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超高檢測通量：可同時檢測超過 500 萬個遺傳變異位點,，一次實驗即可獲取大量的基因組信息,，極大地提高了研究效率，適用于大規(guī)模的全基因組研究和復(fù)雜疾病的多因素分析 ,。
高準確性與可靠性：經(jīng)過嚴格的設(shè)計和驗證,，Infinium 技術(shù)具有的準確性和重復(fù)性 ,。通過對多個重復(fù)樣本的檢測驗證，該試劑盒的基因型一致性可達 99% 以上,，能夠為科研結(jié)果提供可靠的數(shù)據(jù)支持,。
廣泛的位點覆蓋：涵蓋了國際通用的基因組參考數(shù)據(jù)庫（如 dbSNP,、1000 Genomes Project 等）中的大量功能性和常見變異位點，同時也包含了針對特定人群,、疾病或研究領(lǐng)域優(yōu)化的位點,，確保對關(guān)鍵遺傳信息的全面捕獲 。
靈活的應(yīng)用范圍：不僅適用于人類樣本的基因分型研究,，也可通過適當?shù)恼{(diào)整應(yīng)用于其他物種的遺傳分析 ,。無論是基礎(chǔ)科研、臨床研究還是藥物研發(fā),，都能為研究人員提供有價值的基因組數(shù)據(jù),。
配套的數(shù)據(jù)分析工具：Illumina 提供了一系列配套的數(shù)據(jù)分析軟件（如 GenomeStudio、BlueFuse Multi 等）,，這些軟件操作簡便,，功能強大，可幫助科研人員快速,、準確地進行數(shù)據(jù)處理,、基因型分析和結(jié)果可視化 。從原始數(shù)據(jù)的質(zhì)量控制到復(fù)雜的 CNV 分析,，都能得到一站式的解決方案,。
樣本準備：
樣本類型：該試劑盒適用于多種樣本類型，包括新鮮全血,、EDTA 抗凝全血,、口腔拭子,、FFPE（福爾馬林固定石蠟包埋）組織等 ,。但不同樣本類型的處理方法有所差異，需根據(jù)實際情況選擇合適的樣本,。
DNA 提取：使用高質(zhì)量的 DNA 提取試劑盒,，按照說明書的操作步驟從樣本中提取基因組 DNA 。提取后的 DNA 需進行濃度和純度測定,，建議使用 Nanodrop 分光光度計或 Qubit 熒光定量儀檢測,。DNA 濃度應(yīng)在 50 - 200 ng/μL 之間，A260/A280 比值應(yīng)在 1.8 - 2.0 之間,，以確保 DNA 質(zhì)量符合實驗要求,。
試劑與耗材準備：
試劑盒檢查：收到 Illumina Infinium® Omni5-4 v1.2 Kit 后，立即檢查試劑盒包裝是否完好,，確認各試劑組分是否齊全,，包括 DNA 處理試劑、雜交試劑,、延伸試劑,、洗滌緩沖液,、芯片等 。查看試劑的有效期,，確保在有效期內(nèi)使用,。將試劑盒短暫離心（低速，如 2000 - 3000 rpm,，離心 1 - 2 分鐘）,，使附著在管蓋上的試劑集中于管底。
其他耗材：準備無菌的 PCR 管,、移液器吸頭,、離心機、振蕩混合器,、水浴鍋,、恒溫培養(yǎng)箱等實驗耗材和設(shè)備 。確保所有耗材均為無菌,、無核酸酶污染狀態(tài),，實驗設(shè)備運行正常。
實驗環(huán)境準備：在進行實驗前,，對實驗室工作臺面進行清潔和消毒,，使用 75% 酒精擦拭臺面 。確保實驗環(huán)境溫度和濕度穩(wěn)定,，避免環(huán)境因素對實驗結(jié)果產(chǎn)生影響,。實驗過程中，嚴格遵守實驗室生物安全和無菌操作規(guī)范,，防止樣本污染,。
DNA 處理：
亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化（可選，用于甲基化研究或作為預(yù)處理步驟）：取適量提取的 DNA 樣本,，按照試劑盒說明書中的操作步驟進行亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化 ,。該過程包括 DNA 變性、亞硫酸氫鹽處理,、中和及純化等步驟,，將未甲基化的 C 轉(zhuǎn)化為 U，同時保留樣本的 DNA 完整性,。轉(zhuǎn)化后的 DNA 需進行定量和質(zhì)量檢測,，確保轉(zhuǎn)化效率達到 90% 以上。
DNA 片段化與標記：將處理后的 DNA 進行片段化處理,，使其成為適合與芯片探針雜交的片段長度 ,。然后，對 DNA 片段進行標記,，通常采用末端標記的方法,，在 DNA 片段的末端添加特定的標簽,，以便后續(xù)與芯片探針結(jié)合。
雜交：將標記好的 DNA 樣本與雜交緩沖液混合均勻,，加入到 Infinium® Omni5-4 v1.2 芯片的反應(yīng)孔中 ,。將芯片放入雜交爐中，按照設(shè)定的溫度和時間進行雜交反應(yīng)（一般為 48 - 72 小時）,。在雜交過程中,，DNA 片段會與芯片上的探針特異性結(jié)合，形成穩(wěn)定的雜交復(fù)合物,。
洗滌：雜交完成后,，將芯片從雜交爐中取出，放入洗滌工作站中,，使用洗滌緩沖液進行多次洗滌 ,。洗滌過程旨在去除未結(jié)合的 DNA 片段和雜質(zhì)，確保芯片上只保留與探針特異性結(jié)合的 DNA,。洗滌步驟需嚴格按照說明書操作,，控制洗滌時間和溫度，以保證洗滌效果,。
單堿基延伸：向芯片反應(yīng)孔中加入 DNA 聚合酶和帶有熒光標記的 ddNTP,，進行單堿基延伸反應(yīng) 。在合適的溫度和反應(yīng)時間下（一般為 37℃孵育 2 - 4 小時）,，DNA 聚合酶根據(jù)目標位點的堿基類型,，將對應(yīng)的 ddNTP 添加到探針上，完成單堿基延伸,。
熒光檢測：延伸反應(yīng)結(jié)束后,，將芯片放入 Illumina iScan 等熒光掃描儀中進行掃描 。掃描儀會根據(jù)熒光標記的不同顏色和強度,，對每個位點的信號進行檢測和記錄,，生成原始數(shù)據(jù)文件,。
數(shù)據(jù)導入：將掃描得到的原始數(shù)據(jù)文件導入 Illumina GenomeStudio 等數(shù)據(jù)分析軟件中 ,。軟件會自動識別數(shù)據(jù)文件中的信息，并將其轉(zhuǎn)換為可分析的格式,。
質(zhì)量控制：在數(shù)據(jù)分析前,，需對數(shù)據(jù)進行質(zhì)量控制 。通過軟件中的質(zhì)控模塊,，檢查樣本的整體信號強度,、檢出率、SNP 分型聚類情況等指標,，剔除質(zhì)量不合格的樣本和位點,。一般要求樣本的檢出率大于 95%,，SNP 分型聚類清晰，信號強度均勻,。
基因型分析：使用軟件的基因型分析模塊,，對經(jīng)過質(zhì)量控制的數(shù)據(jù)進行基因型 calling 。軟件會根據(jù)熒光信號的強度和顏色組合,，自動判斷每個位點的基因型,，并生成基因型數(shù)據(jù)表格 。對于不確定的基因型,，可通過手動調(diào)整聚類邊界或參考其他樣本的基因型進行修正,。
CNV 分析（可選）：如果需要進行拷貝數(shù)變異分析，可使用 BlueFuse Multi 等專門的 CNV 分析軟件 ,。將基因型數(shù)據(jù)導入軟件后,，通過與參考基因組進行比對，分析樣本中目標區(qū)域的拷貝數(shù)變化情況,，并生成 CNV 分析報告,。
結(jié)果解讀與可視化：根據(jù)研究目的，對基因型和 CNV 分析結(jié)果進行解讀 ,?？墒褂密浖械目梢暬ぞ撸删垲悎D,、曼哈頓圖,、熱圖等，直觀展示研究結(jié)果,。同時,，結(jié)合生物學背景知識和研究假設(shè)，對結(jié)果進行深入分析和討論,，挖掘潛在的遺傳信息,。
