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這期我們來學(xué)習(xí)設(shè)計TaqMan探針，應(yīng)該考慮的因素有以下這些......
1,、TaqMan探針的最佳長度在20bp,，不超過30bp，這樣才能實現(xiàn)熒光淬滅,。有些情況下超過30bp也是可以的,，需要將淬滅基團設(shè)計在距離5'端18～25bp的地方。
2,、TaqMan探針的Tm值要比引物的高10°C,，通常在65～70°C之間，確保探針比引物先結(jié)合在模板上,。
3,、探針序列應(yīng)該避免連續(xù)的單堿基重復(fù)序列，尤其是G,，因為這可能影響探針的二級結(jié)構(gòu),，降低雜交效率。
只能使用這種單堿基重復(fù)序列時,，可通過肌苷替代鳥嘌呤,，中斷連續(xù)。
如果是5'端有太多鳥嘌呤,，也會產(chǎn)生不好影響,，淬滅探針的熒光。
4,、TaqMan探針的GC含量應(yīng)該在50%,。
5、探針5'端應(yīng)該盡可能與3'端相似,，保證Taq酶快速降解探針,。
6、制備好的探針應(yīng)采用HPLC純化
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