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土壤的成分包括礦物質,、粘土等無機物、植物及植物的yi體,、腐殖物質等土壤有機物以及在土壤中存在的微生物,。
提取的難點:
從土壤中提取的DNA,是微生物,、動植物yi體等的總DNA,,同時,腐殖物質的性質與DNA很相似,,DNA提取過程中會將腐殖等物質一起純化,,采用傳統(tǒng)的DNA提取方法來除去腐殖物質等抑制因子是十分困難的。而這些腐殖物質會抑制聚合酶鏈式反應(PCR)及限制性酶切等,。因而,,從土壤中提取DNA,腐殖物質等抑制因子的除去干凈是重中之重,。某公司根據(jù)腐殖物質等特點,,發(fā)明了高效的腐殖酸吸附劑,再與硅膠柱純化的技術結合,,開發(fā)出了高效土壤DNA提取試劑盒(SoilDNAKit),,已為廣大客戶所采用,,*替代價格昂貴的進口產(chǎn)品。
原理與操作:
土壤樣品加入懸浮緩沖液Buffer C1,,并加入玻璃珠與zhuanli的腐殖酸吸附劑Buffer C2,,渦旋使土壤充分重懸,腐殖物質充分釋放,,讓吸附劑有效吸附腐殖酸,。再加入高效的裂解液Buffer C3并渦旋在玻璃珠的摩擦作用下,裂解土壤中的所有生物包括G+細菌,、酵母菌,、真菌、藻類,、線蟲甚至真細菌的孢子,、芽孢、動植物yi體等,,游離DNA,。之后,再加入沉淀劑Buffer C4,,離心沉淀除去土壤殘渣,、吸附有腐殖酸的吸附劑、多糖多酚,、絕大部分的色素等,,獲得清亮的、含有DNA的上清,,上清加入異丙醇沉淀獲得DNA粗品,。粗品中加入ddH2O溶解后,再加入Buffer C5離心進一步除去腐殖酸等雜質,,獲得上清,,往上清加入乙醇后轉移到硅膠純化柱中過柱吸附DNA,除去雜質,。再加入漂洗液Buffer WB離心進一步除去蛋白質,、腐殖酸等雜質,加入漂洗液DNA Wash Buffer除去鹽分等,。干燥柱子后加入滅菌去離子水后,,離心獲得高純的DNA。
艾美捷土壤DNA提取試劑盒樣品使用量與DNA產(chǎn)出數(shù)據(jù)參考:
土壤zui大上樣量:250mg
處理的土壤類型:所有土壤類型
純化柱zui大結合載量:50 ug
純化柱-zui大液體輸入體積:650 uL
10個樣品的純化時間:30 minutes
64000土壤DNA提取試劑盒測試:
用Real-time PCR來確認提取的DNA是否有高質量,。使用Norgen的土壤DNA提取試劑盒(貨號:64000)和Competitor M的試劑盒,,從250mg粘土(含有低腐殖酸)和表層土壤(含有高腐殖酸)樣品中分離出土壤DNA。使用4 µL土壤DNA(總PCR反應體積為20 µL)進行Real-time PCR,,檢測來自不同土壤樣品的16s rDNA,。與Competitor M的樣品(綠線)相比,,Norgen的DNA樣品(紅線)的較早的Ct值表明下游應用的土壤DNA質量更高。
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