試劑與耗材處理：實驗結(jié)束后，將剩余的試劑按照要求保存于 - 20℃冰箱中,，避免反復(fù)凍融 ,。對于已開封的試劑，需盡快使用,，并在使用前檢查試劑是否有變質(zhì)或污染的跡象,。使用過的耗材（如 PCR 管、吸頭,、芯片等）屬于生物廢棄物,，應(yīng)按照實驗室生物安全規(guī)定進行分類處理，進行高壓滅菌或化學消毒后丟棄,。
數(shù)據(jù)存儲與備份：將實驗數(shù)據(jù)和分析結(jié)果進行妥善存儲,，建議使用專用的服務(wù)器或硬盤進行備份 ,。同時，對數(shù)據(jù)進行合理的命名和分類,，以便后續(xù)查詢和使用,。為了確保數(shù)據(jù)的安全性，定期對數(shù)據(jù)進行備份,，并建立數(shù)據(jù)恢復(fù)機制,。
樣本質(zhì)量：樣本的質(zhì)量直接影響實驗結(jié)果的準確性，確保提取的 DNA 濃度和純度符合要求,，避免樣本降解和污染 ,。對于 FFPE 組織樣本，由于 DNA 質(zhì)量可能較差,，需特別注意提取方法和質(zhì)量檢測,，必要時可進行多次提取和純化。
試劑使用：嚴格按照說明書要求的儲存條件保存試劑,，避免試劑因儲存不當而失效 ,。使用試劑時，應(yīng)使用無菌的移液器和吸頭,，避免交叉污染,。每次取試劑后，及時將試劑管蓋緊,，放回冰箱保存,。不同批次的試劑可能存在差異，盡量使用同一批次的試劑進行實驗,，以保證實驗結(jié)果的一致性,。
實驗操作：實驗過程中，嚴格遵守操作步驟和時間要求,，確保每個步驟的準確性和一致性 ,。在進行 DNA 處理、雜交,、洗滌等操作時,，要注意避免樣本蒸發(fā)和污染。同時,，保持實驗環(huán)境的清潔和穩(wěn)定,，減少外界因素對實驗結(jié)果的干擾。
數(shù)據(jù)分析：在數(shù)據(jù)分析過程中,，要注意選擇合適的質(zhì)控標準和分析方法 。對于不確定的結(jié)果,，需進行進一步的驗證和分析,。同時,，保護數(shù)據(jù)的隱私和安全，遵守相關(guān)的數(shù)據(jù)管理規(guī)定,。
樣本檢出率低：
原因：可能是樣本 DNA 質(zhì)量不佳,、DNA 濃度過低、雜交條件不合適,、洗滌過度等 ,。
解決方法：重新檢測樣本 DNA 的濃度和純度，確保其符合實驗要求,；適當增加 DNA 上樣量,；優(yōu)化雜交條件，如調(diào)整雜交溫度,、時間和雜交液配方,；檢查洗滌步驟，減少洗滌次數(shù)或降低洗滌強度,，避免過度洗滌導致結(jié)合的 DNA 丟失 ,。
SNP 分型聚類不清晰：
原因：可能是熒光信號強度不足、探針設(shè)計不合理,、樣本存在污染,、實驗操作誤差等 。
解決方法：檢查熒光掃描儀的參數(shù)設(shè)置,，確保信號檢測的準確性,；重新評估探針的設(shè)計，選擇特異性更高的探針,；對樣本進行污染檢測,，如檢測是否存在外源 DNA 污染；仔細檢查實驗操作步驟,，避免操作誤差,，如確保試劑添加準確、混合均勻等 ,。
CNV 分析結(jié)果異常：
原因：可能是參考基因組選擇不當,、數(shù)據(jù)分析參數(shù)設(shè)置不合理、樣本存在批次效應(yīng)等 ,。
解決方法：根據(jù)研究物種和樣本類型,，選擇合適的參考基因組；優(yōu)化 CNV 分析軟件的參數(shù)設(shè)置,，如調(diào)整閾值,、滑動窗口大小等；對樣本進行批次效應(yīng)校正，如使用 ComBat 等軟件進行處理 ,。
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