染色質(zhì)免疫共沉淀,，又叫 Chip（Chromatin Immunoprecipitation）,。Chip 又正好是英語里面薯片的意思,。為了有趣,，就叫薯片實驗吧。做薯片做了幾個月,，時間不長,，但深刻體會到了魔鬼都在細(xì)節(jié)中和細(xì)節(jié)決定成敗。現(xiàn)在把值得注意的 15 個細(xì)節(jié)總結(jié)如下：

1,、cell counting：盡量做到準(zhǔn)確準(zhǔn)確再準(zhǔn)確，否則會影響 input 結(jié)果,。 

2,、cross link：甲醛的終濃度是 1%,，這個基本所有的 protocol 上都會強調(diào)。 

3,、resuspend cells with SDS:一定要選用小的 tip 頭,，在液面下吹打，否則很容易產(chǎn)生氣泡,，后面的 sonication 就麻煩了,。 

4、sonication：Chip 實驗中最重要的一部分,，合適的條件要自己摸索,，可以一次嘗試不同次數(shù)的 sonication，然后建議采用 EZ-ChIP 上推薦的方法看看 sonication 的效果如何,。

5,、加入 salmon sperm DNA/Protein A or G 之前要先混勻，因為 salmon sperm DNA 是很粘稠的物質(zhì),，若不混勻,，后面你會發(fā)現(xiàn) beads 的量不一樣，自然也會影響實驗的結(jié)果,。 

6,、wash 的時候前面幾個步驟可以不用洗的太干凈，但最后一個要盡量吸干凈,，必要時可用 gel loading tips 吸,。 

7、含 beads 的 samples 離心時,，有的 protocol 上推薦是 1000rpm,，45 秒，但可以根據(jù)情況調(diào)整,，但要注意轉(zhuǎn)速不能太快防止 beads 破碎,。（當(dāng)然如果采用的是 magnetic 的 beads 就不存在這個問題）

8、reverse crosslink 可以是 65°C 4 個小時,，也可以 overnight,。 

9、reverse crosslink 后的在進行下面步驟之前建議先離心,，把蒸發(fā)到離心管蓋子上的部分離下來,。 

10、每次行 real time PCR 之前都要把 sample 離心保證取樣的準(zhǔn)確,。 

11,、1~10ul 的槍取 3ul 以上才比較準(zhǔn)確，所以考慮好自己 PCR 反應(yīng)體系的配置。

12,、一個 Chip 實驗一般需要 3~4 天的時間,。但是，其中有幾個步驟是可以中途停下來的,。畢竟,，誰也沒有辦法不眠不休地連續(xù) 3、4 天一口氣做完,。下面是幾個可以停下來喘口氣的地方： 

（1）細(xì)胞收集：用含蛋白酶抑制劑的 PBS 洗滌離心,，去上清的細(xì)胞收集液可置-80°C 凍存； 

（2）用 SDS 重懸細(xì)胞后可置-80°C 凍存,； 

（3）sonication 結(jié)束,，離心后的上清置新的離心管后可-80°C 凍存； 

（4）reverse cross-link 后的標(biāo)本可-80°C 凍存,。凍存后就可以該干啥干啥去了,。想接著做的時候，拿出來解凍就可以啦,。 

13,、agarose beads 的 wash 過程中以及后面的 DNA 提取過程中乙醇的 wash，可以用細(xì)胞室的那種吸引器,，接上 200ul 的 tip 頭吸,，這樣會節(jié)省很多時間（每個實驗室情況可能不一樣）。

14,、DNA 提取后建議用水溶解 DNA,，因為 TE buffer 里的 EDTA 可能會影響 PCR 反應(yīng)體系中的 Mg2+。

15,、溶解 DNA 的水量可以根據(jù) PCR 反應(yīng)體系的要求適當(dāng)調(diào)整,。

綜上所述，我們探討了做 Chip 實驗需要注意的 15 個小細(xì)節(jié),。細(xì)節(jié)雖小,，但是卻很重要。需知魔鬼都是在細(xì)節(jié)中,！