我們在研究基因的功能時，逃脫不掉的就是為了我們的實驗?zāi)康?，可能需要?gòu)建各種載體,，比如表達(dá)載體，克隆載體,，基因打靶載體等等,。很多人在構(gòu)建載體的時候都感覺很困難，特別是對于一個剛進(jìn)入實驗室的新人來說那更是難上加難,，*摸不著頭腦,。

那是因為其實構(gòu)建載體是一個不小的工作量，需要經(jīng)歷很多的過程,，比如首先我們需要設(shè)計引物引入酶切位點,，接下來還需要經(jīng)歷酶切酶連等過程，只要其中的某一環(huán)節(jié)出現(xiàn)問題,，那最終都會導(dǎo)致實驗失敗,。

構(gòu)建載體最關(guān)鍵的一步就是設(shè)計引物引入酶切位點，一旦引物設(shè)計好,，那接下來就非常簡單了,，今天重點就來教教大家如何利用 snapgene 輕松獲得構(gòu)建載體所需的引物序列。 

1. 打開軟件,，選擇第一個（紅線標(biāo)記）,，然后輸入基因的 CCDS 序列（基因的 CCDS 序列可在 NCBI 數(shù)據(jù)庫中獲得）

2. 點擊 ok 后界面如下,，圖中顯示的是會切割基因編碼序列的酶

3. 接下來點擊最上面的 Enzymes Noncutters,，會顯示所有不會切割基因編碼序列的酶,，這些酶都是我們可以用的，選酶的標(biāo)準(zhǔn)：要選擇不能切割目的基因序列并且質(zhì)粒上含有的酶,，還有就是最好是實驗室有的酶,。

4. 確定了可以用的酶后，接下來需要確定設(shè)計引物時用的這兩種酶,，確定方法：這兩種酶最好不要鄰近,，最好使用雙酶切有共同 buffer 的酶,兩個酶切位點最好不要是同尾酶（切下來的殘基不要互補(bǔ)），否則效果相當(dāng)于單酶切,。 

5. 確定了所要用的酶之后,，接下來需要做的就是設(shè)計引物并引入酶切位點（注意：一定要看清楚載體上 promoter 的方向，將 CDS 正向插入到 promoter 后面） 

6. 點擊左下角的 sequence,，然后拉取上游一部分基因本身的序列,，拉取的時候會顯示拉取的堿基的個數(shù)以及 Tm 值，拉取到 Tm 值 55 度左右就可以（55 度以上最好）

7. 然后點擊 primer——add primer，選擇 top strand

8. 點擊 insertions,，在 site 位置處選擇你準(zhǔn)備引入的酶，比如我要引入 EcoR I,，那我就選擇它,，然后點擊 insert,，這樣我們就引入了該酶的酶切位點,。

9. 接下來需要添加保護(hù)堿基,，一般所有的酶的保護(hù)堿基都加三個,，加哪個堿基沒有要求，使 GC 含量及 Tm 值適中即可,。

10. 這樣上游引物就設(shè)計好了,，接下來需要檢測一下引物是否會形成發(fā)卡結(jié)構(gòu),，可以應(yīng)用 OligoCalc，如果發(fā)現(xiàn)會形成發(fā)卡結(jié)構(gòu),，那就需要對引物序列做出一些調(diào)整,，直到發(fā)卡結(jié)構(gòu)消失。 

11. 接下來拉取基因的下游的一部分序列，用同樣的方法設(shè)計好下游引物,，有一點需要注意的是,，設(shè)計下游引物的時候選擇 bottom strand。 

這樣構(gòu)建載體所需的引物就設(shè)計好了,，怎么樣,，是不是感覺其實也沒有那么難，接下來就可以構(gòu)建屬于你自己的載體了,。