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變性凝膠電泳實驗

時間:2021/12/14閱讀:1352
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材料與儀器


DNA
乙醇 異丙醇 二甲基二氯硅烷 TEMED 變性丙烯酰胺溶液 SDS
電泳儀 注射器 巴斯德吸管 干膠機


步驟


1.  制作每塊凝膠時,,首先要用肥皂及水小心嚴格地清洗兩塊30 cm×40 cm的前后玻璃平板,,用去離子水沖洗后晾干,,用噴射洗瓶噴10%乙酵或異丙醇使平板濕海,。

2.  然后用Kimwipe紙或其他無絨紙巾將平板擦干,。

3.  戴手套在通風櫥工作,,用浸濕了含5%二甲基二氯硅烷的氯仿溶液的Kimwipe紙在每片平板的其中一面加一層此溶液,并小心洗擦拭整面平板,。

4.  待硅化層干后,,用Kimwipe紙以70%乙醇或異丙醇擦凈并干燥,最后再檢查平板有沒有灰塵或其他物質,。

 
5.  按廠商指南用0.2~0.4 mm 均厚的墊片和大的書本裝訂夾子組裝凝膠膠模夾層,,注意墊片與平板的邊、底壓緊對齊,。

6.  制作每塊凝膠時,,在100 ml 燒杯配制60 ml 所需的變性丙烯酰胺凝膠溶液,在灌膠(步驟7)前,,*混勻60 μl TEMED和0.6 ml 10%過硫酸銨于每份丙烯酰胺溶液中,。
 
7.  立即灌膠,用60 ml 注射器小心吸出丙烯酰胺溶液,,避免吸入氣泡,,讓短平板朝上, 并使凝膠平板夾層與臬面成45度角,,沿著平板的一邊慢慢將丙烯酰胺溶液推入兩片平板之間,,其間可調整角度讓膠液慢饅流入夾層的一邊。

8.  當溶液達到短平板的頂部時,,放下膠模夾層至其頂部邊緣離操作臺平面仍有5 cm 左右,,其下墊一空的吸頭盒或其他物件以使之保持較低的角度。

9.  將0.2~0.4 mm 厚的鯊魚齒樣品梳的平齊一側插入膠液中,,至短平板下約2~3 mm,,操作須十分小心以避免產生氣泡,用一個書本裝訂夾將平極之間的樣品梳夾緊,,以避免在掩子與平板間形 成凝膠固塊,。

10.  加一層過量的丙烯酰胺溶液至梳子,保證其被*覆蓋,。用水沖洗注射器,,除去過量的丙烯酰胺。

11.  除去每片膠模夾層的底部墊片或膠帶,,用刀片除去樣品瓶周圍的過量聚丙烯酰胺凝膠,。

12.  用水清洗平板表面溢出的尿素和丙烯酰胺溶液,,從每片膠模夾層中撥去鯊魚齒樣品梳,,避免拉傷凝膠頂部。

13.  用水清洗梳子,,準備好在步驟16操作時重新插回樣品孔,。如果用常規(guī)樣品梳,小心防止撕裂聚丙烯酰胺加樣孔,
 
14.  凝膠電泳裝置的下層貯液槽加入1XTBE緩沖液,,使凝膠夾層能浸泡在2~3 cm 的一層緩沖液中,,放入凝膠夾層并用夾子固定在電泳裝置上。

15.  上層貯槽倒入1×TBE緩沖液,,使超過凝膠頂部約3 cm,,用巴斯德吸管或Beral細管以1×TBE清洗凝膠頂部。
 
16.  將清洗干凈的鯊魚齒樣品梳重新播回凝膠夾層,,使其齒部僅可觸及凝膠,,用巴斯德吸管或Beral細管以1×TBE緩沖液*清洗加樣孔,以除去零星的聚丙烯酰胺碎片,。
 
17.  加樣前,,在45 V/cm 凝膠的電壓降下預電泳,使凝膠預熱,,即在1 700 V,,70 W 恒功率下電泳約30 min。

18.  在加樣前,,清洗加樣孔除去浸進孔中的尿素,。
 
19.  在甲酰胺/染料溶液中的樣品,蓋好蓋子,,在95℃加熱2 min,,然后置于冰上,每孔加 樣2~3 μl 測序用的加樣吸頭可于每次加樣后在下槽緩沖液中沖洗2次后繼續(xù)使用,。

