晶體學有時會讓人覺得很神奇,，透過一個晶體,，我們可以看到微觀的結構細節(jié)。但是晶體在肉眼下就只是晶體,，沒有X射線我們就只能看著它,，可能對它無從下手,。而且晶體結構解析需要有一些已知的信息，不然我們就沒有辦法知道這里面會有什么,。
讓人失望的晶體
做晶體實驗總是會遇到一些意想不到的情況,，晶體的生長并不會按照我們的意愿進行。偶爾欣喜若狂地看到的晶體興許只是一些雜質,，或者只是鹽罷了,。如果你是做蛋白晶體的，你一定會十分沮喪,，心情一定是180°的轉彎,。記得讀書時發(fā)生過無數次這樣的情況，然而一般看到是鹽晶,，也就到此為止,，不會再去深究到底是什么鹽。但是現在,，我一定會想到這個鹽到底是什么,，究竟是什么樣的結構，不然會糾結在那（也不知道自己是進化了,，還是退化了）,。然而這個可能是在沒有任何信息的條件下去找它的可能性。
我們經?？吹嚼梅勰RD的圖譜,，去做物相檢索，從而知道我們測試的物相的信息,。其實單晶也是一樣,。單晶也有龐大的數據庫。雖然我們做的晶體,，大部分都是新設計的充滿未知的晶體,，但是偶爾也會遇到無從下手的情況。那么在遇到未知信息的晶體時,，數據庫檢索可能會讓你結果的糾結變得釋然,。
日前做實驗，在顯微鏡下挑一顆非常小的晶體,。眼睛都快花了,，終于挑上了一顆。然而看到衍射圖,，著實就有些郁悶了,。這根本不可能是目標的結構。每張衍射圖上寥寥的幾個點,，預示著這個是很小很小的晶胞,。好吧,，我承認我失望了。
▲圖1 讓人失望的晶體
深挖
好吧,，既然如此,。那么我起碼也需要知道這個東西會是什么。不然浪費了我挑晶體專注的眼睛,。那么如果不知道元素,，我們通常會輸入CHON。此時我們得到的結構是這樣的：
▲圖2 Structure?
這個樣的結構明顯是個四面體的排列,。然而這仍然沒有解決我的問題,。我們可以去猜大致的元素，S O? Al O? 但是大概率下這個應該是個已知的物質,。為什么不在數據庫里進行檢索一下呢,？興許，這是個常見的東西,。很快在APEX4- Determine Unit Cell的Search功能里,，在COD數據庫里看到了檢索的結果。原來這是一個二氧化硅SiO2,，也就是石英,，興許是做實驗時磨碎的沙粒？….
▲圖3 APEX4的數據庫檢索
雙擊相應的結果,，我們可以連接到COD的網站上,，看到詳細的信息。雖然有些意外,，但是在COD數據里檢索,，卻發(fā)現SiO2有如此多的晶型，而且大部分是手性的,，也算是增加了一點知識。所以結果的結構解析就會變得簡單直接,。原來SiO2可以連接成這么漂亮的結構框架,。
▲圖4 正確解析的結果
APEX4-如何檢索
APEX4目前的檢索分為四個數據庫：
1, 本地的APEX4的數據數據庫，
2,，CSD數據庫,；
3，COD數據庫,，
4,，以及本地的CIF/RES文件數據庫。
這里需要額外安裝的是CSD Database,。當然這個不是大家所用的包含結構的“CCDC"軟件,，而是CCDC網站上的數據安裝包 CellCheckCSD,。
安裝好之后，APEX4會自動識別安裝狀態(tài),，打開檢索CSD數據的功能,。雖然單晶衍射做的大部分是未知的結構，但是從已知的數據庫里檢索依舊可以幫助我們少走一些彎路,。
-轉載于《布魯克X射線部門》公眾號
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