日韩av大片在线观看欧美成人不卡|午夜先锋看片|中国女人18毛片水多|免费xx高潮喷水|国产大片美女av|丰满老熟妇好大bbbbbbbbbbb|人妻上司四区|japanese人妻少妇乱中文|少妇做爰喷水高潮受不了|美女人妻被颜射的视频,亚洲国产精品久久艾草一,俄罗斯6一一11萝裸体自慰,午夜三级理论在线观看无码

| 注冊(cè)| 產(chǎn)品展廳| 收藏該商鋪

行業(yè)產(chǎn)品

18915460793
當(dāng)前位置:
上海睿玥實(shí)驗(yàn)器材有限公司>>技術(shù)文章>>Allegro高通量靶向SNP組測(cè)序技術(shù)助力野生動(dòng)物基因分型

產(chǎn)品分類品牌分類

更多分類

Allegro高通量靶向SNP組測(cè)序技術(shù)助力野生動(dòng)物基因分型

閱讀:2417        發(fā)布時(shí)間:2022/2/25
分享:

在野生動(dòng)物的研究,,應(yīng)用基因組學(xué)技術(shù)的主要困難之一是常規(guī)采集微或非創(chuàng)傷性樣本,,這些樣本通常會(huì)發(fā)生降解片段化,、含量極低環(huán)境或食糜的外源 DNA 污染的情況發(fā)生,。野生動(dòng)物采樣場(chǎng)景中,,樣是相對(duì)較容易采集的,,特別適合避免接觸動(dòng)物有危險(xiǎn)的情況下進(jìn)行采樣,。以往,由于缺乏靈活經(jīng)濟(jì)的技術(shù)手段,,使得對(duì)糞便樣本的基因組分析受到限制,。


在過去的幾十年里,微衛(wèi)星SSR)分析是野生動(dòng)物遺傳學(xué)基因分型的傳統(tǒng)技術(shù),。雖然微衛(wèi)星分析仍被廣泛使用,,但微衛(wèi)星分析正迅速被單核苷酸多態(tài)性 (SNP) 分析所取代,因?yàn)?/span>單核苷酸多態(tài)性 (SNP) 在整個(gè)基因組中更為豐富,,并且更適合于自動(dòng)化的高通量基因分型,。高通量的SNP已通過基因芯片的方式廣泛用于人類和農(nóng)業(yè)物種的研究,。 然而,高通量 SNP 基因芯片的高昂開發(fā)成本限制了它們?cè)谝吧鷦?dòng)物研究中的使用,,僅限于少數(shù)物種,。 SNP 基因芯片也不適用于微量樣本,因?yàn)樗鼈兺ǔP枰罅?/span> DNA,。


高通量測(cè)序基因分型 (GBS) 技術(shù)規(guī)避了基因芯片開發(fā)成本高的問題,,但酶切位點(diǎn)序列的隨機(jī)分布阻止了靶向測(cè)序特定位點(diǎn),而且大多數(shù)高通量測(cè)序基因分型 (GBS)技術(shù)還需要模板 DNA的起始量高于實(shí)際的微量樣本,,例如糞便樣本,。

隨著基因芯片和 GBS高通量測(cè)序技術(shù)的發(fā)展,高通量靶向SNP組測(cè)序方法已成為從全基因組序列中獲得基因型數(shù)據(jù)的可行替代方案,。 高通量靶向SNP組測(cè)序可大致分為1)探針序列捕獲方法,,其中探針被設(shè)計(jì)為捕獲 DNA 的誘餌,或2)通過 PCR 方法,,其中探針被設(shè)計(jì)用于目標(biāo)序列擴(kuò)增,。 高通量靶向SNP組測(cè)序?qū)崿F(xiàn)了微量DNA模板的目標(biāo)SNP位點(diǎn)的高覆蓋率和低測(cè)序成本。 因此,, 高通量靶向SNP組測(cè)序有望將野生動(dòng)物遺傳學(xué)領(lǐng)域引入基因組學(xué)研究。


