色譜柱的分離效果取決于所選擇的固定相,，以及色譜柱的制備和操作條件,。

　　色譜是一種分離分析手段,，分離是核心，因此擔負分離作用的色譜柱是色譜系統(tǒng)的心臟,。對色譜柱的要求是柱效高,、選擇性好，分析速度快等,。市售的用于HPLC的各種微粒填料如多孔硅膠以及以硅膠為基質(zhì)的鍵合相,、氧化鋁、有機聚合物微球（包括離子交換樹脂）,、多孔碳等,，其粒度一般為3,5,7,10μm等，柱效理論值可達5~16萬/米,。對于一般的分析只需5000塔板數(shù)的柱效,；對于同系物分析，只要500即可,；對于較難分離物質(zhì)對則可采用高達2萬的柱子,，因此一般10~30cm左右的柱長就能滿足復雜混合物分析的需要。

　　柱效受柱內(nèi)外因素影響,，為使色譜柱達到效率,，除柱外死體積要小外，還要有合理的柱結(jié)構(gòu)（盡可能減少填充床以外的死體積）及裝填技術(shù),。即使好的裝填技術(shù),，在柱中心部位和沿管壁部位的填充情況總是不一樣的，靠近管壁的部位比較疏松,，易產(chǎn)生溝流,，流速較快，影響沖洗劑的流形,，使譜帶加寬,，這就是管壁效應。這種管壁區(qū)大約是從管壁向內(nèi)算起30倍粒徑的厚度,。在一般的液相色譜系統(tǒng)中,，柱外效應對柱效的影響遠遠大于管壁效應。

　　在選擇液相色譜柱之前,，先多了解自己的樣品和雜質(zhì),，他們的類型結(jié)構(gòu)、極性,、酸堿性,、分子量大小等等。

　　1、樣品是極性的且弱酸性的,；就可以選擇C18在100%酸性水溶液條件下檢測,，即要選擇承受100%純水且對極性化合物保留很好的色譜柱。

　　2,、如果樣品極性太強,，或酸性太強；可以選擇CN,，NH2,，或硅膠柱，HILIC（親水色譜）,，也有使用C18+強陰離子對試劑或強陰離子交換色譜柱（缺點是離子對試劑平衡時間長,，對流動相pH要求比較精密，否則很難重復實驗,，另外離子對試劑很難洗下來,，基本上用了離子對的色譜柱就不能再用于其它實驗）

　　3、若樣品是堿性的,；可選擇高純硅膠柱（高純硅膠缺少金屬雜質(zhì),，且硅膠端基封尾）或一些經(jīng)過修飾的C18柱（如極性嵌入技術(shù)或堿去活技術(shù)等），他們都會減少堿性化合物的拖尾,，一般會選擇中性或偏堿的條件下做,，因為這樣可增加堿性樣品的保留。

　　4,、如果堿性化合物的極性太強,，或堿性太強；可以選擇寬pH的C18色譜柱在高pH值檢測（優(yōu)點是方法開發(fā)簡單,，缺點是目前實現(xiàn)這一技術(shù)的色譜柱品牌比較少,，價格也高）或者選用HILIC色譜柱（硅膠柱在反相條件下使用，這也是很經(jīng)典的檢測堿性樣品的方法）選擇強離子交換柱（缺點是不能用來分析其它樣品,，對流動相pH要求比較精密,，否則很難重復實驗）也有使用C18+強陰離子對試劑或強陰離子交換色譜柱。