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WB實際條帶與預期不符,?可算捋順了

閱讀:407      發(fā)布時間:2025-1-20
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  1、目的蛋白以其他形式存在,,最常見的情況

 

● 翻譯后修飾:如糖基化,,常見接受糖基化的氨基酸是絲氨酸(Ser)、蘇氨酸(Thr),、天冬酰胺(Asn)和羥賴氨酸(Hydroxylysine),,例如CD2,根據(jù)uniprot顯示,,其預測分子量應該在39kda左右,,但是表觀分子量一般在45kDa左右,,這是由于CD2多個位點存在糖基化修飾,實際實驗中,,如果想探究分子量差異是否是由糖基化引起的,,可以加入糖苷酶PNGase F切去糖基后,進行WB,,而除了糖基化以外,,還存在磷酸化,泛素化,、甲基化,、乙酰化等多種翻譯后修飾,。其中,,糖基化、乙?;?、甲基化通常是使表觀分子量變大,磷酸化通常不變或變大,。

 

CD2理論分子量39kDa左右

 

表觀分子量45kDa左右

 

Uniprot中顯示CD2的糖基化

 

● 剪切:如Caspase-7存在多種形式:

 

1)Procaspase-7:Caspase-7的前體形式,,分子量約為37kDa;

 

2)Intermediate caspase-7:中間形式的Caspase-7,,分子量約為28kDa;

 

3)Caspase-7 p20:活化的Caspase-7的片段之一,,分子量約為20kDa,。

 

Procaspase-7是Caspase-7的未活化前體形式,具有較大的分子量,。當細胞受到凋亡信號刺激時,,procaspase通過自身切割或被其他caspase(如initiator caspases)切割激活,形成較小的活性亞單位這些亞單位結合在一起形成有活性的異二聚體,。這種情況可以設置誘導組和非誘導組進行驗證,。剪切后的表觀分子量會變小。

 

Caspase-7兔單克隆抗體的WB結果

泳道1: HeLa全細胞裂解物20ug

泳道2: Jurkat全細胞裂解物20ug

泳道3: HEK-293全細胞裂解物20ug

二抗:山羊抗兔IgG,(H+L),1/10000稀釋時綴合的HRP

預測分子量:34kDa

觀察分子量:28,35kDa

暴露時間:180s

 

● 多聚體和共價結合聚體:如果表觀分子量和預測分子量呈現(xiàn)倍數(shù)增長,,需要考慮是否是多聚體,,添加還原劑如DTT可以驗證是否為非共價結合聚體。

 

2,、蛋白異常遷移

 

● 對于分子量小于20kDa的蛋白

 

傳統(tǒng)的Tris-Glycine體系在用于SDS-PAGE(十二烷基硫酸鈉-聚丙烯酰胺凝膠電泳)時,,對于小分子量蛋白質的分離效果不佳,主要原因在于以下幾個方面:

 

1)離子前峰的影響:在Tris-Glycine體系中,,濃縮膠通常使用pH6.8的Tris-HCl緩沖液,,而電泳緩沖液和分離膠則使用pH8.3左右的Tris-Glycine緩沖液,。當電泳開始時,甘氨酸(Glycine)在濃縮膠中的解離度較低,,移動速度慢,,形成一個移動的離子前峰。隨著電場的作用,,甘氨酸逐漸解離并加速移動,,在這個過程中會產生大量的自由十二烷基硫酸根離子(DS-),這些離子會與小分子量蛋白結合,,導致它們聚集或變性,,從而影響分辨率;

 

2)低分子量蛋白質的遷移問題:由于上述原因,,小分子量蛋白質在通過濃縮膠進入分離膠的過程中可能會受到阻礙,,導致條帶模糊、拖尾或分辨率降低,。特別是在分離小于20kDa的蛋白質或多肽時,,這種現(xiàn)象尤為明顯;

 

3)緩沖系統(tǒng)pH值的影響:Tris-Glycine系統(tǒng)的pH值較高,,這可能導致小分子量蛋白質在電泳過程中的某些修飾或降解,,進一步影響其分離效果。

 

因此推薦使用Tricine-SDS-PAGE體系對20kDa以下的小分子量蛋白質或多肽進行分離,。Tricine作為電泳緩沖液成分之一,,其pKa值較低(8.15),使得它在電泳過程中不會像甘氨酸那樣產生大量的游離DS-離子,,從而減少了對小分子量蛋白質的影響,,并且能夠提供更高的分辨率。此外,,Tricine-SDS-PAGE通常采用較低濃度的丙烯酰胺凝膠,,以適應小分子量蛋白質的分離需求。

