不宜超過錐型瓶50%容量。

2,、加熱時可以中途搖動搖動,，防止瓊脂糖凝膠凝在錐形瓶底部。

3,、注意不要損傷梳底部的凝膠,。防止加樣時樣品漏出。

4、凝膠濃度越低,，分辨的片段越大,；凝膠濃度越高，分辨的片段越小,。

5,、使用紫外透射儀觀察，紫外光對DNA 分子有損傷作用,，不可長時間照射,。從膠上回收DNA時，應(yīng)盡量縮短光照時間以減少紫外光切割DNA,。

6,、紫光燈下觀察時應(yīng)戴上防護(hù)鏡，以免損傷眼睛,。

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