STR（Short Tandem Repeats,，短串聯(lián)重復(fù)序列）分析已被國際細(xì)胞系鑒定協(xié)會（ICLAC：International Cell Line Authentication Committee ),、ATCC,、NIST（美國國家標(biāo)準(zhǔn)局）等機(jī)構(gòu)作為金標(biāo)準(zhǔn)應(yīng)用于細(xì)胞鑒定,。目前使用錯誤細(xì)胞情況非常嚴(yán)重,，據(jù)統(tǒng)計約30%細(xì)胞系被交叉污染或錯誤辨識,，因使用了交叉污染或錯誤辨識的細(xì)胞而導(dǎo)致研究結(jié)論錯誤,、結(jié)果不可重復(fù)，而且會造成大量人力,、物力,、金錢損失。Nature和Science等越來越多的雜志要求在投稿時提供細(xì)胞STR鑒定報告,。

小編整理了以下細(xì)胞STR鑒定相關(guān)各類問題大合集,，為您解決細(xì)胞鑒定中的“疑難雜癥"。

A: STR即短串聯(lián)重復(fù)序列（short tandem repeats）,，也稱微衛(wèi)星DNA（microsatellite DNA）,，通常是基因組中由1~6個堿基單元組成的一段DNA重復(fù)序列，由于核心單位重復(fù)數(shù)目在個體間呈高度變異性并且數(shù)量豐富,，構(gòu)成了STR基因座的遺傳多態(tài)性,。細(xì)胞STR鑒定即通過STR信息建立細(xì)胞系的遺傳特性，通過STR鑒定來檢測細(xì)胞是否發(fā)生交叉污染現(xiàn)象,。

STR圖譜

A: 細(xì)胞STR鑒定目前主要基于多重PCR結(jié)合熒光探針檢測技術(shù),，對人源多個STR位點進(jìn)行檢測,。Dr.Cell實驗室對人源細(xì)胞21個基因座進(jìn)行檢測，所選用的基因座不僅包含ATCC,、DSMZ和JCRB細(xì)胞庫中的9個基因座,，更添加12個高度多態(tài)性位點，可方便與數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比對,，具有*的準(zhǔn)確性,。

A:

●  當(dāng)實驗室引入新的細(xì)胞系

●  細(xì)胞來源于組織——原代細(xì)胞

●  文章發(fā)表,，國外期刊雜志要求

●  細(xì)胞功能不正常

●  細(xì)胞系表現(xiàn)不穩(wěn)定或結(jié)果與預(yù)期差別較大

●  細(xì)胞已連續(xù)培養(yǎng)6個月時,，實驗室細(xì)胞常規(guī)定期鑒定

●  當(dāng)實驗室使用超過一種細(xì)胞系時，所有細(xì)胞系最好先鑒定以排除交叉污染的可能

A:

●  提供細(xì)胞樣本：培養(yǎng)后的細(xì)胞進(jìn)行離心，去掉上清培養(yǎng)液,，將細(xì)胞沉淀冰袋運輸,，細(xì)胞數(shù)量大于10^6。

●  提供基因組DNA: ≥20μL,，濃度≥50ng/μL,。

A: 提取細(xì)胞基因組DNA,，然后進(jìn)行PCR擴(kuò)增及測序,，最后進(jìn)行結(jié)果分析。詳細(xì)檢測流程請看下圖：

A: 如果存在細(xì)胞系之間發(fā)生交叉污染,，那么在STR圖譜上多個位點會出現(xiàn)兩個以上的峰,。峰高值表示該等位基因的信號強(qiáng)度，理論上峰值與樣本的DNA濃度有直接的關(guān)系,。因此,，存在交叉污染的混合細(xì)胞系中，其中一個位點中某些峰會明顯高于其他的峰,，其中大峰是屬于混合細(xì)胞系中那個主要細(xì)胞系,，而小峰則屬于那個次要細(xì)胞系。

發(fā)生細(xì)胞交叉污染現(xiàn)象,，基因組出現(xiàn)多等位基因

A: 查閱文章：STR鑒定報告看不懂？希爾博士來解憂 

A:人源細(xì)胞STR鑒定結(jié)果判定標(biāo)準(zhǔn)：

受檢細(xì)胞STR位點的基因分型數(shù)據(jù)與其對應(yīng)的標(biāo)準(zhǔn)細(xì)胞系（其原始組織或衍生細(xì)胞系）STR基因分型數(shù)據(jù)進(jìn)行比對：

1）若兩者的匹配度≥80%,，則判定受檢細(xì)胞系為標(biāo)準(zhǔn)細(xì)胞系或為標(biāo)準(zhǔn)細(xì)胞系的衍生細(xì)胞系。

2）若兩者的匹配度在50%-79%之間,，建議結(jié)合細(xì)胞系形態(tài),、細(xì)胞系特異性標(biāo)記物等輔助分析進(jìn)行綜合判斷。