 

● 蛋白電荷或特殊結構如氨基酸側鏈的特殊排列方式,,電泳時存在遷移過快或過慢的現(xiàn)象,。

 

3、蛋白marker的問題

 

和非預染marker相比,,預染marker雖然使用更加方便,,但是由于偶聯(lián)了染料,也存在分子量偏移的現(xiàn)象,,并且同一個marker在不同的電泳體系中,,遷移速度也會有所偏差。

 

abs923預染蛋白Marker(10-245kDa)

 

4、樣本制備問題

 

● 膜蛋白95度加熱變性會引起聚集,,導致檢測條帶表觀分子量增大,;

● 樣本變性或還原不che底會影響抗原表位暴露,進而影響其遷移速率,,樣本制備時一定要保證上樣緩沖液足量,、在保質期內、并且要選對裂解液,,看清具體成分,;

● 樣本一定要新鮮,有些蛋白極易發(fā)生降解,,制備時要注意,。

 

5、排除以上問題,,最重要的就是要充分了解自己的樣本是否表達目的蛋白,,以及表達豐度如何,并且查詢廠家的驗證圖,,了解抗體的特異性如何,。

 

WB終于有跡可循了!??! 

Wb好物推薦


類別

貨號

產品名稱

規(guī)格

樣本處理

abs9229

RIPA裂解液(強)

100mL

abs9116

免疫印跡及免疫沉淀用(WB/IP)裂解液

100mL

abs9161

廣譜型蛋白酶抑制劑混合物(不含EDTA,100×DMSO儲液)

1mL

abs9162

廣譜型磷酸酶抑制劑混合物(100×儲液)

1mL

蛋白定量

abs9232

BCA蛋白定量試劑盒

500T

上樣

abs953

上樣緩沖液(2×)

10mL

abs9829

上樣緩沖液(5×)

10mL

Marker

abs924

預染蛋白Marker(10-180kDa)

250uL

abs923

預染蛋白Marker(10-245kDa)

500uL

abs90004

預染發(fā)光Western Marker

500uL

電泳

abs951

電泳液(10×)

1L

abs9359

Tris-Glycine-SDS電泳緩沖液(10×)

500mL

預制膠

Plastic gel、Glass gel等多款預制膠

凝膠試劑盒

abs9367

彩色PAGE快速凝膠試劑盒(10%)

1kit

abs9368

彩色PAGE快速凝膠試劑盒(12%)

1kit

abs9366

彩色PAGE快速凝膠試劑盒(8%)

1kit

轉膜

abs932

PVDF膜(0.45μm)

1卷

abs931

PVDF膜(0.22μm)

1卷

abs960

NC膜(0.45μm)

1卷

abs959

NC膜(0.22μm)

1卷

abs950

電轉液(10×)

100mL

封閉

abs9175

脫脂奶粉

500g

abs9915

Western Blot快速封閉液

500mL

一抗孵育

abs954

WB專用一抗二抗稀釋液

100mL

WB一抗(3萬余產品,多指標覆蓋)

內參抗體

abs132001

Rabbit anti-β-Actin Polyclonal Antibody

100ug

abs830030

Mouse anti-GAPDH Monoclonal Antibody

1mL

abs830032

Mouse anti-β-Tubulin Monoclonal Antibody

1mL

二抗

abs20040

Goat anti-Rabbit IgG-HRP Antibody

500uL

abs20001

Goat anti-Mouse IgG-HRP Antibody

1mL

顯色

abs9213

DAB顯色試劑盒(紫藍色,WB)

1kit

abs920

ECL化學發(fā)光檢測試劑盒

25mL×2

abs9434

超敏型ECL化學發(fā)光檢測試劑盒

25mL×2

abs9435

極敏型ECL化學發(fā)光檢測試劑盒

25mL×2




 

Absin產品線:

爆款產品:試劑盒(mIHC,、IHC,、凋亡、ELISA,、ChIP,、Co-IP、TR-FRET,、生化檢測,、殘留檢測,、多因子檢測),;細胞培養(yǎng)(類器官試劑盒+基質膠,胎牛血清+培養(yǎng)添加劑+細胞因子),、分化試劑盒,;分子(mRNA合成服務+提取試劑盒);化合物大包裝,;輔助試劑,、耗材/儀器、定制服務(抗體/多肽/蛋白/標記/檢測)...

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