20.  在45~70 W 恒功率下電泳,,凝膠溫度保持在約65℃。

21.  高于此溫度可能會造成玻璃平板炸裂或條帶彌散,,而太低溫度可使測序產物不*變性,、現察標志染料的遷移以確定電泳時間。

22.  將干冰加入干膠機的冷阱并預熱至80℃,。

23.  電泳完畢時,,排出上下液槽的緩沖液,并按放射性廢物處理丟棄液體,。

24.  從電泳裝置中取出凝膠夾層,,并在冷自來水下沖洗直至兩面玻璃平板表面都冷卻為止,將夾層平放在紙巾上,,四口玻璃平板(短平板)朝上,,除去多余的液體及夾子、膠帶,,取出一邊的墊片,。

25.  兩片玻璃平板之間插入一個長金屬鏟子,,輕輕轉動鏟于將玻璃 平板橇起使之分開,凝膠應貼在下面的玻璃平板,,如果貼在上面的平板,,則將它翻轉過來。

26.  從插有鏟子的一邊饅慢提起上面的平板,,遂漸增加角度直至上層平板*與凝膠分離,。
 
27.  一旦平板分離后,取去另一邊的墊片及除去凝膠周圍多余的聚丙烯酰胺碎片,。
 
28.  如果樣品含32P或33P,,固定步驟可用可不用。如果樣品含33S,,直接將凝膠連同玻璃平板一起放入淺托盤中,,輕輕覆蓋一層約2 cm 的5%乙酸 / 5%甲醇固定液,浸泡10~15 min,,不時輕輕搖動托盤使凝膠與玻璃平板松開,。
 
29.  將疑膠重新置于平板上,靠吸力或重力除去固定液注意保持凝膠處于平極的中央,, 小心從托盤中將平板連同凝膠取出,,放在工作平臺上。

30.  將兩張干的轉印紙,,疊齊如 同一張一祥,,從凝膠的一端開始緩慢地向另一端放下,貼在凝膠的表面,,小心防止在紙和凝膠間形成氣泡,。

31.  從平板上剝起轉印紙,凝膠應和它一起被揭起,,逐漸卷起紙,,而凝膠就同它一起被剝離平板。

32.  將濾紙和凝膠放在預熱的干膠機中,,上面覆蓋一張保鮮瞑,,80℃處理20 min ~1 h,使凝膠*干燥,。
 
33.  從干膠上揭去保鮮膜,,將干膠放在X光曝光盒中,Kodak XAR-5X光膠片直接與凝膠接觸,,室溫放射自顯影,,經足夠時間曝光后(一般需過夜)取出X光膠片并沖印。


常見問題

變性聚丙烯酰胺凝膠中相對于示蹤染料的寡核苷酸的遷移

變性聚丙烯酰胺凝膠中相對于示蹤染料的寡核苷酸的遷移


同實驗其他方法

電解質梯度測序膠

1.  按基本方案步驟1~22灌制凝膠及進行預電泳,,但上槽緩沖液為0.5×TBE,,下槽為1×TBE。 2.  按基本方案步驟23~26步準備樣品及加樣,。   3.

含甲酰胺的測序膠

1.  按基本方案步驟1~5組裝凝膠平板夾層,。   2.  按所需濃度配制甲酰胺凝膠溶液,加熱輕輕挽拌使之溶解,,冷卻至30℃以下,。 3.  加入0.15 ml TEMED

緩沖液梯度測序膠

1.  按基本方案步驟1~5組裝凝膠平板夾層。   2.  在2個100 ml 燒杯中,,配制緩沖液梯度凝膠溶液:50 ml 用0.5×TBE配制,,25 ml 用2.5×TBE配制

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安培生物堅持為生命科學研究、活體動物轉染,、大規(guī)模生物生產,、基因和細胞治療領域客戶,提供*細胞體內可代謝的核酸轉染試劑,;inviCELL™Platelet lysate無動物血清產品旨在支持廣泛的細胞擴增和生產,,包括培養(yǎng)間充質干細胞和多種免疫細胞系等,為制藥公司或者生物技術公司提供無血清細胞培養(yǎng)規(guī)模生產服務,;提供以植物生物為平臺基因序列全人源化,、*的細胞培養(yǎng)可分解3D基質膠產品;提供內毒素≦ 1.0 EU/mL,、對細胞無毒性影響,、高純度的一型膠原蛋白產品。安培生物專注為生物醫(yī)藥領域提供優(yōu)質的產品和技術服務,,努力發(fā)展為基因治療,、細胞治療的生物科技企業(yè)。


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