3）若兩者的匹配度<50%,，則判定受檢細(xì)胞樣本與其對應(yīng)的標(biāo)準(zhǔn)細(xì)胞系不相關(guān),。

A: 

Dr.Cell實驗室應(yīng)用DSMZ數(shù)據(jù)庫進(jìn)行細(xì)胞STR數(shù)據(jù)比對,，DSMZ數(shù)據(jù)庫包含來自于ATCC,，DSMZ，JCRB和RIKEN數(shù)據(jù)庫的2000多個細(xì)胞系STR數(shù)據(jù),。

A:若樣本為原代細(xì)胞，或者樣本在已知數(shù)據(jù)庫中沒有STR數(shù)據(jù)信息,，可以用自己的細(xì)胞遺傳信息建立自己的遺傳數(shù)據(jù),，以便后期進(jìn)行自己細(xì)胞庫的比對。

A:答案是肯定的,。使用錯誤的細(xì)胞系或者是被污染的細(xì)胞系做研究，造成時間,，金錢和精力的損失,，實驗結(jié)果的不一致和不可重復(fù)。因此用被污染或錯誤的細(xì)胞系做研究,，在發(fā)表文章或做進(jìn)一步研究時極有可能需要用正確的細(xì)胞再重復(fù)實驗,。

2015年Science上發(fā)表的一篇文章，統(tǒng)計了兩株存在嚴(yán)重污染的細(xì)胞系HEp-2和INT 407（實際上都是HeLa），HEp-2發(fā)表了近6000篇SCI文章,，INT 407也發(fā)表了1300 多篇SCI文章,，據(jù)估算，這兩種污染對初始研究總共造成的經(jīng)濟(jì)損失達(dá)到7億美元,，而對后續(xù)的跟蹤研究造成的經(jīng)濟(jì)損失達(dá)到35億美元,。

A:ICLAC數(shù)據(jù)庫中有列出154個不同的污染源,，其中HeLa細(xì)胞是最大的污染源（129個細(xì)胞系被證實HeLa污染）,，依次是T-24(21個細(xì)胞系被證實T-24污染) 和 M14 (18個細(xì)胞系被證實M14污染)。

Dr.Cell 實驗室鑒定的細(xì)胞STR結(jié)果,，其中HeLa細(xì)胞也是最大的污染源,，其次是A375、COLO201(如下圖),。

細(xì)胞污染來源    

A:除人源細(xì)胞外，可以鑒定小鼠來源細(xì)胞,。

小鼠細(xì)胞STR鑒定--依據(jù)美國國家標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)研究所NIST和ATCC建議,，檢測小鼠細(xì)胞：4-2、5-5,、6-4,、6-7、9-2,、12-1,、15-3、18-3,、X-1,，9個基因位點。另外添加人源位點D4S2408,，用于鑒定人鼠細(xì)胞交叉污染,。

由于現(xiàn)有數(shù)據(jù)庫僅公布少量的小鼠細(xì)胞STR圖譜數(shù)據(jù)，故小鼠細(xì)胞STR鑒定僅對細(xì)胞系進(jìn)行檢測,，出具STR圖譜,，不進(jìn)行小鼠細(xì)胞品系鑒定。

對于人源,、小鼠之外其他物種細(xì)胞,，Dr.Cell實驗室可以提供細(xì)胞物種鑒定,，檢測人(Human,，學(xué)名：Homo sapiens) 、小鼠(Mouse，學(xué)名：Mus musculus,，mouse),、大鼠(Rat，學(xué)名：Rattus norvegicus),、中國倉鼠(Chinese Hamster,，學(xué)名：Cricetulus griseus)、獼猴(Rhesus Monkey,，學(xué)名：Macaca mulatta),、豬(Pig，學(xué)名：Sus scrofa) ,、牛(Bovine,，學(xué)名：Bos primigenius taurus)、狗(Dog,，學(xué)名：Canis lupus familiaris),、貓(Cat，學(xué)名：Felis silvestris catus),、馬(Horse,，學(xué)名：Equus ferus caballus)、兔(Rabbit,，學(xué)名：Oryctolagus cuniculus),、雞(Chicken，學(xué)名：Gallus gallus),、果蠅(Fruit Fly,，學(xué)名：Drosophila melanogaster)、斑馬魚(Zebra Fish,，學(xué)名：Danio rerio),、非洲綠猴(Green Monkey，學(xué)名：Cercopithecus aethiops )15個種屬來源的細(xì)胞,，判斷樣本是否存在這15個種屬間的交叉污染,。

A: Dr.Cell實驗室提供中英文雙語檢測報告,，可以直接提交國內(nèi)外雜志期刊,，發(fā)表文章應(yīng)用。

• Capes-Davis A , et al. Match criteria for human cell line authentication: where do we draw the line. Int J Cancer. 

• Neimark J. Line of attack. Science.