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腫瘤細(xì)胞培養(yǎng),，需要動物血清的參與。多數(shù)情況下,，新生牛血清即可滿足大部分腫瘤細(xì)胞生長繁殖的營養(yǎng)需求,。Ausbian進(jìn)口新生牛血清，內(nèi)毒素含量低,，通過各類無菌檢測,。

腫瘤微環(huán)境(tumor microenvironment, TME)是腫瘤生態(tài)學(xué)的一個關(guān)鍵組成部分。腫瘤內(nèi)的免疫細(xì)胞和基質(zhì)細(xì)胞可以以一種依賴于環(huán)境的方式促進(jìn)和限制惡性狀態(tài),。了解癌癥免疫微環(huán)境可以揭示如何利用患者的免疫系統(tǒng)進(jìn)行抗癌治療,。

為了更廣泛地探索TME，科研人員使用nci支持的臨床蛋白質(zhì)組學(xué)腫瘤分析聯(lián)盟(CPTAC)的泛癌癥蛋白質(zhì)基因組數(shù)據(jù)集檢查了來自10種癌癥的1,056個腫瘤樣本這個多組學(xué)數(shù)據(jù)集包括基因組,、轉(zhuǎn)錄組,、表觀基因組和蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)。后者包括基于質(zhì)譜的相對蛋白質(zhì)豐度定量和翻譯后修飾,。雖然已經(jīng)探索了使用高維多組學(xué)數(shù)據(jù)關(guān)注癌癥免疫的多種泛癌癥分析,，但這項工作通過整合從深層蛋白質(zhì)組學(xué)樣品表征中獲得的新見解，推動了該領(lǐng)域的發(fā)展,。

采用新穎的算法來解剖腫瘤微環(huán)境,，同時考慮RNA和蛋白質(zhì)的表達(dá)，科研人員闡明了腫瘤分子微環(huán)境,，探索了與其功能相關(guān)的途徑,，并將其與臨床結(jié)果聯(lián)系起來。盡管10種癌癥之間存在許多差異,，但分析揭示了7種泛癌癥免疫亞型,。這表明了癌癥患者免疫反應(yīng)的共同分子指紋。匯總的泛癌癥多組學(xué)數(shù)據(jù)的大樣本量使科研人員能夠檢測與每種免疫亞型相關(guān)的大量基因組,，表觀遺傳學(xué),，轉(zhuǎn)錄組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)變化。將深度磷酸化蛋白質(zhì)組學(xué)與激酶富集分析工具相結(jié)合,，科研人員表征了不同免疫亞型中的激酶活性,，揭示了已知和潛在的新靶點。此外,，機(jī)器學(xué)習(xí)算法應(yīng)用于數(shù)字病理蘇木精和伊紅(H&E)染色圖像顯示免疫亞型與淋巴細(xì)胞浸潤的直接可視化之間存在相關(guān)性,。

該項工作促進(jìn)了對腫瘤所采用的多種免疫激活和逃避策略的理解，為潛在的免疫治療策略提供了線索。兩個專門的用戶友好的web服務(wù)器門戶網(wǎng)站配合這項分析,，將有助于進(jìn)一步探索在這項工作和相關(guān)工作中產(chǎn)生的豐富數(shù)據(jù)資源,。

相關(guān)研究發(fā)表在《Cell》上，文章標(biāo)題為：“Pan-cancer proteogenomics characterization of tumor immunity",。