最近,,一種Allegro的新型高通量SNP組靶向測(cè)序試劑已顯示出成本低,、測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量高和通量高的基因分型優(yōu)勢(shì)。 該試劑通過單引物富集技術(shù) (SPET),,可以在單個(gè)反應(yīng)中進(jìn)行1k – 100k + 目標(biāo)位點(diǎn)的多重目標(biāo)序列的富集,,推薦的最小 DNA起始量為 10ng。 單引物擴(kuò)增減少了引物二聚體的出現(xiàn),,對(duì)SNP靶位點(diǎn)的高特異性進(jìn)一步提高了實(shí)驗(yàn)之間的可重復(fù)性,。 與基因芯片相比,這種方法很靈活,,允許對(duì)相對(duì)少量的樣本(目前為 192 個(gè)的試劑包裝)進(jìn)行快速定制分析設(shè)計(jì),。單引物富集技術(shù) (SPET)起初用于人類醫(yī)學(xué),然后用于植物遺傳學(xué),,包括黑楊和玉米,、番茄和茄子、棕櫚油和加那利群島的瀕危植物,,但它在野生動(dòng)物中的使用仍然有限,。

在大型哺乳動(dòng)物中,糞便通常是最容易獲得的用于基因分型的樣本組織,。 值得注意的是,,馬科動(dòng)物的糞便中積累大量上皮細(xì)胞沉積物,,從而使得從黏膜表面采樣宿主DNA提供了可能。 


2.jpg


日前,,加拿大科學(xué)家報(bào)道了使用Allegro高通量SNP組靶向測(cè)序試劑野馬糞便拭子中分離的DNA生成全基因組 SNP 數(shù)據(jù)的研究,。作為加拿大某省野馬長期研究的一部分,分別使用 dsDNA 熒光和宿主特異性 qPCR 測(cè)定法對(duì)收集的 989 份樣品的總DNA和宿主特異性 DNA進(jìn)行了定量,。使用針對(duì) 279個(gè)SNP的定制SNP組探針對(duì)代表 44個(gè)個(gè)體的 48個(gè)樣本進(jìn)行了基因分型,,這些樣本至少含有 10ng 的宿主 DNA。通過將 Allegro高通量SNP組靶向測(cè)序基因型與從具有SNP基因芯片的相同個(gè)體和來自同一匹馬的多個(gè)樣本中獲得的基因型進(jìn)行對(duì)比,,分別評(píng)估了基因分型的準(zhǔn)確性和一致性,。 62% 的拭子產(chǎn)生了用于Allegro高通量SNP組靶向測(cè)序技術(shù)起始宿主DNA 量。忽略未能擴(kuò)增的樣本,,Allegro高通量SNP組靶向測(cè)序試劑對(duì)每個(gè)樣本平均恢復(fù)了 86.7% 的目標(biāo)SNP位點(diǎn),,而Allegro高通量SNP組靶向測(cè)序技術(shù) 基因芯片之間的基因型一致性為 98.5%。來自同一個(gè)體的基因型的重復(fù)性接近統(tǒng)一,,平均為 99.9%,。該研究表明Allegro高通量SNP組靶向測(cè)序試劑適用于全基因組、微量DNA樣本的靶向 SNP 基因分型,,并將促進(jìn)馬科動(dòng)物和相關(guān)物種的進(jìn)一步生態(tài)和保護(hù)遺傳學(xué)研究,。



會(huì)員登錄

×

請(qǐng)輸入賬號(hào)

請(qǐng)輸入密碼

=

請(qǐng)輸驗(yàn)證碼

收藏該商鋪

請(qǐng) 登錄 后再收藏

提示

您的留言已提交成功!我們將在第一時(shí)間回復(fù)您~

對(duì)比框

產(chǎn)品對(duì)比 產(chǎn)品對(duì)比 二維碼 意見反饋 在線交流
在線留言